Microbioma nella nascita pretermine

Saranno inclusi un totale di 100 partecipanti allo studio, assegnati a uno dei seguenti gruppi:

Gruppo di studio:

• Questo gruppo sarà composto da 50 donne incinte, che hanno manifestato pPROM tra 22+5 e 28+0 settimane gestazionali, che si sono presentate presso il sito dello studio primario o che sono state indirizzate da altri ospedali e partorite prematuramente con taglio cesareo.

Gruppo di controllo:

• Questo gruppo sarà composto da 50 donne in gravidanza, che sono programmate per taglio cesareo elettivo presso il reparto ambulatoriale del sito di studio primario, tra 32+0 e 37+0 settimane gestazionali, e partorite a termine con taglio cesareo.

Reclutamento:

Il reclutamento di tutti i pazienti avverrà presso l'Università di Medicina di Vienna, Dipartimento di Ostetricia e Ginecologia. Le donne nel gruppo di studio verranno indirizzate da ospedali esterni o si presenteranno per qualsiasi motivo presso il nostro dipartimento. La verifica della pPROM sarà eseguita mediante esame speculum e rilevazione di pool di liquido amniotico. In caso di risultati poco chiari, verrà condotto un test enzimatico (ad esempio, Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, USA). Dopo la verifica pPROM, alle donne che soddisfano i criteri di inclusione verrà offerto di partecipare allo studio. Coloro che sperimentano un parto vaginale spontaneo invece di un taglio cesareo per qualsiasi motivo, saranno considerati drop-out. Le donne nel gruppo di controllo verranno reclutate durante la loro presentazione di routine per taglio cesareo elettivo (per qualsiasi motivo che non soddisfi i criteri di esclusione dello studio) che sarà programmato a termine. Coloro che subiscono un parto pretermine pur essendo programmati per un cesareo elettivo a termine, saranno considerati drop-out. Durante la loro consultazione presso il reparto ambulatoriale, a queste donne verrà offerto di partecipare allo studio.

Campionamento:

Tutti i tamponi saranno raccolti dai sub-ricercatori di questo studio utilizzando una procedura standardizzata. Per l'anonimizzazione, sulle provette dei tamponi verranno contrassegnati solo il punto di raccolta, il luogo e il reparto. Dopo il consenso informato, i tamponi vaginali verranno raccolti durante l'esame speculum dalla parete vaginale laterale e dal fornice vaginale posteriore utilizzando un batuffolo di cotone sterile combinato con uno spazzolino epiteliale. Verrà raccolto un tampone rettale inserendo un tampone sterile nello sfintere anale. I tamponi intraoperatori della placenta e della cavità uterina saranno raccolti durante il taglio cesareo in condizioni sterili. I tamponi neonatali (mucosa buccale e cute) verranno raccolti subito dopo il parto e nel periodo neonatale. I campioni di feci saranno prelevati dal meconio, definito come prima feci del lattante e come feci del neonato nel periodo neonatale. Tutti i campioni verranno immediatamente conservati a -80°C dopo la raccolta. Il pennello epiteliale verrà inserito nella soluzione di stabilizzazione dell'RNA RNAlater® e conservato a -80°C.

Analisi del microbioma:

L'analisi del microbioma sarà eseguita presso la Joint Microbiome Facility (JMF) dell'Università di medicina di Vienna e dell'Università di Vienna. I test saranno eseguiti da sub-ricercatori presso il JMF. La composizione della comunità microbica nei campioni di tampone fecale raccolti sarà determinata mediante sequenziamento dell'amplicone del gene 16S rRNA. In breve, il DNA verrà estratto con il kit QIAamp Microbiome o il kit QIAamp DNA Mini (rispettivamente per campioni di tampone e feci), seguito dall'amplificazione del gene 16S rRNA e dal codice a barre come descritto in precedenza. Campioni di ampliconi multiplexati sequenziati sulla piattaforma Illumina MiSeq presso il JMF. I controlli negativi eseguiti durante l'estrazione del DNA e l'amplificazione del gene 16S rRNA sono regolarmente inclusi nel flusso di lavoro dell'elaborazione del campione. I dati di sequenza ottenuti saranno filtrati per la qualità e demultiplati, seguiti dall'inferenza della variante di sequenziamento dell'amplicone (ASV) con DADA2,16 consentendo l'analisi alla massima risoluzione tassonomica possibile. Le risultanti sequenze di ASV saranno classificate tassonomicamente utilizzando SINA con l'ultima versione del database SILVA SSU rRNA. Se necessario, i contaminanti verranno rimossi in silico utilizzando il pacchetto software decontam.

Dati perinatali:

Oltre al campionamento e all'analisi del tampone, verranno raccolti i seguenti parametri perinatali, utilizzando il PIA Fetal Database, versione 5.6.16.917 (GE Viewpoint, Monaco, Germania): età materna [numero], parità [numero], istruzione terziaria [sì /no], etnia [categoria], stato sentimentale [categoria], indice di massa corporea [numero], abuso di nicotina [sì/no], storia di pPROM [sì/no], storia di PTB [sì/no], malattie preesistenti [categoria], screening delle infezioni vaginali [sì/no], insufficienza cervicale [sì/no], preeclampsia [sì/no], sanguinamento [sì/no], profilassi steroidea prenatale [sì/no], trattamento antibiotico in corso [sì/ no], tocolisi [sì/no], profilassi con magnesio [sì/no], settimana gestazionale al parto [numero], peso alla nascita [numero], punteggio di Apgar a 1/5/10 minuti [numero], pH arterioso del cordone ombelicale [numero ], trasferimento in terapia intensiva neonatale [sì/no].