Mikrobiom vid för tidig födsel

Totalt 100 studiedeltagare kommer att inkluderas, tilldelade en av följande grupper:

Studiegrupp:

• Denna grupp kommer att bestå av 50 gravida kvinnor, som upplevde pPROM mellan 22+5 och 28+0 graviditetsveckor, antingen presenterade på den primära studieplatsen eller remitterade från andra sjukhus och förlossade med kejsarsnitt.

Kontrollgrupp:

• Denna grupp kommer att bestå av 50 gravida kvinnor, som är schemalagda för elektivt kejsarsnitt på polikliniken på den primära studieplatsen, mellan 32+0 och 37+0 graviditetsveckor, och förlossas vid terminen med kejsarsnitt.

Rekrytering:

Rekrytering av alla patienter kommer att ske vid det medicinska universitetet i Wien, avdelningen för obstetrik och gynekologi. Kvinnor i studiegruppen kommer att remitteras från externa sjukhus eller kommer av någon anledning att närvara på vår avdelning. Verifiering av pPROM kommer att utföras genom spekulumundersökning och detektering av fostervattenansamling. Vid oklara fynd kommer ett enzymtest (t.ex. Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, USA) att utföras. Efter pPROM-verifiering kommer kvinnor som uppfyller inklusionskriterierna att erbjudas att delta i studien. De som av någon anledning upplever en spontan vaginal förlossning istället för ett kejsarsnitt kommer att betraktas som avhopp. Kvinnor i kontrollgruppen kommer att rekryteras under sin rutinpresentation för elektivt kejsarsnitt (av någon anledning som inte uppfyller studiens uteslutningskriterier) som kommer att planeras till terminen. De som upplever för tidig födsel trots att de är planerade till elektivt kejsarsnitt vid terminen, kommer att betraktas som avhopp. Under sin konsultation på öppenvårdsavdelningen kommer dessa kvinnor att erbjudas att delta i studien.

Provtagning:

Alla svabbar kommer att samlas in från undersökare av denna studie med hjälp av ett standardiserat förfarande. För anonymisering kommer endast insamlingstidpunkt, plats och avdelning att markeras på svabbrören. Efter informerat samtycke kommer vaginala pinnar att samlas in under spekulumundersökning från den laterala slidväggen och posterior fornix vaginae med hjälp av en steril bomullspinne kombinerad med en epitelborste. En rektal pinne kommer att samlas in genom att en steril pinne förs in i analsfinktern. Intraoperativa pinnar från moderkakan och livmoderhålan kommer att samlas in under kejsarsnitt under sterila förhållanden. Neonatala pinnprover (buckal slemhinna och hud) kommer att samlas in direkt efter förlossningen och under neonatalperioden. Avföringsprover kommer att tas från mekoniumet, definierat som första avföring från spädbarnet och avföring från det nyfödda barnet under neonatalperioden. Alla prover kommer omedelbart att förvaras vid -80°C efter insamling. Epitelborsten kommer att läggas i RNAlater® RNA-stabiliseringslösning och förvaras vid -80°C.

Mikrobiomanalys:

Mikrobiomanalys kommer att utföras vid Joint Microbiome Facility (JMF) vid medicinska universitetet i Wien och universitetet i Wien. Testning kommer att utföras av underutredare vid JMF. Den mikrobiella gemenskapssammansättningen i insamlade avföringsprover kommer att bestämmas genom 16S rRNA-genamplikonsekvensering. Kortfattat kommer DNA att extraheras med QIAamp Microbiome Kit eller QIAamp DNA Mini Kit (för pinnprover respektive avföringsprover), följt av 16S rRNA-genamplifiering och streckkodning som tidigare beskrivits. Multiplexade amplikonprover sekvenserade på Illumina MiSeq-plattformen vid JMF. Negativa kontroller utförda under DNA-extraktion och 16S rRNA-genamplifiering ingår rutinmässigt i provbearbetningsarbetsflödet. De erhållna sekvensdata kommer att kvalitetsfiltreras och demultiplexeras, följt av amplicon Sequencing Variant (ASV) slutledning med DADA2,16 som möjliggör analys med högsta möjliga taxonomiska upplösning. Resulterande ASV-sekvenser kommer att klassificeras taxonomiskt med SINA med den senaste versionen av SILVA SSU rRNA-databasen. Vid behov kommer föroreningar att avlägsnas i silico med hjälp av dekontamineringsmjukvarupaketet.

Perinatala data:

Förutom svabbprovtagning och analys kommer följande perinatala parametrar att samlas in med hjälp av PIA Fetal Database, version 5.6.16.917 (GE Viewpoint, München, Tyskland): Moderns ålder [antal], paritet [antal], eftergymnasial utbildning [ja] /nej], etnicitet [kategori], relationsstatus [kategori], body mass index [nummer], nikotinmissbruk [ja/nej], historia av pPROM [ja/nej], historia av PTB [ja/nej], redan existerande sjukdomar [kategori], screening av vaginal infektion [ja/nej], cervikal insufficiens [ja/nej], havandeskapsförgiftning [ja/nej], blödning [ja/nej], profylax mot steroider [ja/nej], pågående antibiotikabehandling [ja/ nej], tokolys [ja/nej], magnesiumprofylax [ja/nej], graviditetsvecka vid förlossning [nummer], födelsevikt [nummer], Apgar-poäng vid 1/5/10 minuter [nummer], navelsträngsartär pH [nummer] ], förflyttning till neonatal intensivvårdsavdelning [ja/nej].