Pilotstudie av snabb helgenomsekvensering av svårt sjuka patienter på pediatrisk intensivvård i Belgien (rWGS_v3)
Étude Pilote du Séquençage Rapide du génome Humain Des Patients sévèrement Malades Dans Les Soins Intensifs en pédiatrie
Studieöversikt
Status
Betingelser
Detaljerad beskrivning
Detta är en prospektiv, multi-site, icke-randomiserad (enarms) studie för att utvärdera genomförbarheten, utbytet och den kliniska användbarheten av trio WGS hos kritiskt sjuka patienter på neonatologiska intensivvårdsavdelningar (NICU) och pediatriska intensivvårdsavdelningar (PICU) i Belgien. Varje proband som svarar på våra behörighetskriterier kommer att få en trio WGS.
Blodprover från inskrivna proband och deras föräldrar kommer att samlas in och skickas till Laboratoire de Génétique Humaine, University of Liège, Liège, Belgien, som är en forskningsanläggning. Blodprover kommer att lyseras med Illumina Lysis Kit. Lysisprodukt kommer att användas för biblioteksberedning med Illumina DNA PCR-fri Prep, Tagmentation Library prepareringskit och IDT® för Illumina® DNA/RNA Unique Dual Indexes Set A, Tagmentation. Poolade bibliotek kommer att sekvenseras på en NovaSeq 6000. Sekvenseringsdata kommer automatiskt att överföras till Cloud Space (BaseSpace Sequence Hub) där primär bioinformatisk analys kommer att utföras efter avslutad sekvensering och dataöverföring. Annoterade variantanropsfiler för SNV och CNV kommer att analyseras med Moon (Invitae) och interna bioinformatiska analyslösningar. Klinisk tolkning kommer att utföras av huvudutredaren.
WGS-resultaten kommunicerades till barnläkare. Den kliniska nyttoundersökningen fylldes av kliniska genetiker minst en månad efter att sekvenseringsresultaten återsänts.
Studietyp
Inskrivning (Förväntat)
Kontakter och platser
Studiekontakt
- Namn: AIME LUMAKA, MD, PhD
- Telefonnummer: +3243664720
- E-post: aime.lumaka@uliege.be
Studera Kontakt Backup
- Namn: VINCENT BOURS, MD, PhD
- Telefonnummer: +3243668144
- E-post: vbours@uliege.be
Studieorter
-
-
-
Liège, Belgien, 4000
- Rekrytering
- Centre Hospitalier Régional de la Citadelle
-
Kontakt:
- Vincent Rigo, MD, PhD
- Telefonnummer: +3243674585
- E-post: vincent.rigo@chuliege.be
-
Kontakt:
- Serpil Alkan, MD
- E-post: serpil.alkan@chuliege.be
-
Liège, Belgien, 4000
- Rekrytering
- CHC Mont-Légia
-
Kontakt:
- André Mulder, MD
- E-post: ANDRE.MULDER@CHC.BE
-
-
Deltagandekriterier
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
Tar emot friska volontärer
Kön som är behöriga för studier
Testmetod
Studera befolkning
Beskrivning
Inklusionskriterier:
- minst två stora missbildningar som involverar två olika system
En specifik missbildning som starkt tyder på en genetisk etiologi, inklusive men inte begränsat till någon av följande abnormiteter:
- Choanal atresi,
- Colobom,
- Hirschsprungs sjukdom,
- Meconium ileus (förutom vid prematuritet),
- Agenesis av corpus callosum eller Lissencephaly
Ett onormalt laboratorietest som tyder på en genetisk sjukdom eller en komplex metabolisk fenotyp, inklusive men inte begränsat till något av följande:
- Konventionell onormal neonatal screening
- Konjugerad hyperbilirubinemi beror inte på total parental nutrition (TPN) kolestas
- Hyperammonemi
- Laktacidos beror inte på dålig perfusion
- Refraktär eller svår hypoglykemi
Ett onormalt svar på standardbehandling för ett allvarligt underliggande tillstånd
- Betydande hypotoni
- Ihållande anfall
Spädbarn med högriskstratifiering vid bedömning av en Brief Resolved Unexplained Event (BRUE) med någon av följande egenskaper:
- Återkommande händelser utan luftvägsinfektion
- Återkommande anfall observerades
- Oförklarlig hjärt-lungräddning (HLR) krävs
- Betydligt onormalt biokemiskt tillstånd, inklusive men inte begränsat till elektrolyter, bikarbonat eller mjölksyra, venösa blodgaser, glukos eller andra tester som tyder på ett medfödd metabolismfel
- Signifikant onormalt elektrokardiogram (EKG), inklusive men inte begränsat till möjliga kanalopatier, arytmier, kardiomyopatier, myokardit eller strukturell hjärtsjukdom
Positiv familjehistoria av:
- Arytmi
- BRUE på brodern
- Utvecklingsförsening / mental retardation
- Medfödda metabolismfel eller genetisk sjukdom utan genetisk diagnos
- Långt QT-syndrom (LQTS)
- Plötslig oförklarlig död (inklusive oförklarlig bilolycka eller drunkning) hos släktingar i första eller andra graden före 35 års ålder, och särskilt som spädbarn.
Exklusions kriterier:
- En infektion med ett normalt svar på behandlingen
- En bekräftad genetisk diagnos som förklarar sjukdomen
- Hypoxisk ischemisk encefalopati (HIE) med en tydlig utlösande händelse
- Isolerad prematuritet
- Isolerad övergående takypné hos den nyfödda (TTN)
- Isolerad okonjugerad hyperbilirubinemi
- Icke livsdugliga nyfödda
- Entitet av multifaktoriell orsak eller okänd genetisk orsak, inklusive men inte begränsat till något av följande: Sekvens av fostervattenband, isolerad Pierre Robin-sekvens, Spina bifida
Studieplan
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
- Observationsmodeller: Endast fall
- Tidsperspektiv: Blivande
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Diagnostisk avkastning
Tidsram: 7 dagar
|
Antal molekylär diagnostik / totalt antal proband i procent
|
7 dagar
|
|
Omläggningstid
Tidsram: En vecka
|
Den genomsnittliga tiden (i timmar) från provtagningen i laboratoriet till den elektroniska signaturen av testrapporten.
|
En vecka
|
Sekundära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Korrelation med klinisk diagnostik
Tidsram: en vecka
|
Andel av klinisk diagnostik bekräftad av WGS-testningen
|
en vecka
|
|
Vägledning för sjukdomshantering
Tidsram: En månad efter att resultaten har returnerats
|
Andel patienter där sjukdomshanteringsplanen justerades baserat på resultaten av WGS
|
En månad efter att resultaten har returnerats
|
Samarbetspartners och utredare
Utredare
- Huvudutredare: AIME LUMAKA, MD, PhD, Centre Hospitalier Universitaire de Liege
Studieavstämningsdatum
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
Primärt slutförande (Förväntat)
Avslutad studie (Förväntat)
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Första postat (Faktisk)
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Faktisk)
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senast verifierad
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Nyckelord
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- 2020/143
Plan för individuella deltagardata (IPD)
Planerar du att dela individuella deltagardata (IPD)?
IPD-planbeskrivning
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .