Pilotstudie van snelle sequentiebepaling van het hele genoom van ernstig zieke patiënten op de pediatrische intensive care in België (rWGS_v3)
Étude Pilote du Séquençage Rapide du génome Humain Des Patients sévèrement Malades Dans Les Soins Intensifs in pediatrie
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Gedetailleerde beschrijving
Dit is een prospectieve, multi-site, niet-gerandomiseerde (eenarmige) studie om de haalbaarheid, de opbrengst en het klinische nut van trio-WGS te evalueren bij ernstig zieke patiënten op neonatologische intensive care-afdelingen (NICU) en pediatrische intensive care-afdelingen (PICU). in België. Elke proband die reageert op onze criteria om in aanmerking te komen, ontvangt een drietal WGS.
Bloedmonsters van geregistreerde probands en hun ouders zullen worden verzameld en verzonden naar het Laboratoire de Génétique Humaine, Universiteit van Luik, Luik, België, een onderzoeksfaciliteit. Bloedmonsters worden gelyseerd met behulp van de Illumina Lysis Kit. Lysis-product zal worden gebruikt voor bibliotheekvoorbereiding met Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation-bibliotheekvoorbereidingskit en IDT® voor Illumina® DNA/RNA Unique Dual Indexes Set A, Tagmentation. Gepoolde bibliotheken worden gesequenced op een NovaSeq 6000. Sequentiegegevens worden automatisch overgebracht naar Cloud Space (BaseSpace Sequence Hub) waar primaire bioinformatische analyse zal worden uitgevoerd na voltooiing van de sequentiebepaling en gegevensoverdracht. Geannoteerde variantoproepbestanden voor SNV's en CNV's zullen worden geanalyseerd met Moon (Invitae) en interne bioinformatica-analyseoplossingen. Klinische interpretatie zal worden uitgevoerd door de hoofdonderzoeker.
WGS-resultaten werden meegedeeld aan de kinderarts. De klinische utiliteitsenquête werd minstens een maand na de terugkeer van de resultaten van de sequentiebepaling ingevuld door klinisch genetici.
Studietype
Inschrijving (Verwacht)
Contacten en locaties
Studiecontact
- Naam: AIME LUMAKA, MD, PhD
- Telefoonnummer: +3243664720
- E-mail: aime.lumaka@uliege.be
Studie Contact Back-up
- Naam: VINCENT BOURS, MD, PhD
- Telefoonnummer: +3243668144
- E-mail: vbours@uliege.be
Studie Locaties
-
-
-
Liège, België, 4000
- Werving
- Centre Hospitalier Régional de la Citadelle
-
Contact:
- Vincent Rigo, MD, PhD
- Telefoonnummer: +3243674585
- E-mail: vincent.rigo@chuliege.be
-
Contact:
- Serpil Alkan, MD
- E-mail: serpil.alkan@chuliege.be
-
Liège, België, 4000
- Werving
- CHC Mont-Légia
-
Contact:
- André Mulder, MD
- E-mail: ANDRE.MULDER@CHC.BE
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
Accepteert gezonde vrijwilligers
Geslachten die in aanmerking komen voor studie
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- ten minste twee grote misvormingen waarbij twee verschillende systemen betrokken zijn
Een specifieke misvorming die sterk wijst op een genetische etiologie, inclusief maar niet beperkt tot een van de volgende afwijkingen:
- Choanale atresie,
- coloboom,
- ziekte van Hirschsprung,
- Meconium ileus (behalve in geval van vroeggeboorte),
- Agenese van het corpus callosum of Lissencefalie
Een abnormale laboratoriumtest die wijst op een genetische ziekte of een complex metabool fenotype, inclusief maar niet beperkt tot een van de volgende:
- Conventionele abnormale neonatale screening
- Geconjugeerde hyperbilirubinemie niet te wijten aan cholestase door totale ouderlijke voeding (TPN).
- Hyperammoniëmie
- Lactaatacidose niet te wijten aan slechte perfusie
- Refractaire of ernstige hypoglykemie
Een abnormale reactie op een standaardbehandeling voor een belangrijke onderliggende aandoening
- Aanzienlijke hypotonie
- Aanhoudende aanvallen
Zuigeling met risicostratificatie bij beoordeling van een Brief Resolved Unexplained Event (BRUE) met een van de volgende kenmerken:
- Terugkerende gebeurtenissen zonder luchtweginfectie
- Terugkerende aanvallen waargenomen
- Onverklaarbare cardiopulmonale reanimatie (CPR) vereist
- Aanzienlijk abnormale biochemische status, inclusief maar niet beperkt tot elektrolyten, bicarbonaat of melkzuur, veneuze bloedgassen, glucose of andere tests die wijzen op een aangeboren stofwisselingsstoornis
- Significant abnormaal elektrocardiogram (ECG), inclusief maar niet beperkt tot mogelijke kanalopathieën, aritmieën, cardiomyopathieën, myocarditis of structurele hartziekte
Positieve familiegeschiedenis van:
- Aritmie
- BRUE naar de broer
- Ontwikkelingsachterstand / mentale retardatie
- Aangeboren stofwisselingsziekte of genetische ziekte zonder genetische diagnose
- Lang QT-syndroom (LQTS)
- Plotseling onverklaarbaar overlijden (inclusief onverklaarbaar auto-ongeluk of verdrinking) bij eerste- of tweedegraads familieleden vóór de leeftijd van 35 jaar, en vooral als baby.
Uitsluitingscriteria:
- Een infectie met een normale respons op de behandeling
- Een bevestigde genetische diagnose die de ziekte verklaart
- Hypoxische ischemische encefalopathie (HIE) met een duidelijke uitlokkende gebeurtenis
- Geïsoleerde vroeggeboorte
- Geïsoleerde voorbijgaande tachypneu van de pasgeborene (TTN)
- Geïsoleerde ongeconjugeerde hyperbilirubinemie
- Niet-levensvatbare pasgeborenen
- Entiteit van multifactoriële oorzaak of onbekende genetische oorzaak, inclusief maar niet beperkt tot een van de volgende: sequentie van vruchtwaterbanden, geïsoleerde Pierre Robin-sequentie, spina bifida
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
- Observatiemodellen: Case-Alleen
- Tijdsperspectieven: Prospectief
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Diagnostische opbrengst
Tijdsspanne: 7 dagen
|
# moleculaire diagnostiek / totaal # probands in percentage
|
7 dagen
|
|
Omlooptijd
Tijdsspanne: Een week
|
De gemiddelde tijd (in uren) vanaf de monsterontvangst in het laboratorium tot de elektronische ondertekening van het testrapport.
|
Een week
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Correlatie met klinische diagnostiek
Tijdsspanne: een week
|
Percentage klinische diagnostiek bevestigd door de WGS-testen
|
een week
|
|
Begeleiding bij ziektemanagement
Tijdsspanne: Een maand nadat de resultaten zijn teruggestuurd
|
Percentage patiënten bij wie het disease management plan is aangepast op basis van de resultaten van de WGS
|
Een maand nadat de resultaten zijn teruggestuurd
|
Medewerkers en onderzoekers
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: AIME LUMAKA, MD, PhD, Centre Hospitalier Universitaire de Liege
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Verwacht)
Studie voltooiing (Verwacht)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- 2020/143
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Beschrijving IPD-plan
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .