Molekulární charakterizace genetických změn u dětských pevných nádorů

Východiska: V Argentině tvoří solidní nádory centrálního nervového systému (CNS) (19 %) a solidní nádory mimo CNS (25 %) 44 % dětských nádorů. Nová klasifikace Světové zdravotnické organizace (WHO) 2016, která zahrnuje genomickou charakterizaci, zahrnuje více než 100 nádorových entit a podtříd CNS. U dětí jsou nejčastější tumory gliové linie (gliomy) a zahrnují astrocytomy, ependymomy a oligodendrogliomy, zatímco embryonální tumory CNS jsou heterogenní skupinou WHO tumorů stupně IV. Pediatrické tumory měkkých tkání (STT) představují potíže pro přesnou diagnózu, protože jejich morfologické a imunofenotypové rysy se mezi různými histologickými vzory překrývají.

Vznik nových molekulárních technik přinesl velký pokrok v oblasti solidních nádorů, zejména v molekulární definici skupin pacientů. Tato skutečnost umožňuje realizovat léčbu na míru podle biologie nádoru.

Zejména u dětí je identifikace léčebných cílů obzvláště důležitá, protože může zabránit zbytečnému pokračování u rostoucího dítěte. Tento projekt umožňuje skloubení mezi základními a klinickými výzkumnými skupinami, konsoliduje tak cíl základního translačního výzkumu a generuje klinické i základní poznatky o patogenezi dětských solidních nádorů u nás.

Cíl: Standardizovat a implementovat komplexní víceúrovňovou molekulární strategii pomocí středně a vysoce komplexních technik pro detekci molekulárních změn u primárních pediatrických solidních nádorů (neuroblastom, rhabdomyosarkom, nádory rodiny Ewingových sarkomů, sarkomy měkkých tkání a nádory CNS (gliomy a embryonální)), které lze použít k diagnóze, prognóze a/nebo použití cílených terapií proti molekulárním cílům za účelem poskytnutí přizpůsobené terapeutické příležitosti.

Materiál a metody: Prospektivně budou zařazeny dětské případy solidních nádorů. Na základě statistik zúčastněných center bude zahrnuto 100 vzorků. Z každého případu bude k dispozici formalínová fixovaná biopsie a pokud to bude možné, fragment bude také uchován při -70ºC. Klinická a následná data budou získána z klinických záznamů.

Mezi metodologické přístupy patří: 1) Imunohistochemická detekce determinantních markerů nádorové linie, z nichž některé mají prediktivní hodnotu. 2) FISH (fluorescenční in situ hybridizace) se strategií break-apart pro geny podílející se na rekurentních chromozomálních translokacích a lokusově specifických designových sond pro jiné nevyvážené strukturální chromozomální strukturální změny (amplifikace a delece genů nebo chromozomálních segmentů). 3) Detekce fúzních transkriptů pocházejících z chromozomálních translokací v reálném čase (RT)-polymerázová řetězová reakce (PCR). 4) Kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR) a Sangerova sekvenační analýza jednonukleotidových polymorfismů (SNP) jako cíle terapie. 5) Sangerova sekvenační analýza fúzí, ins/del jako doplněk k RT-PCR nebo FISH (fluorescenční in situ hybridizace), 6) sekvenování nové generace (NGS) se specifickým a přizpůsobeným panelem obsahujícím všechny potřebné geny k definování nádoru s profil genomové mutace pro diagnostiku, stratifikaci rizika a prognózu dětských nádorů. Sekvenování NGS však bude použito pouze v případech, které nebylo možné vyřešit předchozími strategiemi, nebo v případech se špatným vývojem

Na základě výše uvedených analýz bude vyvinut integrovaný analytický algoritmus podle doporučení WHO, ale přizpůsobený zařízením instituce. Molekulární nálezy budou korelovány s klinickými a histologickými údaji