Étude des performances analytiques de différentes méthodes d'auto-prélèvement salivaire pour la détection du COVID-19 (SAMILCOV)

Depuis mars 2020, l'infection à coronavirus de type SARS-CoV (SARS-CoV-2 ; nCoV19 ; COVID-19) est considérée comme pandémique. Dès avril 2020, l'Organisation mondiale de la santé recommandait la mise en place d'un dépistage de masse des populations, dans le but d'identifier les cas et les contacts et de contrôler la propagation virale. Depuis la fin du confinement le 11 mai 2020, la politique de dépistage a été intensifiée pour lutter contre le COVID-19. Les tests virologiques par RT-PCR sont ainsi accessibles à tous, sans ordonnance et remboursés par l'assurance maladie. Le gouvernement français s'est également fixé un objectif quantitatif de 1 million de tests par semaine. Afin d'atteindre cet objectif, le nombre de centres de prélèvement a été augmenté (structures mobiles, etc.).

Des tests de dépistage sont actuellement réalisés à l'aide d'un écouvillon nasopharyngé analysé par RT-PCR pour la détection d'ARN viral. Ce type d'échantillon présente plusieurs contraintes techniques et logistiques. Elle doit être réalisée par du personnel habilité et formé à cette procédure et aux bonnes pratiques d'hygiène hospitalière. Il expose le personnel de prélèvement à une éventuelle contamination par les sécrétions nasopharyngées ou la toux pouvant survenir lors du prélèvement. Avec l'augmentation du dépistage, le personnel de prélèvement est parfois en nombre insuffisant et la pression du marché sur les écouvillons et les milieux de transport virologiques est importante.

De plus, ces écouvillons sont inconfortables voire douloureux pour le patient, ce qui pourrait impliquer une réticence à se faire dépister. Elles se compliquent également chez l'enfant, qu'il soit rhino- ou oropharyngé.

Une alternative à l'écouvillon nasopharyngé, objet de ce projet, serait de disposer d'une ou plusieurs méthodes de prélèvement fiables et moins contraignantes que l'écouvillon nasopharyngé ("gold standard"). Ainsi, nous proposons de tester et de comparer les résultats obtenus par les techniques de biologie moléculaire sur des écouvillons nasopharyngés, salivaires et buccaux.