Molekylär karakterisering av genetiska förändringar i pediatriska solida tumörer

Bakgrund: I Argentina står solida tumörer i centrala nervsystemet (CNS) (19 %) och icke-CNS solida tumörer (25 %) för 44 % av pediatriska tumörer. Den nya klassificeringen av Världshälsoorganisationen (WHO) 2016, som inkluderar genomisk karakterisering, omfattar mer än 100 CNS-tumörenheter och underklasser. Hos barn är gliahärstamningstumörer (gliom) de vanligaste och omfattar astrocytom, ependymom och oligodendrogliom, medan embryonala CNS-tumörer är en heterogen grupp av WHO grad IV-tumörer. Pediatriska mjukdelstumörer (STT) ger svårigheter för korrekt diagnos eftersom deras morfologiska och immunfenotypiska egenskaper överlappar de olika histologiska mönstren.

Framväxten av nya molekylära tekniker har genererat ett stort framsteg inom området solida tumörer, särskilt i den molekylära definitionen av grupper av patienter. Detta faktum gör skräddarsydd behandling möjlig, enligt tumörens biologi.

I synnerhet hos barn är identifieringen av behandlingsmål särskilt viktig eftersom det kan undvika onödiga uppföljningar hos ett växande barn. Detta projekt möjliggör artikulation mellan grundläggande och kliniska forskargrupper, vilket befäster målet med grundläggande translationell forskning och genererar både klinisk och grundläggande kunskap om patogenesen av pediatriska solida tumörer i vårt land.

Syfte: Att standardisera och implementera en omfattande molekylär strategi på flera nivåer, med hjälp av tekniker med medelhög och hög komplexitet, för detektion av molekylära förändringar i primära pediatriska solida tumörer (neuroblastom, rabdomyosarkom, tumörer i Ewing-sarkomfamiljen, mjukdelssarkom och CNS-tumörer (gliom). och embryonala)), som kan tillämpas på diagnos, prognos och/eller användning av riktade terapier mot molekylära mål för att tillhandahålla en skräddarsydd terapeutisk möjlighet.

Material och metoder: Pediatriska fall av solida tumörer kommer att registreras prospektivt. Baserat på statistik från de deltagande centra kommer 100 prover att inkluderas. Från varje fall kommer en formalinfixerad biopsi att finnas tillgänglig och när det är möjligt kommer ett fragment också att bevaras vid -70ºC. Kliniska data och uppföljningsdata kommer att erhållas från de kliniska journalerna.

De metodologiska tillvägagångssätten inkluderar: 1) Immunhistokemisk detektering av tumörlinjedeterminantmarkörer, några av dem med prediktivt värde. 2) FISH (fluorescens in situ hybridisering) med break-apart strategi för gener involverade i återkommande kromosomala translokationer och lokusspecifika designsonder för andra obalanserade strukturella kromosomala strukturella förändringar (förstärkningar och deletioner av gener eller kromosomala segment). 3) Realtid (RT)-polymeraskedjereaktion (PCR)-detektion av fusionstranskript resulterande från kromosomala translokationer. 4) Kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR) och Sanger-sekvensanalys av singelnukleotidpolymorfismer (SNP) som mål för terapi. 5) Sanger-sekvensanalys av fusioner, ins/del som komplement till RT-PCR eller FISH (fluorescens in situ hybridisering), 6) Next Generation Sequencing (NGS) med en specifik och anpassad panel som innehåller alla nödvändiga gener för att definiera en tumör. s genomisk mutationsprofil för diagnos, riskstratifiering och prognos av pediatriska tumörer. NGS-sekvensering kommer dock endast att tillämpas i de fall som inte kunde lösas med de tidigare strategierna eller fall med dålig utveckling

Baserat på ovanstående analyser kommer en integrerad analysalgoritm att utvecklas enligt WHO:s rekommendationer, men anpassad till institutionens faciliteter. Molekylära fynd kommer att korreleras med kliniska och histologiska data