Caracterización molecular de alteraciones genéticas en tumores sólidos pediátricos

Antecedentes: En Argentina, los tumores sólidos del sistema nervioso central (SNC) (19%) y los tumores sólidos fuera del SNC (25%) representan el 44% de los tumores pediátricos. La nueva clasificación de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 2016, que incluye la caracterización genómica, comprende más de 100 entidades y subclases de tumores del SNC. En niños, los tumores de linaje glial (gliomas) son los más frecuentes y comprenden astrocitomas, ependimomas y oligodendrogliomas, mientras que los tumores del SNC embrionario son un grupo heterogéneo de tumores de grado IV de la OMS. Los tumores de partes blandas (STT) pediátricos presentan dificultades para un diagnóstico preciso ya que sus características morfológicas e inmunofenotípicas se superponen entre los diferentes patrones histológicos.

La aparición de nuevas técnicas moleculares ha generado un gran avance en el campo de los tumores sólidos, particularmente en la definición molecular de grupos de pacientes. Este hecho hace factible un tratamiento a medida, según la biología del tumor.

En particular, en niños, la identificación de objetivos de tratamiento es especialmente importante ya que puede evitar secuelas innecesarias en un niño en crecimiento. Este proyecto permite la articulación entre grupos de investigación básica y clínica, consolidando así el objetivo de la investigación básica traslacional y generando conocimiento tanto clínico como básico sobre la patogenia de los tumores sólidos pediátricos en nuestro país.

Objetivo: Estandarizar e implementar una estrategia molecular multinivel integral, utilizando técnicas de mediana y alta complejidad, para la detección de alteraciones moleculares en tumores sólidos pediátricos primarios (neuroblastoma, rabdomiosarcoma, tumores de la familia del sarcoma de Ewing, sarcomas de partes blandas y tumores del SNC (gliomas y embrionario)), que se pueden aplicar al diagnóstico, pronóstico y/o uso de terapias dirigidas contra dianas moleculares para proporcionar una oportunidad terapéutica personalizada.

Material y métodos: Se reclutarán prospectivamente los casos pediátricos de tumores sólidos. En base a las estadísticas de los centros participantes, se incluirán 100 muestras. De cada caso se dispondrá de una biopsia fijada en formol y cuando sea posible se conservará también un fragmento a -70ºC. Los datos clínicos y de seguimiento se obtendrán de la historia clínica.

Los enfoques metodológicos incluyen: 1) Detección inmunohistoquímica de marcadores determinantes del linaje tumoral, algunos de ellos con valor predictivo. 2) FISH (hibridación fluorescente in situ) con estrategia de ruptura para genes implicados en translocaciones cromosómicas recurrentes y sondas de diseño específicas de locus para otras alteraciones estructurales cromosómicas estructurales desequilibradas (amplificaciones y deleciones de genes o segmentos cromosómicos). 3) Detección por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real (RT) de transcritos de fusión resultantes de translocaciones cromosómicas. 4) Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) y análisis de secuenciación de Sanger de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) como objetivos para la terapia. 5) Análisis de fusiones mediante secuenciación de Sanger, ins/del como complemento de RT-PCR o FISH (hibridación in situ por fluorescencia), 6) Secuenciación de próxima generación (NGS) con un panel específico y personalizado que contiene todos los genes necesarios para definir un tumor. s perfil de mutación genómica para diagnóstico, estratificación de riesgo y pronóstico de tumores pediátricos. No obstante, la secuenciación NGS solo se aplicará en aquellos casos que no hayan podido resolverse con las estrategias anteriores o casos con mala evolución.

En base a los análisis anteriores, se desarrollará un algoritmo de análisis integrado de acuerdo a las recomendaciones de la OMS, pero adaptado a las instalaciones de la institución. Los hallazgos moleculares se correlacionarán con los datos clínicos e histológicos.