Mikrobiom w porodzie przedwczesnym

W badaniu weźmie udział łącznie 100 uczestników, przypisanych do jednej z następujących grup:

Kółko naukowe:

• Ta grupa będzie się składać z 50 kobiet w ciąży, które doświadczyły pPROM między 22+5 a 28+0 tygodniem ciąży, które zgłosiły się do głównego ośrodka badawczego lub zostały skierowane z innych szpitali i urodziły się przedwcześnie przez cesarskie cięcie.

Grupa kontrolna:

• Grupa ta będzie składać się z 50 kobiet w ciąży, które mają zaplanowane cięcie cesarskie w trybie planowym w oddziale ambulatoryjnym głównego ośrodka badawczego, między 32+0 a 37+0 tygodniem ciąży i urodzone o czasie przez cesarskie cięcie.

Rekrutacja:

Rekrutacja wszystkich pacjentek odbywać się będzie na Uniwersytecie Medycznym w Wiedniu, na Oddziale Położnictwa i Ginekologii. Kobiety z grupy badawczej będą kierowane z innych szpitali lub zgłaszają się z jakiegokolwiek powodu do naszego oddziału. Weryfikacja pPROM zostanie przeprowadzona przez badanie wziernikowe i wykrycie gromadzenia się płynu owodniowego. W przypadku niejasnych wyników zostanie przeprowadzony test enzymatyczny (np. Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, USA). Po weryfikacji pPROM kobiety spełniające kryteria włączenia zostaną zaproszone do udziału w badaniu. Te, które z jakiegokolwiek powodu doświadczą spontanicznego porodu drogą pochwową zamiast cięcia cesarskiego, zostaną uznane za odpady. Kobiety z grupy kontrolnej będą rekrutowane podczas ich rutynowej prezentacji na planowe cięcie cesarskie (z dowolnego powodu, który nie spełnia kryteriów wykluczenia z badania), które zostanie zaplanowane na termin. Te, które doświadczyły porodu przedwczesnego, mimo że zaplanowano planowe cięcie cesarskie w terminie, zostaną uznane za odpady. Podczas konsultacji w poradni kobietom tym zostanie zaproponowany udział w badaniu.

Próbowanie:

Wszystkie wymazy zostaną pobrane od badaczy biorących udział w tym badaniu przy użyciu znormalizowanej procedury. W celu anonimizacji na probówkach z wymazami zaznaczone zostaną tylko czas pobrania, lokalizacja i oddział. Po wyrażeniu świadomej zgody wymazy z pochwy będą pobierane podczas badania wziernikowego z bocznej ściany pochwy i tylnego sklepienia pochwy za pomocą sterylnego wacika połączonego z szczoteczką do nabłonka. Wymaz z odbytu zostanie pobrany przez wprowadzenie sterylnego wymazu do zwieracza odbytu. Śródoperacyjne wymazy z łożyska i jamy macicy będą pobierane podczas cięcia cesarskiego w sterylnych warunkach. Wymazy od noworodka (z błony śluzowej policzka i skóry) będą pobierane bezpośrednio po porodzie oraz w okresie noworodkowym. Próbki kału zostaną pobrane ze smółki, rozumianej jako pierwszy stolec niemowlęcia i kał noworodka w okresie noworodkowym. Wszystkie próbki będą natychmiast przechowywane w temperaturze -80°C po pobraniu. Szczoteczkę nabłonkową należy umieścić w roztworze stabilizującym RNA RNAlater® i przechowywać w temperaturze -80°C.

Analiza mikrobiomu:

Analiza mikrobiomu zostanie przeprowadzona w Joint Microbiome Facility (JMF) Uniwersytetu Medycznego w Wiedniu i Uniwersytetu Wiedeńskiego. Testy zostaną przeprowadzone przez podwykonawców w JMF. Skład społeczności drobnoustrojów w pobranych próbkach wymazów ze stolca zostanie określony przez sekwencjonowanie amplikonu genu 16S rRNA. W skrócie, DNA zostanie wyekstrahowane za pomocą zestawu QIAamp Microbiome Kit lub QIAamp DNA Mini Kit (odpowiednio dla próbek wymazu i kału), a następnie nastąpi amplifikacja genu 16S rRNA i kod kreskowy zgodnie z wcześniejszym opisem. Zsekwencjonowane próbki amplikonu zsekwencjonowano na platformie Illumina MiSeq w JMF. Kontrole negatywne przeprowadzane podczas ekstrakcji DNA i amplifikacji genu 16S rRNA są rutynowo uwzględniane w przepływie pracy przetwarzania próbek. Uzyskane dane sekwencyjne zostaną poddane filtracji jakościowej i demultipleksowaniu, po czym nastąpi wnioskowanie o wariancie sekwencjonowania amplikonu (ASV) z DADA2,16, co umożliwi analizę z najwyższą możliwą rozdzielczością taksonomiczną. Powstałe sekwencje ASV zostaną sklasyfikowane taksonomicznie przy użyciu SINA z najnowszym wydaniem bazy danych rRNA SILVA SSU. W razie potrzeby zanieczyszczenia zostaną usunięte in silico przy użyciu pakietu oprogramowania do dekontaminacji.

Dane okołoporodowe:

Oprócz pobierania wymazów i analizy, zostaną zebrane następujące parametry okołoporodowe przy użyciu bazy danych PIA Fetal Database, wersja 5.6.16.917 (GE Viewpoint, Monachium, Niemcy): Wiek matki [liczba], liczba porodów [liczba], wykształcenie wyższe [tak /nie], pochodzenie etniczne [kategoria], status związku [kategoria], wskaźnik masy ciała [liczba], nadużywanie nikotyny [tak/nie], historia pPROM [tak/nie], historia PTB [tak/nie], choroby wcześniej istniejące [kategoria], skrining infekcji pochwy [tak/nie], niewydolność szyjki macicy [tak/nie], stan przedrzucawkowy [tak/nie], krwawienia [tak/nie], prenatalna profilaktyka sterydowa [tak/nie], trwająca antybiotykoterapia [tak/ nie], tokoliza [tak/nie], profilaktyka magnezowa [tak/nie], tydzień ciąży w chwili porodu [liczba], masa urodzeniowa [liczba], punktacja Apgar w 1/5/10 minucie [liczba], pH krwi tętniczej pępowiny [liczba] ], przeniesienie na oddział intensywnej terapii noworodków [tak/nie].