Étude pilote sur le séquençage rapide du génome entier de patients gravement malades en soins intensifs pédiatriques en Belgique (rWGS_v3)
Étude Pilote du Séquençage Rapide du génome Humain Des Patients sévèrement Malades Dans Les Soins Intensifs en pédiatrie
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
Il s'agit d'une étude prospective, multisite, non randomisée (bras unique) pour évaluer la faisabilité, le rendement et l'utilité clinique du trio WGS chez les patients gravement malades dans les unités de soins intensifs de néonatologie (USIN) et les unités de soins intensifs pédiatriques (USIP) en Belgique. Chaque proposant répondant à nos critères d'éligibilité recevra un trio WGS.
Des échantillons de sang des proposants inscrits et de leurs parents seront prélevés et expédiés au Laboratoire de Génétique Humaine, Université de Liège, Liège, Belgique, qui est un centre de recherche. Les échantillons de sang seront lysés à l'aide du kit de lyse Illumina. Le produit de lyse sera utilisé pour la préparation de bibliothèque avec Illumina DNA PCR-Free Prep, le kit de préparation de bibliothèque de tagmentation et IDT® pour Illumina® DNA/RNA Unique Dual Indexes Set A, Tagmentation. Les bibliothèques regroupées seront séquencées sur un NovaSeq 6000. Les données de séquençage seront automatiquement transférées vers Cloud Space (BaseSpace Sequence Hub) où une analyse bioinformatique primaire sera effectuée à la fin du séquençage et du transfert de données. Les fichiers d'appel de variants annotés pour les SNV et les CNV seront analysés avec Moon (Invitae) et des solutions d'analyse bioinformatiques internes. L'interprétation clinique sera effectuée par l'investigateur principal.
Les résultats du WGS ont été communiqués au pédiatre. L'enquête sur l'utilité clinique a été remplie par des généticiens cliniques au moins un mois après le retour des résultats de séquençage.
Type d'étude
Inscription (Anticipé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: AIME LUMAKA, MD, PhD
- Numéro de téléphone: +3243664720
- E-mail: aime.lumaka@uliege.be
Sauvegarde des contacts de l'étude
- Nom: VINCENT BOURS, MD, PhD
- Numéro de téléphone: +3243668144
- E-mail: vbours@uliege.be
Lieux d'étude
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Liège, Belgique, 4000
- Recrutement
- Centre Hospitalier Régional de la Citadelle
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Contact:
- Vincent Rigo, MD, PhD
- Numéro de téléphone: +3243674585
- E-mail: vincent.rigo@chuliege.be
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Contact:
- Serpil Alkan, MD
- E-mail: serpil.alkan@chuliege.be
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Liège, Belgique, 4000
- Recrutement
- CHC Mont-Légia
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Contact:
- André Mulder, MD
- E-mail: ANDRE.MULDER@CHC.BE
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- au moins deux malformations majeures impliquant deux systèmes différents
Une malformation spécifique fortement évocatrice d'une étiologie génétique, y compris, mais sans s'y limiter, l'une des anomalies suivantes :
- atrésie des choanes,
- Colobome,
- la maladie de Hirschsprung,
- iléus méconial (sauf en cas de prématurité),
- Agénésie du corps calleux ou lissencéphalie
Un test de laboratoire anormal suggérant une maladie génétique ou un phénotype métabolique complexe, y compris, mais sans s'y limiter, l'un des éléments suivants :
- Dépistage néonatal anormal conventionnel
- Hyperbilirubinémie conjuguée non due à une cholestase de la nutrition parentale totale (TPN)
- Hyperammoniémie
- Acidose lactique non due à une mauvaise perfusion
- Hypoglycémie réfractaire ou sévère
Une réponse anormale au traitement standard pour une affection sous-jacente majeure
- Hypotonie importante
- Convulsions persistantes
Nourrisson présentant une stratification à haut risque lors de l'évaluation d'un événement bref résolu inexpliqué (BRUE) présentant l'une des caractéristiques suivantes :
- Événements récurrents sans infection respiratoire
- Crises récurrentes observées
- Réanimation cardiorespiratoire (RCP) inexpliquée requise
- État biochimique significativement anormal, y compris, mais sans s'y limiter, les électrolytes, le bicarbonate ou l'acide lactique, les gaz sanguins veineux, le glucose ou d'autres tests suggérant une erreur innée du métabolisme
- Électrocardiogramme (ECG) significativement anormal, y compris, mais sans s'y limiter, d'éventuelles canalopathies, arythmies, cardiomyopathies, myocardites ou maladies cardiaques structurelles
Antécédents familiaux positifs de :
- Arythmie
- BRUE chez le frère
- Retard de développement / retard mental
- Erreur innée du métabolisme ou maladie génétique sans diagnostic génétique
- Syndrome du QT long (SQTL)
- Mort subite inexpliquée (y compris accident de voiture inexpliqué ou noyade) chez les parents au premier ou au deuxième degré avant l'âge de 35 ans, et surtout en tant que nourrisson.
Critère d'exclusion:
- Une infection avec une réponse normale au traitement
- Un diagnostic génétique confirmé expliquant la maladie
- Encéphalopathie ischémique hypoxique (EHI) avec un événement précipitant clair
- Prématurité isolée
- Tachypnée transitoire isolée du nouveau-né (TTN)
- Hyperbilirubinémie non conjuguée isolée
- Nouveau-nés non viables
- Entité de cause multifactorielle ou de cause génétique inconnue, y compris, mais sans s'y limiter, l'un des éléments suivants : séquence de bandes amniotiques, séquence de Pierre Robin isolée, spina bifida
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Cas uniquement
- Perspectives temporelles: Éventuel
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Rendement diagnostique
Délai: 7 jours
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# de diagnostics moléculaires / nombre total de proposants en pourcentage
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7 jours
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Délai d'exécution
Délai: Une semaine
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Le temps moyen (en heures) entre la réception de l'échantillon au laboratoire et la signature électronique du rapport d'essai.
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Une semaine
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Corrélation avec le diagnostic clinique
Délai: une semaine
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Pourcentage de diagnostics cliniques confirmés par les tests WGS
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une semaine
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Conseils pour la gestion des maladies
Délai: Un mois après la remise des résultats
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Pourcentage de patients chez qui le plan de prise en charge de la maladie a été ajusté en fonction des résultats du WGS
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Un mois après la remise des résultats
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Collaborateurs et enquêteurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: AIME LUMAKA, MD, PhD, Centre Hospitalier Universitaire de Liege
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Anticipé)
Achèvement de l'étude (Anticipé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 2020/143
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Description du régime IPD
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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