Mikrobiom ved prematur fødsel

Totalt 100 studiedeltakere vil bli inkludert, tildelt en av følgende grupper:

Studie gruppe:

• Denne gruppen vil bestå av 50 gravide kvinner som opplevde pPROM mellom 22+5 og 28+0 svangerskapsuker, enten presentert på det primære studiestedet, eller henvist fra andre sykehus, og forløst ved keisersnitt.

Kontrollgruppe:

• Denne gruppen vil bestå av 50 gravide kvinner, som er planlagt til elektivt keisersnitt ved poliklinikken på det primære studiestedet, mellom 32+0 og 37+0 svangerskapsuker, og fødes til termin ved keisersnitt.

Rekruttering:

Rekruttering av alle pasienter vil foregå ved det medisinske universitetet i Wien, avdeling for obstetrikk og gynekologi. Kvinner i studiegruppen vil bli henvist fra utenfor sykehus eller vil være til stede ved vår avdeling av en eller annen grunn. Verifikasjon av pPROM vil bli utført ved spekulumundersøkelse og påvisning av fostervannssamling. Ved uklare funn vil en enzymatisk test (f.eks. Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, USA) bli utført. Etter pPROM-verifisering vil kvinner som oppfyller inklusjonskriteriene bli tilbudt å delta i studien. De som opplever en spontan vaginal fødsel i stedet for keisersnitt av en eller annen grunn, vil bli vurdert som frafall. Kvinner i kontrollgruppen vil bli rekruttert under deres rutinepresentasjon for elektivt keisersnitt (av en eller annen grunn som ikke oppfyller eksklusjonskriteriene for studien) som vil bli planlagt til termin. De som opplever prematur fødsel selv om de er planlagt til elektivt keisersnitt ved termin, vil bli vurdert som frafall. Under konsultasjonen på poliklinikken vil disse kvinnene få tilbud om å delta i studien.

Sampling:

Alle vattpinner vil bli samlet inn fra underforskere av denne studien ved bruk av en standardisert prosedyre. For anonymisering vil kun innsamlingstidspunkt, sted og avdeling merkes på vattpinnerørene. Etter informert samtykke vil vaginale vattpinner samles inn under spekulumundersøkelse fra lateral vaginalvegg og posterior fornix vaginae ved bruk av en steril bomullspinne kombinert med en epitelbørste. En rektal vattpinne vil bli samlet inn ved å sette inn en steril vattpinne i analsfinkteren. Intraoperative vattpinner fra placenta og livmorhulen vil bli samlet inn under keisersnitt under sterile forhold. Neonatale vattpinner (bukkal slimhinne og hud) vil bli tatt direkte etter fødsel og i nyfødtperioden. Avføringsprøver vil bli tatt fra mekonium, definert som første avføring til spedbarnet og avføring til det nyfødte i nyfødtperioden. Alle prøver vil umiddelbart lagres ved -80°C etter innsamling. Epitelbørsten legges i RNAlater® RNA-stabiliseringsløsning og lagres ved -80°C.

Mikrobiomanalyse:

Mikrobiomanalyse vil bli utført ved Joint Microbiome Facility (JMF) ved Medical University of Vienna og University of Vienna. Testing vil bli utført av underforskere ved JMF. Den mikrobielle fellesskapssammensetningen i innsamlede avføringsprøver vil bli bestemt ved 16S rRNA-genamplikonsekvensering. Kort fortalt vil DNA ekstraheres med QIAamp Microbiome Kit eller QIAamp DNA Mini Kit (for henholdsvis vattpinne- og avføringsprøver), etterfulgt av 16S rRNA-genamplifikasjon og strekkoding som tidligere beskrevet. Multipleksede amplikonprøver sekvensert på Illumina MiSeq-plattformen ved JMF. Negative kontroller utført under DNA-ekstraksjon og 16S rRNA-genamplifikasjon er rutinemessig inkludert i prøvebehandlingsarbeidsflyten. De oppnådde sekvensdataene vil bli kvalitetsfiltrert og demultiplekset, etterfulgt av amplicon Sequencing Variant (ASV) inferens med DADA2,16 som muliggjør analyse med høyest mulig taksonomisk oppløsning. Resulterende ASV-sekvenser vil bli klassifisert taksonomisk ved bruk av SINA med den nyeste utgivelsen av SILVA SSU rRNA-databasen. Om nødvendig vil forurensninger bli fjernet i silico ved hjelp av dekontaminerings-programvarepakken.

Perinatale data:

I tillegg til prøvetaking og analyse av vattpinne, vil følgende perinatale parametere samles inn ved å bruke PIA Fetal Database, versjon 5.6.16.917 (GE Viewpoint, München, Tyskland): Mors alder [antall], paritet [antall], høyere utdanning [ja] /nei], etnisitet [kategori], forholdsstatus [kategori], kroppsmasseindeks [tall], nikotinmisbruk [ja/nei], historie med pPROM [ja/nei], historie med PTB [ja/nei], eksisterende sykdommer [kategori], vaginal infeksjonsscreening [ja/nei], cervikal insuffisiens [ja/nei], preeklampsi [ja/nei], blødning [ja/nei], prenatal steroidprofylakse [ja/nei], pågående antibiotikabehandling [ja/ nei], tokolyse [ja/nei], magnesiumprofylakse [ja/nei], svangerskapsuke ved fødsel [nummer], fødselsvekt [tall], Apgar-score på 1/5/10 minutter [nummer], navlestrengsarteriell pH [nummer] ], overføring til neonatal intensivavdeling [ja/nei].