Caratterizzazione molecolare delle alterazioni genetiche nei tumori solidi pediatrici

Sfondo: In Argentina, i tumori solidi del sistema nervoso centrale (SNC) (19%) e i tumori solidi non del SNC (25%) rappresentano il 44% dei tumori pediatrici. La nuova classificazione 2016 dell'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), che include la caratterizzazione genomica, comprende più di 100 entità e sottoclassi tumorali del SNC. Nei bambini, i tumori del lignaggio gliale (gliomi) sono i più frequenti e comprendono astrocitomi, ependimomi e oligodendrogliomi, mentre i tumori embrionali del SNC sono un gruppo eterogeneo di tumori di grado IV dell'OMS. I tumori pediatrici dei tessuti molli (STT) presentano difficoltà per una diagnosi accurata poiché le loro caratteristiche morfologiche e immunofenotipiche si sovrappongono tra i diversi pattern istologici.

L'emergere di nuove tecniche molecolari ha generato un grande progresso nel campo dei tumori solidi, in particolare nella definizione molecolare di gruppi di pazienti. Questo fatto rende fattibile un trattamento su misura, secondo la biologia del tumore.

In particolare, nei bambini, l'identificazione degli obiettivi terapeutici è particolarmente importante poiché può evitare un seguito non necessario in un bambino in crescita. Questo progetto consente l'articolazione tra gruppi di ricerca di base e clinica, consolidando così l'obiettivo della ricerca traslazionale di base e generando conoscenze sia cliniche che di base sulla patogenesi dei tumori solidi pediatrici nel nostro Paese.

Obiettivo: standardizzare e implementare una strategia molecolare completa multilivello, utilizzando tecniche di media e alta complessità, per il rilevamento di alterazioni molecolari nei tumori solidi pediatrici primari (neuroblastoma, rabdomiosarcoma, tumori della famiglia del sarcoma di Ewing, sarcomi dei tessuti molli e tumori del SNC (gliomi ed embrionale)), che possono essere applicati alla diagnosi, prognosi e/o uso di terapie mirate contro bersagli molecolari al fine di fornire un'opportunità terapeutica su misura.

Materiali e metodi: Verranno arruolati in modo prospettico casi pediatrici di tumori solidi. Sulla base delle statistiche dei centri partecipanti, saranno inclusi 100 campioni. Di ogni caso sarà disponibile una biopsia fissata in formalina e, quando possibile, un frammento sarà anche conservato a -70ºC. I dati clinici e di follow-up saranno ottenuti dalle cartelle cliniche.

Gli approcci metodologici includono: 1) Rilevazione immunoistochimica di marcatori determinanti del lignaggio tumorale, alcuni dei quali con valore predittivo. 2) FISH (ibridazione fluorescente in situ) con strategia di break-apart per geni coinvolti in traslocazioni cromosomiche ricorrenti e sonde locus-specific design per altre alterazioni strutturali cromosomiche sbilanciate (amplificazioni e delezioni di geni o segmenti cromosomici). 3) Rilevazione in tempo reale (RT)-polymerase chain reaction (PCR) dei trascritti di fusione risultanti da traslocazioni cromosomiche. 4) Analisi quantitativa della reazione a catena della polimerasi (qPCR) e del sequenziamento di Sanger di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) come bersagli per la terapia. 5) Analisi di sequenziamento Sanger di fusioni, ins/del come complemento a RT-PCR o FISH (ibridazione in situ fluorescente), 6) Next Generation Sequencing (NGS) con un pannello specifico e personalizzato contenente tutti i geni necessari per definire un tumore´ s profilo di mutazione genomica per la diagnosi, la stratificazione del rischio e la prognosi dei tumori pediatrici. Tuttavia, il sequenziamento NGS verrà applicato solo in quei casi che non potevano essere risolti con le strategie precedenti o casi con scarsa evoluzione

Sulla base delle analisi di cui sopra, verrà sviluppato un algoritmo di analisi integrato secondo le raccomandazioni dell'OMS, ma adattato alle strutture dell'istituto. I reperti molecolari saranno correlati con i dati clinici ed istologici