Molekylær karakterisering af genetiske ændringer i pædiatriske solide tumorer

Baggrund: I Argentina udgør solide tumorer i centralnervesystemet (CNS) (19%) og ikke-CNS solide tumorer (25%) 44% af pædiatriske tumorer. Den nye World Health Organization (WHO) 2016 klassifikation, som inkluderer genomisk karakterisering, omfatter mere end 100 CNS tumorenheder og underklasser. Hos børn er gliale afstamningstumorer (gliomer) de hyppigste og omfatter astrocytomer, ependymomer og oligodendrogliom, mens embryonale CNS-tumorer er en heterogen gruppe af WHO grad IV tumorer. Pædiatriske bløddelstumorer (STT) frembyder vanskeligheder for nøjagtig diagnose, da deres morfologiske og immunfænotypiske træk overlapper mellem de forskellige histologiske mønstre.

Fremkomsten af ​​nye molekylære teknikker har genereret et stort fremskridt inden for solide tumorer, især i den molekylære definition af grupper af patienter. Dette faktum gør skræddersyet behandling mulig i henhold til tumorens biologi.

Især hos børn er identifikation af behandlingsmål særlig vigtig, da det kan undgå unødvendige fortsættelser hos et voksende barn. Dette projekt muliggør artikulation mellem basale og kliniske forskningsgrupper og konsoliderer dermed målsætningen om grundlæggende translationel forskning og genererer både klinisk og grundlæggende viden om patogenesen af ​​pædiatriske solide tumorer i vores land.

Formål: At standardisere og implementere en omfattende molekylær strategi på flere niveauer, ved brug af middel- og højkompleksitetsteknikker, til påvisning af molekylære ændringer i primære pædiatriske solide tumorer (neuroblastom, rhabdomyosarkom, Ewing-sarkomfamilietumorer, bløddelssarkomer og CNS-tumorer (gliomer) og embryonale)), der kan anvendes til diagnose, prognose og/eller anvendelse af målrettede terapier mod molekylære mål for at give en skræddersyet terapeutisk mulighed.

Materiale og metoder: Pædiatriske tilfælde af solide tumorer vil blive indskrevet prospektivt. Baseret på de deltagende centres statistik vil 100 prøver blive inkluderet. Fra hvert tilfælde vil en formalinfikseret biopsi være tilgængelig, og når det er muligt, vil et fragment også blive bevaret ved -70ºC. Kliniske data og opfølgningsdata vil blive indhentet fra de kliniske journaler.

De metodiske tilgange omfatter: 1) Immunhistokemisk påvisning af tumorafstamningsdeterminantmarkører, nogle af dem med prædiktiv værdi. 2) FISH (fluorescens in situ hybridisering) med break-apart strategi for gener involveret i tilbagevendende kromosomale translokationer og locus-specifikke designprober for andre ubalancerede strukturelle kromosomale strukturelle ændringer (amplifikationer og deletioner af gener eller kromosomale segmenter). 3) Real-time (RT)-polymerasekædereaktion (PCR) påvisning af fusionstranskripter som følge af kromosomale translokationer. 4) Kvantitativ polymerasekædereaktion (qPCR) og Sanger-sekventeringsanalyse af enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP'er) som mål for terapi. 5) Sanger-sekventeringsanalyse af fusioner, ins/del som et supplement til RT-PCR eller FISH (fluorescens in situ hybridisering), 6) Next Generation Sequencing (NGS) med et specifikt og tilpasset panel indeholdende alle nødvendige gener til at definere en tumor´ s genomisk mutationsprofil til diagnose, risikostratificering og prognose af pædiatriske tumorer. NGS-sekventering vil dog kun blive anvendt i de tilfælde, der ikke kunne løses med de tidligere strategier eller tilfælde med dårlig udvikling

På baggrund af ovenstående analyser vil der blive udviklet en integreret analysealgoritme efter WHOs anbefalinger, men tilpasset institutionens faciliteter. Molekylære fund vil blive korreleret med kliniske og histologiske data