Moleculaire karakterisering van genetische veranderingen in solide pediatrische tumoren

Achtergrond: In Argentinië vertegenwoordigen solide tumoren van het centrale zenuwstelsel (CZS) (19%) en niet-CZS solide tumoren (25%) 44% van de pediatrische tumoren. De nieuwe classificatie van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) uit 2016, die genomische karakterisering omvat, omvat meer dan 100 CZS-tumorentiteiten en -subklassen. Bij kinderen komen tumoren van de gliale lijn (gliomen) het meest voor en omvatten astrocytomen, ependymomen en oligodendroglioom, terwijl embryonale CZS-tumoren een heterogene groep van WHO-graad IV-tumoren zijn. Pediatrische wekedelentumoren (STT) vormen moeilijkheden voor een nauwkeurige diagnose, aangezien hun morfologische en immunofenotypische kenmerken de verschillende histologische patronen overlappen.

De opkomst van nieuwe moleculaire technieken heeft geleid tot een grote vooruitgang op het gebied van solide tumoren, met name in de moleculaire definitie van patiëntengroepen. Dit gegeven maakt een behandeling op maat mogelijk, afhankelijk van de biologie van de tumor.

Met name bij kinderen is de identificatie van behandelingsdoelen bijzonder belangrijk, omdat dit onnodige vervolging bij een opgroeiend kind kan voorkomen. Dit project maakt de articulatie tussen fundamentele en klinische onderzoeksgroepen mogelijk, waardoor de doelstelling van fundamenteel translationeel onderzoek wordt geconsolideerd en zowel klinische als basiskennis wordt gegenereerd over de pathogenese van pediatrische solide tumoren in ons land.

Doel: Het standaardiseren en implementeren van een alomvattende moleculaire strategie op meerdere niveaus, met behulp van technieken met gemiddelde en hoge complexiteit, voor de detectie van moleculaire veranderingen in primaire pediatrische vaste tumoren (neuroblastoom, rhabdomyosarcoom, Ewing-sarcoomfamilietumoren, wekedelensarcomen en CZS-tumoren (gliomen). en embryonaal)), die kunnen worden toegepast op de diagnose, prognose en/of het gebruik van gerichte therapieën tegen moleculaire doelwitten om een ​​op maat gemaakte therapeutische mogelijkheid te bieden.

Materiaal en methoden: Pediatrische gevallen van solide tumoren zullen prospectief worden ingeschreven. Op basis van de statistieken van de deelnemende centra zullen 100 monsters worden opgenomen. Van elk geval zal een met formaline gefixeerde biopsie beschikbaar zijn en indien mogelijk zal ook een fragment bewaard worden bij -70°C. Klinische en follow-upgegevens worden verkregen uit de klinische dossiers.

De methodologische benaderingen omvatten: 1) Immunohistochemische detectie van bepalende markers voor tumorafkomst, waarvan sommige met voorspellende waarde. 2) FISH (fluorescentie in situ hybridisatie) met break-apart strategie voor genen die betrokken zijn bij terugkerende chromosomale translocaties en locus-specifieke ontwerpsondes voor andere onevenwichtige structurele chromosomale structurele veranderingen (amplificaties en deleties van genen of chromosomale segmenten). 3) Realtime (RT)-polymerasekettingreactie (PCR) detectie van fusietranscripten resulterend uit chromosomale translocaties. 4) Kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR) en Sanger-sequencinganalyse van single-nucleotide polymorphisms (SNP's) als doelwitten voor therapie. 5) Sanger sequencing analyse van fusies, ins/del als aanvulling op RT-PCR of FISH (fluorescentie in situ hybridisatie), 6) Next Generation Sequencing (NGS) met een specifiek en op maat gemaakt panel dat alle noodzakelijke genen bevat om een ​​tumor te definiëren´ s genomisch mutatieprofiel voor diagnose, risicostratificatie en prognose van pediatrische tumoren. NGS-sequencing wordt echter alleen toegepast in die gevallen die niet konden worden opgelost met de vorige strategieën of in gevallen met een slechte evolutie

Op basis van bovenstaande analyses zal een geïntegreerd analyse-algoritme worden ontwikkeld volgens de aanbevelingen van de WHO, maar aangepast aan de faciliteiten van de instelling. Moleculaire bevindingen zullen worden gecorreleerd met klinische en histologische gegevens