Mikrobiom bei Frühgeburten

Insgesamt werden 100 Studienteilnehmer eingeschlossen, die einer der folgenden Gruppen zugeordnet werden:

Studiengruppe:

• Diese Gruppe wird aus 50 schwangeren Frauen bestehen, die zwischen der 22. + 5. und 28. + 0. Schwangerschaftswoche pPROM erlebten, entweder am primären Studienzentrum vorstellig wurden oder von anderen Krankenhäusern überwiesen wurden und vorzeitig per Kaiserschnitt entbunden wurden.

Kontrollgruppe:

• Diese Gruppe wird aus 50 schwangeren Frauen bestehen, die für einen elektiven Kaiserschnitt in der Ambulanz des primären Studienzentrums zwischen einer Schwangerschaftswoche von 32+0 bis 37+0 vorgesehen sind und termingerecht per Kaiserschnitt entbunden werden.

Rekrutierung:

Die Rekrutierung aller Patientinnen erfolgt an der Medizinischen Universität Wien, Universitätsklinik für Gynäkologie und Geburtshilfe. Frauen in der Studiengruppe werden von externen Krankenhäusern überwiesen oder aus irgendeinem Grund in unserer Abteilung vorgestellt. Die Überprüfung des pPROM wird durch eine Spekulumuntersuchung und den Nachweis einer Ansammlung von Fruchtwasser durchgeführt. Bei unklaren Befunden wird ein enzymatischer Test (z. B. Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, USA) durchgeführt. Nach pPROM-Verifizierung wird Frauen, die die Einschlusskriterien erfüllen, angeboten, an der Studie teilzunehmen. Diejenigen, die aus irgendeinem Grund anstelle eines Kaiserschnitts eine spontane vaginale Entbindung erleben, werden als Aussteiger betrachtet. Frauen in der Kontrollgruppe werden während ihrer routinemäßigen Vorstellung für einen elektiven Kaiserschnitt (aus irgendeinem Grund, der nicht die Ausschlusskriterien der Studie erfüllt) rekrutiert, der zum Termin geplant ist. Diejenigen, die eine Frühgeburt erleiden, obwohl für den Termin ein Kaiserschnitt geplant war, werden als Aussteiger betrachtet. Diesen Frauen wird im Rahmen ihres Beratungsgesprächs in der Ambulanz die Teilnahme an der Studie angeboten.

Probenahme:

Alle Abstriche werden von Unterprüfern dieser Studie unter Verwendung eines standardisierten Verfahrens entnommen. Zur Anonymisierung werden auf den Abstrichröhrchen lediglich Entnahmezeitpunkt, Ort und Station vermerkt. Nach Einverständniserklärung werden Vaginalabstriche während der Spekulumuntersuchung von der lateralen Vaginalwand und dem hinteren Scheidengewölbe mit einem sterilen Wattestäbchen in Kombination mit einer Epithelbürste entnommen. Ein Rektalabstrich wird durch Einführen eines sterilen Tupfers in den Analsphinkter entnommen. Beim Kaiserschnitt werden unter sterilen Bedingungen intraoperative Abstriche der Plazenta und der Gebärmutterhöhle entnommen. Neugeborenenabstriche (Bukkalschleimhaut und Haut) werden direkt nach der Entbindung und in der Neugeborenenzeit entnommen. Stuhlproben werden aus dem Mekonium entnommen, definiert als erster Stuhl des Säuglings und Stuhl des Neugeborenen in der Neugeborenenperiode. Alle Proben werden unmittelbar nach der Entnahme bei -80 °C gelagert. Die Epithelbürste wird in RNAlater® RNA-Stabilisierungslösung eingelegt und bei -80 °C gelagert.

Mikrobiomanalyse:

Die Mikrobiomanalyse wird an der Joint Microbiome Facility (JMF) der Medizinischen Universität Wien und der Universität Wien durchgeführt. Die Tests werden von Unterprüfern des JMF durchgeführt. Die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft in gesammelten Stuhlabstrichproben wird durch 16S-rRNA-Gen-Amplikon-Sequenzierung bestimmt. Kurz gesagt, die DNA wird mit dem QIAamp Microbiome Kit oder dem QIAamp DNA Mini Kit (für Abstrich- bzw. Stuhlproben) extrahiert, gefolgt von einer 16S-rRNA-Genamplifikation und Barcoding wie zuvor beschrieben. Gemultiplexte Amplikonproben, die auf der Illumina MiSeq-Plattform am JMF sequenziert wurden. Negativkontrollen, die während der DNA-Extraktion und der 16S-rRNA-Genamplifikation durchgeführt werden, sind routinemäßig in den Arbeitsablauf der Probenverarbeitung eingeschlossen. Die erhaltenen Sequenzdaten werden qualitätsgefiltert und demultiplexiert, gefolgt von einer Amplikonsequenzierungsvarianten(ASV)-Inferenz mit DADA2,16, die eine Analyse mit der höchstmöglichen taxonomischen Auflösung ermöglicht. Die resultierenden ASV-Sequenzen werden unter Verwendung von SINA mit der neuesten Version der SILVA SSU rRNA-Datenbank taxonomisch klassifiziert. Bei Bedarf werden Verunreinigungen mit dem Softwarepaket decontam in silico entfernt.

Perinatale Daten:

Zusätzlich zur Entnahme und Analyse von Abstrichen werden die folgenden perinatalen Parameter unter Verwendung der PIA Fetal Database, Version 5.6.16.917 (GE Viewpoint, München, Deutschland) erhoben: Alter der Mutter [Anzahl], Parität [Anzahl], Hochschulbildung [ja /nein], ethnische Zugehörigkeit [Kategorie], Beziehungsstatus [Kategorie], Body-Mass-Index [Anzahl], Nikotinmissbrauch [ja/nein], pPROM-Vorgeschichte [ja/nein], PTB-Vorgeschichte [ja/nein], Vorerkrankungen [Kategorie], Vaginalinfektionsscreening [ja/nein], Zervixinsuffizienz [ja/nein], Präeklampsie [ja/nein], Blutung [ja/nein], pränatale Steroidprophylaxe [ja/nein], laufende Antibiotikatherapie [ja/nein] nein], Tokolyse [ja/nein], Magnesiumprophylaxe [ja/nein], Schwangerschaftswoche bei Entbindung [Anzahl], Geburtsgewicht [Anzahl], Apgar-Score bei 1/5/10 Minuten [Anzahl], Nabelschnurarterien-pH [Anzahl ], Verlegung auf neonatale Intensivstation [ja/nein].