Lasten kiinteiden kasvainten geneettisten muutosten molekyylikarakterisointi

Tausta: Argentiinassa keskushermoston (CNS) kiinteät kasvaimet (19 %) ja muut kuin keskushermoston kiinteät kasvaimet (25 %) muodostavat 44 % lasten kasvaimista. Uusi Maailman terveysjärjestön (WHO) 2016 luokittelu, joka sisältää genomisen karakterisoinnin, sisältää yli 100 keskushermoston kasvainkokonaisuutta ja alaluokkaa. Lapsilla gliaperäiset kasvaimet (glioomat) ovat yleisimpiä ja sisältävät astrosytoomat, ependimoomat ja oligodendroglioomat, kun taas alkion keskushermoston kasvaimet ovat heterogeeninen ryhmä WHO:n IV asteen kasvaimia. Lasten pehmytkudoskasvaimet (STT) aiheuttavat vaikeuksia tarkassa diagnoosissa, koska niiden morfologiset ja immunofenotyyppiset piirteet ovat päällekkäisiä eri histologisten kuvioiden välillä.

Uusien molekyylitekniikoiden syntyminen on synnyttänyt suuren edistyksen kiinteiden kasvainten alalla, erityisesti potilasryhmien molekyylimäärittelyssä. Tämä tosiasia tekee räätälöidyn hoidon mahdolliseksi kasvaimen biologian mukaan.

Erityisesti lapsilla hoitokohteiden tunnistaminen on erityisen tärkeää, koska sillä voidaan välttää tarpeeton jatko-osa kasvavassa lapsessa. Tämä projekti mahdollistaa perus- ja kliinisten tutkimusryhmien välisen niveltymisen, mikä vahvistaa translaation perustutkimuksen tavoitetta ja tuottaa sekä kliinistä että perustietoa lasten kiinteiden kasvainten patogeneesistä maassamme.

Tavoite: Standardisoida ja toteuttaa kattava monitasoinen molekyylistrategia keskisuurten ja monimutkaisten tekniikoiden avulla molekyylimuutosten havaitsemiseksi primaarisissa lasten kiinteissä kasvaimissa (neuroblastooma, rabdomyosarkooma, Ewing-sarkoomaperheen kasvaimet, pehmytkudossarkoomat ja keskushermoston kasvaimet (glioomat) ja alkionaalinen)), joita voidaan soveltaa diagnosointiin, ennusteeseen ja/tai kohdennettujen hoitojen käyttöön molekyylikohteita vastaan ​​räätälöidyn terapeuttisen mahdollisuuden tarjoamiseksi.

Materiaali ja menetelmät: Lasten kiinteiden kasvainten tapaukset rekisteröidään tulevaisuuteen. Osallistuvien keskusten tilastojen perusteella mukaan otetaan 100 näytettä. Jokaisesta tapauksesta on saatavilla formaliinikiinnitetty biopsia ja mahdollisuuksien mukaan fragmentti säilytetään myös -70 ºC:ssa. Kliiniset tiedot ja seurantatiedot saadaan kliinisistä tietueista.

Metodologisia lähestymistapoja ovat: 1) Immunohistokemiallinen tuumorilinjaa määräävien markkerien havaitseminen, joista osalla on ennakoivaa arvoa. 2) FISH (fluoresenssi in situ -hybridisaatio), jossa on hajoamisstrategia geeneille, jotka osallistuvat toistuviin kromosomaalisiin translokaatioihin, ja lokusspesifisiä suunnittelukoettimia muita epätasapainoisia rakenteellisia kromosomaalisia rakenteellisia muutoksia (geenien tai kromosomisegmenttien monistumista ja deleetiota). 3) Reaaliaikainen (RT)-polymeraasiketjureaktion (PCR) havaitseminen kromosomaalisista translokaatioista saatujen fuusiotranskriptien avulla. 4) Kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio (qPCR) ja yksittäisen nukleotidin polymorfismien (SNP) Sanger-sekvensointianalyysi hoidon kohteina. 5) fuusioiden Sanger-sekvensointianalyysi, ins/del komplementtina RT-PCR:lle tai FISH:lle (fluoresenssi in situ -hybridisaatio), 6) Next Generation Sequencing (NGS), jossa on spesifinen ja räätälöity paneeli, joka sisältää kaikki tarvittavat geenit kasvaimen määrittelemiseksi. s genominen mutaatioprofiili lasten kasvainten diagnosointiin, riskin kerrostumiseen ja ennusteeseen. NGS-sekvensointia käytetään kuitenkin vain niissä tapauksissa, joita ei voitu ratkaista aiemmilla strategioilla tai tapauksissa, joissa kehitys on huono

Yllä olevien analyysien perusteella kehitetään integroitu analyysialgoritmi WHO:n suositusten mukaisesti, mutta mukautettuna laitoksen tiloihin. Molekyylilöydökset korreloidaan kliinisten ja histologisten tietojen kanssa