Microbioma no parto prematuro

Um total de 100 participantes do estudo serão incluídos, designados para um dos seguintes grupos:

Grupo de Estudos:

• Este grupo consistirá de 50 mulheres grávidas, que apresentaram pPROM entre 22+5 e 28+0 semanas de gestação, apresentando-se no local primário do estudo ou sendo encaminhadas de outros hospitais e com parto prematuro por cesariana.

Grupo de controle:

• Este grupo será composto por 50 mulheres grávidas, agendadas para cesariana eletiva no ambulatório do local primário do estudo, entre 32+0 e 37+0 semanas de gestação, e com parto a termo por cesariana.

Recrutamento:

O recrutamento de todos os pacientes ocorrerá na Universidade Médica de Viena, Departamento de Obstetrícia e Ginecologia. As mulheres do grupo de estudo serão encaminhadas de hospitais externos ou se apresentarão por qualquer motivo em nosso departamento. A verificação de pPROM será realizada por exame especular e detecção de acúmulo de líquido amniótico. Em caso de resultados pouco claros, será realizado um teste enzimático (por exemplo, Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, EUA). Após a verificação do pPROM, as mulheres que atenderem aos critérios de inclusão serão convidadas a participar do estudo. Aqueles que experimentam um parto vaginal espontâneo em vez de uma cesariana por qualquer motivo, serão considerados desistentes. As mulheres do grupo controle serão recrutadas durante sua apresentação de rotina para cesariana eletiva (por qualquer motivo que não atenda aos critérios de exclusão do estudo) que será agendada a termo. Aqueles que tiverem parto prematuro, embora agendados para cesariana eletiva a termo, serão considerados desistentes. Durante a consulta no ambulatório, essas mulheres serão convidadas a participar do estudo.

Amostragem:

Todos os swabs serão coletados dos subinvestigadores deste estudo usando um procedimento padronizado. Para anonimização, apenas o ponto de coleta, local e enfermaria serão marcados nos tubos de swab. Após o consentimento informado, swabs vaginais serão coletados durante o exame especular da parede vaginal lateral e fórnice posterior da vagina usando um swab de algodão estéril combinado com uma escova epitelial. Um swab retal será coletado pela inserção de um swab estéril no esfíncter anal. Swabs intraoperatórios da placenta e da cavidade uterina serão coletados durante a cesariana em condições estéreis. Swabs neonatais (mucosa bucal e pele) serão coletados diretamente após o parto e no período neonatal. Amostras de fezes serão retiradas do mecônio, definido como as primeiras fezes do lactente e as fezes do recém-nascido no período neonatal. Todas as amostras serão imediatamente armazenadas a -80°C após a coleta. A escova epitelial será colocada em solução de estabilização de RNA RNAlater® e armazenada a -80°C.

Análise do microbioma:

A análise do microbioma será realizada no Joint Microbiome Facility (JMF) da Medical University of Vienna e da University of Vienna. Os testes serão realizados por sub-investigadores no JMF. A composição da comunidade microbiana em amostras de swab de fezes coletadas será determinada por sequenciamento do gene amplicon 16S rRNA. Resumidamente, o DNA será extraído com o QIAamp Microbiome Kit ou QIAamp DNA Mini Kit (para amostras de zaragatoa e fezes, respectivamente), seguido de amplificação do gene 16S rRNA e código de barras conforme descrito anteriormente. Amostras de amplicon multiplexadas sequenciadas na plataforma Illumina MiSeq no JMF. Os controles negativos realizados durante a extração de DNA e a amplificação do gene 16S rRNA são rotineiramente incluídos no fluxo de trabalho de processamento de amostras. Os dados de sequência obtidos serão filtrados por qualidade e desmultiplexados, seguidos por inferência de variante de sequenciamento de amplicon (ASV) com DADA2,16 permitindo análise na resolução taxonômica mais alta possível. As sequências ASV resultantes serão classificadas taxonomicamente usando SINA com a versão mais recente do banco de dados SILVA SSU rRNA. Se necessário, os contaminantes serão removidos in silico usando o pacote de software de descontaminação.

Dados perinatais:

Além da amostragem e análise de swab, os seguintes parâmetros perinatais serão coletados, usando o PIA Fetal Database, versão 5.6.16.917 (GE Viewpoint, Munique, Alemanha): Idade materna [número], paridade [número], educação superior [sim] /não], etnia [categoria], estado civil [categoria], índice de massa corporal [número], abuso de nicotina [sim/não], história de pPROM [sim/não], história de TBP [sim/não], doenças preexistentes [categoria], rastreamento de infecção vaginal [sim/não], insuficiência cervical [sim/não], pré-eclâmpsia [sim/não], sangramento [sim/não], profilaxia pré-natal com esteroides [sim/não], tratamento antibiótico em andamento [sim/ não], tocólise [sim/não], profilaxia com magnésio [sim/não], semana gestacional no parto [número], peso ao nascer [número], Apgar 1/5/10 minutos [número], pH arterial do cordão umbilical [número ], transferência para unidade de terapia intensiva neonatal [sim/não].