Charakterystyka molekularna zmian genetycznych w guzach litych u dzieci

Wprowadzenie: W Argentynie guzy lite ośrodkowego układu nerwowego (OUN) (19%) i guzy lite niezwiązane z OUN (25%) stanowią 44% guzów u dzieci. Nowa klasyfikacja Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) 2016, która obejmuje charakterystykę genomową, obejmuje ponad 100 jednostek i podklas nowotworów OUN. U dzieci najczęściej występują nowotwory linii glejowej (glejaki), które obejmują gwiaździaki, wyściółczaki i skąpodrzewiaki, podczas gdy guzy zarodkowe OUN stanowią heterogenną grupę guzów IV stopnia wg WHO. Guzy tkanek miękkich u dzieci (STT) stwarzają trudności w dokładnej diagnozie, ponieważ ich cechy morfologiczne i immunofenotypowe nakładają się na różne wzorce histologiczne.

Pojawienie się nowych technik molekularnych spowodowało ogromny postęp w dziedzinie guzów litych, zwłaszcza w molekularnej definicji grup pacjentów. Fakt ten umożliwia dostosowanie leczenia do indywidualnych potrzeb, zgodnie z biologią guza.

W szczególności u dzieci identyfikacja celów leczenia jest szczególnie ważna, ponieważ może uniknąć niepotrzebnych następstw u rozwijającego się dziecka. Projekt ten umożliwia artykulację między podstawowymi i klinicznymi grupami badawczymi, konsolidując w ten sposób cel podstawowych badań translacyjnych i generując zarówno kliniczną, jak i podstawową wiedzę na temat patogenezy guzów litych u dzieci w naszym kraju.

Cel: Standaryzacja i wdrożenie wszechstronnej, wielopoziomowej strategii molekularnej, przy użyciu technik o średniej i wysokiej złożoności, do wykrywania zmian molekularnych w pierwotnych guzach litych wieku dziecięcego (nerwiak zarodkowy, mięśniakomięsak prążkowanokomórkowy, nowotwory z rodziny mięsaków Ewinga, mięsaki tkanek miękkich i guzy OUN (glejaki i embrionalne)), które można zastosować do diagnozowania, prognozowania i/lub stosowania terapii celowanych przeciwko celom molekularnym, aby zapewnić dostosowane możliwości terapeutyczne.

Materiał i metody: Pediatryczne przypadki guzów litych będą przyjmowane prospektywnie. Na podstawie statystyk uczestniczących ośrodków uwzględnionych zostanie 100 próbek. Z każdego przypadku dostępna będzie utrwalona w formalinie biopsja, a jeśli to możliwe, fragment zostanie również zakonserwowany w temperaturze -70ºC. Dane kliniczne i kontrolne zostaną uzyskane z dokumentacji klinicznej.

Podejścia metodologiczne obejmują: 1) Immunohistochemiczne wykrywanie markerów determinujących linię nowotworu, z których niektóre mają wartość predykcyjną. 2) FISH (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ) ze strategią rozdzielania genów biorących udział w powtarzających się translokacjach chromosomów i sondy projektowe specyficzne dla locus dla innych niezrównoważonych strukturalnych zmian strukturalnych chromosomów (amplifikacje i delecje genów lub segmentów chromosomów). 3) Wykrywanie w czasie rzeczywistym (RT) reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) transkryptów fuzyjnych powstałych w wyniku translokacji chromosomalnych. 4) Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (qPCR) i analiza sekwencjonowania Sangera polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) jako celów terapii. 5) Analiza sekwencjonowania fuzji metodą Sangera, ins/del jako uzupełnienie RT-PCR lub FISH (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ), 6) Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) ze specyficznym i dostosowanym panelem zawierającym wszystkie geny niezbędne do zdefiniowania guza” s profil mutacji genomowych do diagnozy, stratyfikacji ryzyka i prognozowania nowotworów u dzieci. Jednak sekwencjonowanie NGS będzie stosowane tylko w tych przypadkach, których nie można było rozwiązać za pomocą poprzednich strategii lub przypadków ze słabą ewolucją

Na podstawie powyższych analiz opracowany zostanie algorytm analizy zintegrowanej zgodnie z zaleceniami WHO, ale dostosowany do zaplecza placówki. Wyniki badań molekularnych zostaną skorelowane z danymi klinicznymi i histologicznymi