Microbioma en parto prematuro

Se incluirán un total de 100 participantes del estudio, asignados a uno de los siguientes grupos:

Grupo de estudio:

• Este grupo constará de 50 mujeres embarazadas, que experimentaron pPROM entre las semanas 22+5 y 28+0 de gestación, ya sea que se presenten en el sitio de estudio primario o sean derivadas de otros hospitales, y tengan un parto prematuro por cesárea.

Grupo de control:

• Este grupo estará compuesto por 50 mujeres embarazadas, que están programadas para cesárea electiva en el departamento de pacientes ambulatorios del sitio de estudio primario, entre 32+0 y 37+0 semanas de gestación, y que dieron a luz a término por cesárea.

Reclutamiento:

El reclutamiento de todos los pacientes se llevará a cabo en la Universidad Médica de Viena, Departamento de Obstetricia y Ginecología. Las mujeres del grupo de estudio serán derivadas de hospitales externos o se presentarán por cualquier motivo en nuestro departamento. La verificación de pPROM se realizará mediante examen con espéculo y detección de acumulación de líquido amniótico. En caso de resultados poco claros, se realizará una prueba enzimática (p. ej., Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, EE. UU.). Luego de la verificación de la pPROM, se ofrecerá participar en el estudio a las mujeres que cumplan con los criterios de inclusión. Aquellas que experimenten un parto vaginal espontáneo en lugar de una cesárea por cualquier motivo, serán consideradas como desertoras. Las mujeres en el grupo de control serán reclutadas durante su presentación de rutina para una cesárea electiva (por cualquier motivo que no cumpla con los criterios de exclusión del estudio) que se programará a término. Aquellas que presenten parto pretérmino a pesar de estar programadas para cesárea electiva a término, serán consideradas como desertoras. Durante su consulta en el departamento de pacientes externos, a estas mujeres se les ofrecerá participar en el estudio.

Muestreo:

Todos los hisopos se recolectarán de los subinvestigadores de este estudio utilizando un procedimiento estandarizado. Para la anonimización, solo se marcarán en los tubos de hisopos el punto de recogida, la ubicación y la sala. Después del consentimiento informado, se recolectarán hisopos vaginales durante el examen con espéculo de la pared vaginal lateral y del fórnix vaginal posterior utilizando un hisopo de algodón estéril combinado con un cepillo epitelial. Se recolectará un hisopo rectal mediante la inserción de un hisopo estéril en el esfínter anal. Se recolectarán hisopos intraoperatorios de la placenta y la cavidad uterina durante la cesárea en condiciones estériles. Los hisopos neonatales (mucosa bucal y piel) se recolectarán directamente después del parto y en el período neonatal. Las muestras de heces se tomarán del meconio, definido como primera deposición del lactante y deposición del recién nacido en el período neonatal. Todas las muestras se almacenarán inmediatamente a -80 °C después de la recolección. El cepillo epitelial se colocará en la solución de estabilización de ARN RNAlater® y se almacenará a -80 °C.

Análisis de microbioma:

El análisis del microbioma se realizará en el Joint Microbiome Facility (JMF) de la Universidad Médica de Viena y la Universidad de Viena. Las pruebas serán realizadas por sub-investigadores en el JMF. La composición de la comunidad microbiana en las muestras de hisopos de heces recolectadas se determinará mediante la secuenciación del amplicón del gen 16S rRNA. Brevemente, el ADN se extraerá con el QIAamp Microbiome Kit o el QIAamp DNA Mini Kit (para muestras de hisopos y heces, respectivamente), seguido de la amplificación del gen 16S rRNA y el código de barras como se describió anteriormente. Muestras de amplicón multiplexadas secuenciadas en la plataforma Illumina MiSeq en el JMF. Los controles negativos realizados durante la extracción de ADN y la amplificación del gen 16S rRNA se incluyen de forma rutinaria en el flujo de trabajo de procesamiento de muestras. Los datos de secuencia obtenidos se filtrarán por calidad y se demultiplexarán, seguidos de la inferencia de la variante de secuenciación de amplicón (ASV) con DADA2,16 que permite el análisis con la resolución taxonómica más alta posible. Las secuencias de ASV resultantes se clasificarán taxonómicamente utilizando SINA con la versión más reciente de la base de datos de ARNr de SILVA SSU. Si es necesario, los contaminantes se eliminarán in silico utilizando el paquete de software de descontaminación.

Datos perinatales:

Además del muestreo y análisis de hisopos, se recopilarán los siguientes parámetros perinatales utilizando la base de datos fetal de PIA, versión 5.6.16.917 (GE Viewpoint, Múnich, Alemania): edad materna [número], paridad [número], educación terciaria [sí /no], origen étnico [categoría], estado civil [categoría], índice de masa corporal [número], abuso de nicotina [sí/no], antecedentes de pPROM [sí/no], antecedentes de PTB [sí/no], enfermedades preexistentes [categoría], detección de infección vaginal [sí/no], insuficiencia cervical [sí/no], preeclampsia [sí/no], sangrado [sí/no], profilaxis prenatal con esteroides [sí/no], tratamiento antibiótico en curso [sí/ no], tocólisis [sí/no], profilaxis con magnesio [sí/no], semana gestacional al parto [número], peso al nacer [número], puntuación de Apgar a los 1/5/10 minutos [número], pH arterial del cordón umbilical [número ], traslado a unidad de cuidados intensivos neonatales [sí/no].