Molekylær karakterisering av genetiske endringer i pediatriske solide svulster

Bakgrunn: I Argentina står solide svulster i sentralnervesystemet (CNS) (19 %) og ikke-CNS solide svulster (25 %) for 44 % av pediatriske svulster. Den nye verdenshelseorganisasjonen (WHO) 2016-klassifiseringen, som inkluderer genomisk karakterisering, omfatter mer enn 100 CNS-tumorenheter og underklasser. Hos barn er gliale avstamningssvulster (gliomer) de hyppigste og omfatter astrocytomer, ependymomer og oligodendrogliom, mens embryonale CNS-svulster er en heterogen gruppe av WHO grad IV-svulster. Pediatriske bløtvevssvulster (STT) presenterer vanskeligheter for nøyaktig diagnose siden deres morfologiske og immunfenotypiske egenskaper overlapper mellom de forskjellige histologiske mønstrene.

Fremveksten av nye molekylære teknikker har generert et stort fremskritt innen solide svulster, spesielt i den molekylære definisjonen av grupper av pasienter. Dette faktum gjør skreddersydd behandling mulig, i henhold til svulstens biologi.

Spesielt hos barn er identifisering av behandlingsmål spesielt viktig siden det kan unngå unødvendig oppfølger hos et voksende barn. Dette prosjektet tillater artikulering mellom grunnleggende og kliniske forskningsgrupper, og konsoliderer dermed målet om grunnleggende translasjonsforskning og genererer både klinisk og grunnleggende kunnskap om patogenesen til pediatriske solide svulster i vårt land.

Mål: Å standardisere og implementere en omfattende molekylær strategi på flere nivåer, ved bruk av middels og høy kompleksitetsteknikker, for påvisning av molekylære endringer i primære pediatriske solide svulster (neuroblastom, rabdomyosarkom, svulster i Ewing-sarkomfamilien, bløtvevssarkomer og CNS-svulster (gliomer) og embryonal)), som kan brukes på diagnose, prognose og/eller bruk av målrettede terapier mot molekylære mål for å gi en skreddersydd terapeutisk mulighet.

Materiale og metoder: Pediatriske tilfeller av solide svulster vil bli registrert prospektivt. Basert på statistikken til de deltakende sentrene vil 100 prøver inkluderes. Fra hvert tilfelle vil en formalinfiksert biopsi være tilgjengelig og når det er mulig vil et fragment også bli bevart ved -70ºC. Kliniske data og oppfølgingsdata vil bli innhentet fra de kliniske journalene.

De metodiske tilnærmingene inkluderer: 1) Immunhistokjemisk påvisning av tumorlinjedeterminantmarkører, noen av dem med prediktiv verdi. 2) FISH (fluorescens in situ hybridisering) med break-apart strategi for gener involvert i tilbakevendende kromosomale translokasjoner og lokusspesifikke designprober for andre ubalanserte strukturelle kromosomale strukturelle endringer (amplifikasjoner og delesjoner av gener eller kromosomale segmenter). 3) Sanntids (RT)-polymerasekjedereaksjon (PCR) deteksjon av fusjonstranskripsjoner som følge av kromosomale translokasjoner. 4) Kvantitativ polymerasekjedereaksjon (qPCR) og Sanger-sekvenseringsanalyse av enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP) som mål for terapi. 5) Sanger sekvenseringsanalyse av fusjoner, ins/del som et komplement til RT-PCR eller FISH (fluorescence in situ hybridization), 6) Next Generation Sequencing (NGS) med et spesifikt og tilpasset panel som inneholder alle nødvendige gener for å definere en tumor´ s genomisk mutasjonsprofil for diagnose, risikostratifisering og prognose av pediatriske svulster. Imidlertid vil NGS-sekvensering bare brukes i de tilfellene som ikke kunne løses med de tidligere strategiene eller tilfeller med dårlig utvikling

Basert på de ovennevnte analysene vil det utvikles en integrert analysealgoritme i henhold til WHOs anbefalinger, men tilpasset institusjonens fasiliteter. Molekylære funn vil bli korrelert med kliniske og histologiske data