Caractérisation moléculaire des altérations génétiques dans les tumeurs solides pédiatriques

Contexte : En Argentine, les tumeurs solides du système nerveux central (SNC) (19 %) et les tumeurs solides non liées au SNC (25 %) représentent 44 % des tumeurs pédiatriques. La nouvelle classification 2016 de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), qui inclut la caractérisation génomique, comprend plus de 100 entités et sous-classes tumorales du SNC. Chez l'enfant, les tumeurs de la lignée gliale (gliomes) sont les plus fréquentes et comprennent les astrocytomes, les épendymomes et les oligodendrogliomes, tandis que les tumeurs embryonnaires du SNC constituent un groupe hétérogène de tumeurs de grade IV de l'OMS. Les tumeurs des tissus mous pédiatriques (STT) présentent des difficultés pour un diagnostic précis car leurs caractéristiques morphologiques et immunophénotypiques se chevauchent parmi les différents modèles histologiques.

L'émergence de nouvelles techniques moléculaires a généré une grande avancée dans le domaine des tumeurs solides, notamment dans la définition moléculaire des groupes de patients. Ce fait rend possible un traitement sur mesure, selon la biologie de la tumeur.

En particulier, chez les enfants, l'identification des cibles de traitement est particulièrement importante car elle peut éviter des séquelles inutiles chez un enfant en pleine croissance. Ce projet permet l'articulation entre les groupes de recherche fondamentale et clinique, consolidant ainsi l'objectif de recherche fondamentale translationnelle et générant des connaissances à la fois cliniques et fondamentales sur la pathogenèse des tumeurs solides pédiatriques dans notre pays.

Objectif : Standardiser et mettre en œuvre une stratégie moléculaire multi-niveaux complète, utilisant des techniques de complexité moyenne et élevée, pour la détection des altérations moléculaires dans les tumeurs solides primaires pédiatriques (neuroblastome, rhabdomyosarcome, tumeurs de la famille des sarcomes d'Ewing, sarcomes des tissus mous et tumeurs du SNC (gliomes et embryonnaire)), qui peuvent être appliquées au diagnostic, au pronostic et/ou à l'utilisation de thérapies ciblées contre des cibles moléculaires afin de fournir une opportunité thérapeutique sur mesure.

Matériel et méthodes : Les cas pédiatriques de tumeurs solides seront enrôlés prospectivement. Sur la base des statistiques des centres participants, 100 échantillons seront inclus. Pour chaque cas, une biopsie fixée au formol sera disponible et, si possible, un fragment sera également conservé à -70 °C. Les données cliniques et de suivi seront obtenues à partir des dossiers cliniques.

Les approches méthodologiques comprennent : 1) La détection immunohistochimique de marqueurs déterminants de la lignée tumorale, dont certains ont une valeur prédictive. 2) FISH (hybridation in situ par fluorescence) avec stratégie de rupture pour les gènes impliqués dans les translocations chromosomiques récurrentes et sondes de conception spécifiques au locus pour d'autres altérations structurales chromosomiques structurelles déséquilibrées (amplifications et délétions de gènes ou de segments chromosomiques). 3) Détection en temps réel (RT)-réaction en chaîne par polymérase (PCR) des transcrits de fusion résultant de translocations chromosomiques. 4) Réaction en chaîne par polymérase quantitative (qPCR) et analyse par séquençage de Sanger des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) comme cibles pour la thérapie. 5) Analyse par séquençage Sanger des fusions, ins/del en complément de RT-PCR ou FISH (hybridation in situ par fluorescence), 6) Séquençage de nouvelle génération (NGS) avec un panel spécifique et personnalisé contenant tous les gènes nécessaires pour définir une tumeur´ s profil de mutation génomique pour le diagnostic, la stratification des risques et le pronostic des tumeurs pédiatriques. Cependant, le séquençage NGS ne sera appliqué que dans les cas qui n'ont pas pu être résolus avec les stratégies précédentes ou les cas avec une mauvaise évolution

Sur la base des analyses ci-dessus, un algorithme d'analyse intégré sera développé selon les recommandations de l'OMS, mais adapté aux installations de l'établissement. Les découvertes moléculaires seront corrélées avec les données cliniques et histologiques