Pilotstudie zur schnellen Sequenzierung des gesamten Genoms schwerkranker Patienten auf der pädiatrischen Intensivstation in Belgien (rWGS_v3)
Étude Pilote du Séquençage Rapide du génome Humain Des Patients sévèrement Malades Dans Les Soins Intensifs en pédiatrie
Studienübersicht
Status
Bedingungen
Detaillierte Beschreibung
Dies ist eine prospektive, standortübergreifende, nicht randomisierte (einarmige) Studie zur Bewertung der Machbarkeit, des Ertrags und des klinischen Nutzens von Trio-WGS bei kritisch kranken Patienten auf Neonatologie-Intensivstationen (NICU) und pädiatrischen Intensivstationen (PICU). in Belgien. Jeder Proband, der unsere Eignungskriterien erfüllt, erhält ein Trio-WGS.
Blutproben von eingeschriebenen Probanden und ihren Eltern werden gesammelt und an das Laboratoire de Génétique Humaine, Universität Lüttich, Lüttich, Belgien, eine Forschungseinrichtung, versandt. Blutproben werden mit dem Illumina Lysis Kit lysiert. Das Lyseprodukt wird zur Bibliotheksvorbereitung mit Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation Library Preparation Kit und IDT® for Illumina® DNA/RNA Unique Dual Indexes Set A, Tagmentation verwendet. Gepoolte Bibliotheken werden auf einem NovaSeq 6000 sequenziert. Sequenzierungsdaten werden automatisch an Cloud Space (BaseSpace Sequence Hub) übertragen, wo nach Abschluss der Sequenzierung und Datenübertragung eine primäre bioinformatische Analyse durchgeführt wird. Annotierte Varianten-Calling-Dateien für SNVs und CNVs werden mit Moon (Invitae) und hauseigenen bioinformatischen Analyselösungen analysiert. Die klinische Interpretation wird vom Hauptforscher durchgeführt.
Die WGS-Ergebnisse wurden dem Kinderarzt mitgeteilt. Der Clinical Utility Survey wurde von klinischen Genetikern mindestens einen Monat nach der Rückgabe der Sequenzierungsergebnisse ausgefüllt.
Studientyp
Einschreibung (Voraussichtlich)
Kontakte und Standorte
Studienkontakt
- Name: AIME LUMAKA, MD, PhD
- Telefonnummer: +3243664720
- E-Mail: aime.lumaka@uliege.be
Studieren Sie die Kontaktsicherung
- Name: VINCENT BOURS, MD, PhD
- Telefonnummer: +3243668144
- E-Mail: vbours@uliege.be
Studienorte
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-
-
Liège, Belgien, 4000
- Rekrutierung
- Centre Hospitalier Regional de la Citadelle
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Kontakt:
- Vincent Rigo, MD, PhD
- Telefonnummer: +3243674585
- E-Mail: vincent.rigo@chuliege.be
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Kontakt:
- Serpil Alkan, MD
- E-Mail: serpil.alkan@chuliege.be
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Liège, Belgien, 4000
- Rekrutierung
- CHC Mont-Légia
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Kontakt:
- André Mulder, MD
- E-Mail: ANDRE.MULDER@CHC.BE
-
-
Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Studienberechtigte Geschlechter
Probenahmeverfahren
Studienpopulation
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- mindestens zwei größere Fehlbildungen, an denen zwei verschiedene Systeme beteiligt sind
Eine spezifische Fehlbildung, die stark auf eine genetische Ätiologie hindeutet, einschließlich, aber nicht beschränkt auf eine der folgenden Anomalien:
- Choanalatresie,
- Kolobom,
- Morbus Hirschsprung,
- Mekoniumileus (außer bei Frühgeburtlichkeit),
- Agenesie des Corpus callosum oder Lissenzephalie
Ein abnormaler Labortest, der auf eine genetische Erkrankung oder einen komplexen metabolischen Phänotyp hindeutet, einschließlich, aber nicht beschränkt auf eines der folgenden:
- Herkömmliches Neugeborenen-Screening
- Konjugierte Hyperbilirubinämie, die nicht auf die Cholestase der gesamten elterlichen Ernährung (TPN) zurückzuführen ist
- Hyperammonämie
- Laktatazidose nicht durch schlechte Durchblutung
- Refraktäre oder schwere Hypoglykämie
Eine anormale Reaktion auf die Standardbehandlung einer schwerwiegenden zugrunde liegenden Erkrankung
- Signifikante Hypotonie
- Anhaltende Anfälle
Säugling mit Hochrisiko-Stratifizierung nach Beurteilung eines kurzzeitig behobenen ungeklärten Ereignisses (BRUE) mit einem der folgenden Merkmale:
- Wiederkehrende Ereignisse ohne Atemwegsinfektion
- Wiederkehrende Anfälle beobachtet
- Unerklärte Herz-Lungen-Wiederbelebung (HLW) erforderlich
- Signifikant abnormaler biochemischer Status, einschließlich, aber nicht beschränkt auf Elektrolyte, Bikarbonat oder Milchsäure, venöse Blutgase, Glukose oder andere Tests, die auf eine angeborene Stoffwechselstörung hindeuten
- Erheblich abnormales Elektrokardiogramm (EKG), einschließlich, aber nicht beschränkt auf mögliche Kanalopathien, Arrhythmien, Kardiomyopathien, Myokarditis oder strukturelle Herzerkrankungen
Positive Familienanamnese von:
- Arrhythmie
- BRUE auf den Bruder
- Entwicklungsverzögerung / geistige Behinderung
- Angeborener Stoffwechselfehler oder genetische Erkrankung ohne genetische Diagnose
- Long-QT-Syndrom (LQTS)
- Plötzlicher ungeklärter Tod (einschließlich ungeklärter Autounfall oder Ertrinken) bei Verwandten ersten oder zweiten Grades vor dem 35. Lebensjahr und insbesondere im Säuglingsalter.
Ausschlusskriterien:
- Eine Infektion mit normalem Ansprechen auf die Behandlung
- Eine bestätigte genetische Diagnose, die die Krankheit erklärt
- Hypoxische ischämische Enzephalopathie (HIE) mit einem klaren auslösenden Ereignis
- Isolierte Frühgeburt
- Isolierte transiente Tachypnoe des Neugeborenen (TTN)
- Isolierte unkonjugierte Hyperbilirubinämie
- Nicht lebensfähige Neugeborene
- Entität mit multifaktorieller Ursache oder unbekannter genetischer Ursache, einschließlich, aber nicht beschränkt auf eine der folgenden: Sequenz von Amnionbanden, isolierte Pierre-Robin-Sequenz, Spina bifida
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Beobachtungsmodelle: Nur Fall
- Zeitperspektiven: Interessent
Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Diagnostische Ausbeute
Zeitfenster: 7 Tage
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Anzahl Molekulardiagnostik / Gesamtzahl Probanden in Prozent
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7 Tage
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Seitenwechsel
Zeitfenster: Eine Woche
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Die durchschnittliche Zeit (in Stunden) vom Probeneingang im Labor bis zur elektronischen Signatur des Prüfberichts.
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Eine Woche
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Korrelation mit klinischer Diagnostik
Zeitfenster: eine Woche
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Prozentsatz der durch den WGS-Test bestätigten klinischen Diagnose
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eine Woche
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Anleitung zum Krankheitsmanagement
Zeitfenster: Einen Monat nach Rückgabe der Ergebnisse
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Prozentsatz der Patienten, bei denen der Disease-Management-Plan basierend auf den Ergebnissen des WGS angepasst wurde
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Einen Monat nach Rückgabe der Ergebnisse
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Mitarbeiter und Ermittler
Ermittler
- Hauptermittler: AIME LUMAKA, MD, PhD, Centre Hospitalier Universitaire de Liège
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
Primärer Abschluss (Voraussichtlich)
Studienabschluss (Voraussichtlich)
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
- 2020/143
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
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Beschreibung des IPD-Plans
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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