Estudio piloto de secuenciación rápida del genoma completo de pacientes gravemente enfermos en cuidados intensivos pediátricos en Bélgica (rWGS_v3)
Étude Pilote du Séquençage Rapide du génome Humain Despatients sévèrement Malades Dans Les Soins Intensifs en pédiatrie
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Descripción detallada
Este es un estudio prospectivo, multisitio, no aleatorizado (un solo brazo) para evaluar la viabilidad, el rendimiento y la utilidad clínica del trio WGS en pacientes críticos en unidades de cuidados intensivos de neonatología (UCIN) y unidades de cuidados intensivos pediátricos (UCIP) en Belgica. Cada probando que responda a nuestros criterios de elegibilidad recibirá un trío WGS.
Las muestras de sangre de los probandos inscritos y sus padres se recolectarán y enviarán al Laboratoire de Génétique Humaine, Universidad de Lieja, Lieja, Bélgica, que es un centro de investigación. Las muestras de sangre se lisarán con el Illumina Lysis Kit. El producto de lisis se utilizará para la preparación de bibliotecas con Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation kit de preparación de bibliotecas e IDT® for Illumina® DNA/RNA Unique Dual Indexes Set A, Tagmentation. Las bibliotecas agrupadas se secuenciarán en un NovaSeq 6000. Los datos de secuenciación se transferirán automáticamente a Cloud Space (BaseSpace Sequence Hub) donde se realizará un análisis bioinformático primario al finalizar la secuenciación y la transferencia de datos. Los archivos de llamadas de variantes anotadas para SNV y CNV se analizarán con Moon (Invitae) y soluciones internas de análisis bioinformático. La interpretación clínica será realizada por el investigador principal.
Los resultados de WGS se comunicaron al pediatra. La encuesta de utilidad clínica fue completada por genetistas clínicos al menos un mes después de la devolución de los resultados de la secuenciación.
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: AIME LUMAKA, MD, PhD
- Número de teléfono: +3243664720
- Correo electrónico: aime.lumaka@uliege.be
Copia de seguridad de contactos de estudio
- Nombre: VINCENT BOURS, MD, PhD
- Número de teléfono: +3243668144
- Correo electrónico: vbours@uliege.be
Ubicaciones de estudio
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Liège, Bélgica, 4000
- Reclutamiento
- Centre Hospitalier Régional de la Citadelle
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Contacto:
- Vincent Rigo, MD, PhD
- Número de teléfono: +3243674585
- Correo electrónico: vincent.rigo@chuliege.be
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Contacto:
- Serpil Alkan, MD
- Correo electrónico: serpil.alkan@chuliege.be
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Liège, Bélgica, 4000
- Reclutamiento
- CHC Mont-Légia
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Contacto:
- André Mulder, MD
- Correo electrónico: ANDRE.MULDER@CHC.BE
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- al menos dos malformaciones mayores que involucran dos sistemas diferentes
Una malformación específica altamente sugestiva de una etiología genética, que incluye, entre otras, cualquiera de las siguientes anomalías:
- atresia de coanas,
- coloboma,
- enfermedad de Hirschsprung,
- Íleo meconial (excepto en caso de prematuridad),
- Agenesia del cuerpo calloso o Lisencefalia
Una prueba de laboratorio anormal que sugiere una enfermedad genética o un fenotipo metabólico complejo, que incluye, entre otros, cualquiera de los siguientes:
- Tamizaje neonatal anormal convencional
- Hiperbilirrubinemia conjugada no debida a colestasis de nutrición parental total (TPN)
- hiperamonemia
- Acidosis láctica no debida a mala perfusión
- Hipoglucemia refractaria o grave
Una respuesta anormal al tratamiento estándar para una afección subyacente importante
- Hipotonía significativa
- Convulsiones persistentes
Infante con estratificación de alto riesgo en la evaluación de un evento breve resuelto sin explicación (BRUE) con alguna de las siguientes características:
- Eventos recurrentes sin infección respiratoria
- Convulsiones recurrentes observadas
- Se requiere reanimación cardiopulmonar (RCP) inexplicable
- Estado bioquímico significativamente anormal, incluidos, entre otros, electrolitos, bicarbonato o ácido láctico, gases en sangre venosa, glucosa u otras pruebas que sugieran un error congénito del metabolismo
- Electrocardiograma (ECG) significativamente anormal, incluidas, entre otras, posibles canalopatías, arritmias, miocardiopatías, miocarditis o cardiopatía estructural.
Antecedentes familiares positivos de:
- Arritmia
- BRUE al hermano
- Retraso en el desarrollo / retraso mental
- Error congénito del metabolismo o enfermedad genética sin diagnóstico genético
- Síndrome de QT largo (SQTL)
- Muerte súbita inexplicable (incluidos accidentes automovilísticos inexplicables o ahogamiento) en familiares de primer o segundo grado antes de los 35 años, y especialmente en la infancia.
Criterio de exclusión:
- Una infección con una respuesta normal al tratamiento.
- Un diagnóstico genético confirmado que explica la enfermedad.
- Encefalopatía hipóxica isquémica (EHI) con un claro evento precipitante
- Prematuridad aislada
- Taquipnea transitoria aislada del recién nacido (TTN)
- Hiperbilirrubinemia no conjugada aislada
- Recién nacidos no viables
- Entidad de causa multifactorial o causa genética desconocida, que incluye, entre otros, cualquiera de los siguientes: Secuencia de bandas amnióticas, Secuencia aislada de Pierre Robin, Espina bífida
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Modelos observacionales: Solo caso
- Perspectivas temporales: Futuro
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Rendimiento diagnóstico
Periodo de tiempo: 7 días
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# de diagnóstico molecular / # total de probandos en porcentaje
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7 días
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Tiempo de respuesta
Periodo de tiempo: Una semana
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El tiempo medio (en horas) desde la recepción de la muestra en el laboratorio hasta la firma electrónica del informe de ensayo.
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Una semana
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Correlación con el diagnóstico clínico
Periodo de tiempo: una semana
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Porcentaje de diagnóstico clínico confirmado por la prueba WGS
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una semana
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Orientación para el manejo de enfermedades
Periodo de tiempo: Un mes después de la devolución de los resultados
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Porcentaje de pacientes en los que se ajustó el plan de manejo de la enfermedad en base a los resultados de la WGS
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Un mes después de la devolución de los resultados
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Investigadores
- Investigador principal: AIME LUMAKA, MD, PhD, Centre Hospitalier Universitaire de Liège
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Anticipado)
Finalización del estudio (Anticipado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- 2020/143
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
Descripción del plan IPD
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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