Concordance de la classification moléculaire basée sur la biopsie à l'aiguille fine (FNB) et les échantillons chirurgicaux

INFORMATIONS GÉNÉRALES Le cancer de la thyroïde est le huitième cancer le plus répandu en termes de prévalence, et son incidence a augmenté de >6 % par an depuis 1992. Le cancer papillaire de la thyroïde (CTP) représente la plupart des cancers de la thyroïde, et l'incidence croissante du cancer de la thyroïde peut être presque entièrement attribuée à une détection accrue de petits CTP (1). Le PTC a généralement un pronostic favorable avec des taux de guérison élevés. Cependant, environ 10 à 15 % des PTC présentent un comportement plus agressif et sont souvent résistants aux thérapies adjuvantes conventionnelles telles que l'iode radioactif (2,3). Compte tenu du nombre croissant de cas de PTC (et du fardeau potentiel sur les coûts des soins de santé), un pronostic précis devient de plus en plus important. Des estimations précises du pronostic et du risque de récidive éviteront une intervention chirurgicale, des investigations et un suivi inutilement étendus chez les personnes ayant un bon pronostic, et orienteront une intervention chirurgicale plus étendue, des thérapies adjuvantes et un suivi prolongé pour ceux qui en ont besoin.

Système de stratification des risques de l'American Thyroid Association (ATA) Les décisions de traitement sont éclairées par le système de stratification des risques de l'American Thyroid Association (ATA), qui estime le risque de récidive de la maladie en fonction de facteurs cliniques et pathologiques. Bien que ce système ait été validé rétrospectivement par un certain nombre d'études, la proportion de variance expliquée est sous-optimale et varie de 19 % à 34 % (4, 5). L'incapacité du système ATA à prédire pleinement la récidive peut être liée à l'incapacité de ce système à intégrer correctement le risque associé au profil moléculaire d'une tumeur. Un seul marqueur moléculaire, BRAFV600E, est actuellement intégré au système de stratification des risques ATA. Une autre limite du système de stratification des risques ATA est qu'il ne peut être pleinement mis en œuvre qu'après la chirurgie, lorsque toutes les données cliniques et pathologiques nécessaires à l'estimation du risque sont disponibles. À cette époque, des décisions thérapeutiques importantes avaient déjà été prises et le patient avait déjà pris conscience de l’impact de la chirurgie.

Estimation du risque avant le traitement : la norme de soins actuelle En 2015, l'ATA a fait état de critères qui pourraient être utilisés pour sélectionner les patients pour des chirurgies plus conservatrices telles que la lobectomie thyroïdienne. Selon les lignes directrices de l'ATA de 2015, les patients présentant les critères préopératoires suivants sont considérés comme à faible risque : taille de tumeur de 1 à 4 cm, ganglions cliniques négatifs, pas de propagation extrathyroïdienne, pas d'antécédents familiaux de cancer de la thyroïde et pas d'antécédents de radiothérapie au cou ( 6). Ces patients pourraient être traités dans un premier temps par une lobectomie thyroïdienne (par opposition à une thyroïdectomie totale). Cependant, 40 à 60 % nécessiteront une thyroïdectomie complète car la stratification du risque postopératoire (utilisant toutes les informations cliniques et pathologiques disponibles après la chirurgie) les a classés comme présentant un risque plus élevé que celui initialement estimé (7-11). Dans une étude récente, 51 % des patients ont dû subir une conversion en thyroïdectomie complète parce que des facteurs de risque supplémentaires étaient reconnus pendant l'intervention chirurgicale ou après que la pathologie finale soit disponible (12). Cela démontre les limites des estimations cliniques du risque préopératoire et la nécessité d'une méthode améliorée d'estimation du risque préopératoire. Par conséquent, les chirurgiens et les patients atteints du cancer de la thyroïde bénéficieraient d'informations supplémentaires qui permettraient d'affiner la décision de pratiquer une lobectomie chez les patients appropriés tout en minimisant la nécessité d'une thyroïdectomie complète.

Thyroid GuidePx® : un nouveau système de stratification du risque moléculaire Les lacunes du système de stratification du risque ATA pour déterminer de manière fiable le pronostic ont été comblées à l'aide d'un nouveau système de stratification du risque moléculaire qui comprend la signature génétique Thyroid GuidePx®. À l'aide d'un algorithme logiciel informatique, les transcriptions (ARNm) associées à la récidive et les transcriptions associées à l'absence de récidive ont été identifiées dans un ensemble de formation de 335 patients atteints de PTC, puis validées dans un ensemble de validation de 167 patients. Les tumeurs incluses dans l'ensemble de données étaient fraîchement congelées.

Trois sous-types moléculaires ont été identifiés sur la base du modèle d'expression des gènes pronostiques. Ceux-ci étaient appelés Type 1, Type 2 et Type 3. Les PTC de type 3 présentaient la biologie la plus agressive et le taux de récidive le plus élevé. Cela a ensuite été validé chez 124 patients PTC de Corée ainsi que 167 patients d'Edmonton.

Les sous-types moléculaires ont été considérés dans le contexte du stade tumoral. Plus précisément, les tumeurs mesurant 1 à 4 cm en l'absence de maladie des ganglions lymphatiques (qui comprennent les patients susceptibles d'être des candidats potentiels à une lobectomie thyroïdienne) ont été analysées séparément des patients présentant une maladie plus avancée. Il est intéressant de noter que les PTC de type 3 présentaient un taux de récidive élevé, quel que soit le stade de la tumeur. Les candidats à la lobectomie présentant des PTC de type 1 et de type 2 présentaient un taux de récidive <3 % (Figure 1A, B, veuillez vous référer à Protocol_Calgary_July 11, 2023.docx ci-joint).

Performance du test Le test basé sur NGS qui a identifié le sous-type moléculaire de PTC s'appelait Thyroid GuidePx®. La sous-classification moléculaire et clinique combinée de la PTC à l'aide de Thyroid GuidePx® a été comparée au système de stratification des risques ATA. Les groupes de stratification du risque ATA ont été déterminés par deux cliniciens en exercice pour chaque cas. Pour calculer l’aire en fonction du temps sous la courbe caractéristique de fonctionnement du récepteur (AUROC), une classification binaire a été appliquée : risque faible versus risque intermédiaire/élevé. AUROC a été calculé sur la base des résultats de récidive de la cohorte de découverte TCGA et de la cohorte d'Edmonton. Les meilleures performances de stratification du risque ont été obtenues par le test Thyroid GuidePx® en conjonction avec les caractéristiques cliniques (c'est-à-dire la taille de la tumeur et l'atteinte des ganglions lymphatiques). En utilisant le package smoothROCtime, l'AUROC sur 5 ans était de 0,80 pour Thyroid GuidePx® en tenant compte de la taille de la tumeur et de l'état des ganglions lymphatiques, et de 0,51 pour le système de stratification du risque ATA (Figure 2, veuillez vous référer à Protocol_Calgary_July 11, 2023.docx ci-joint).

Thyroid GuidePx® : Description du test Le test Thyroid GuidePx® est un test basé sur le séquençage ciblé de l'ARN par capture hybride (RNA-Seq). L'entrée du test est de l'ARN isolé de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) ou d'échantillons de cancer papillaire de la thyroïde biopsiés à l'aiguille fine (FNB). La préparation de la bibliothèque implique d'amplifier spécifiquement les régions ciblées de chacun des gènes du panel Thyroid GuidePx®. Le panel se compose de 82 gènes. Les bibliothèques d'échantillons résultantes sont transférées vers une cartouche de réactifs MiSeq/MiSeqDx qui contient tous les réactifs pour le séquençage. Le logiciel d'analyse en temps réel (RTA), qui est un composant du séquenceur MiSeq/MiSeqDx, fournit des appels de base et des scores de qualité associés pendant l'analyse de séquençage. Des fichiers FASTQ sont générés et contiennent les informations de séquençage et de qualité. Le fichier FASTQ est un format de fichier texte largement utilisé pour stocker la séquence nucléotidique de chaque amplicon et son score de qualité correspondant. Les fichiers FASTQ servent d'entrée aux algorithmes d'alignement de séquence. Les lectures alignées sont écrites dans des fichiers au format BAM qui sont ensuite convertis en nombres de lectures et en valeurs d'expression. Les niveaux d'expression des gènes sont ensuite soumis à l'algorithme pour classer les catégories de risque.

Le logiciel classe le risque en fonction du modèle d'expression de groupes de gènes au sein du panel Thyroid GuidePx® de 82 gènes. Trois classes moléculaires ont été définies sur la base d'une étude portant sur 502 échantillons de patients associant le modèle d'expression génique à la survie sans récidive à 5 ans. Un groupe à haut risque enrichi de mutations BRAFV600E ; et deux sous-groupes moléculaires à faible risque ont été identifiés.

Utilité clinique

Le pronostic plus précis fourni par Thyroid GuidePx® pourrait affecter les décisions de traitement des cliniciens. Voici des exemples de la manière dont les cliniciens peuvent appliquer les nouvelles informations dérivées de Thyroid GuidePx® :

1. Le CPT à faible risque pourrait potentiellement être traité par une thyroïdectomie partielle (par exemple, lobectomie) ou même par une surveillance active, plutôt qu'une thyroïdectomie totale. Cela présente deux avantages majeurs en plus des économies de temps et d’argent. Premièrement, il existe une réduction du besoin potentiel de remplacement à vie des hormones thyroïdiennes après une lobectomie. Deuxièmement, il n'y a pratiquement aucun risque de complications potentiellement dévastatrices d'une thyroïdectomie totale, telles qu'une lésion bilatérale récurrente du nerf laryngé ou une hypoparathyroïdie permanente.
2. L'identification précise des PTC à faible risque augmenterait également la pertinence de l'iode radioactif adjuvant (RAI). Le traitement par RAI peut entraîner des effets secondaires à la fois transitoires et à long terme, tels qu'un dysfonctionnement des glandes salivaires, un dysfonctionnement des ovaires et des testicules et une suppression de la moelle osseuse. La thérapie RAI présente également un risque théorique de tumeur maligne secondaire : selon une estimation, 100 mCi d'131I induit 56 tumeurs malignes pour 10 000 patients traités (15). Limiter le traitement RAI aux patients qui bénéficieraient d'une amélioration de la survie globale ou sans maladie est également rentable.
3. La surveillance de la PTC peut mettre à rude épreuve les patients et les organismes de soins de santé pour deux raisons : la PTC est le plus souvent diagnostiquée à un âge moyen, et les patients survivent souvent pendant de longues périodes après leur diagnostic. Cela signifie que des examens réguliers et des investigations pour la détection précoce des récidives peuvent se poursuivre pendant de nombreuses années. Le suivi implique généralement un examen physique annuel, une mesure sérique de la thyréostimuline et de la thyroglobuline, ainsi qu'une échographie périodique du cou. Les patients à faible risque peuvent avoir des intervalles plus longs entre les examens de suivi et les investigations, et pourraient potentiellement être exclus de la surveillance.
4. Il est également important d’identifier avec précision les patients présentant un risque élevé de récidive. Le système de stratification des risques ATA est connu pour être inexact dans la prévision de la récidive. Chez les patients classés comme « à faible risque » à l'aide du système de stratification des risques ATA 2015, 16 % des patients finissent par développer une maladie récurrente (16). Ces patients peuvent être sous-traités en raison de cette classification de risque. Chez les patients pour lesquels une évaluation plus précise du risque élevé est disponible, des traitements plus agressifs (c'est-à-dire thyroïdectomie totale et RAI) ou une inscription à des essais cliniques peuvent être envisagés.

Thyroid GuidePx® par biopsie à l'aiguille fine Nos études ont jusqu'à présent été réalisées à l'aide d'échantillons chirurgicaux et un test disponible dans le commerce a été produit dans ce format. Cependant, une étude récente de l'Institute of Health Economics a déterminé qu'une meilleure rentabilité du Thyroid GuidePx® serait obtenue en effectuant le test avant la chirurgie. La mise en œuvre d'un test en préopératoire nécessiterait que le test fonctionne bien en utilisant des échantillons provenant d'une biopsie à l'aiguille fine (FNB).

Les FNB thyroïdiens sont régulièrement stockés dans CytoLyt, un conservateur liquide tamponné à base de méthanol, jusqu'à 7 jours avant le transfert des cellules vers un ThinPrep pour évaluation cytologique. Nous et d’autres (17-21) avons déjà déterminé qu’un ADN et un ARN de qualité peuvent être dérivés de cellules de CytoLyt. Notre récente étude de faisabilité portant sur 12 patients atteints de PTC a démontré qu'il est possible d'effectuer le test Thyroid GuidePx® sur les FNB. Jusqu'à présent, le taux de réussite technique a été de 100 % et la concordance au niveau des gènes avec les échantillons chirurgicaux dépasse 0,9. Cependant, le recours à un FNB limité pour la caractérisation moléculaire de la maladie implique que l’échantillon soit représentatif de l’intégralité de la tumeur. Une hétérogénéité génomique et transcriptomique a été décrite dans les tumeurs primitives et les métastases (23). Par conséquent, il sera important de documenter la concordance entre les échantillons acquis par FNB et les échantillons chirurgicaux.

OBJECTIFS ET BUT DE L'ESSAI L'objectif général de l'étude est de déterminer si l'échantillon plus limité provenant d'une biopsie à l'aiguille fine est suffisamment représentatif de la tumeur plus grosse pour déterminer une classification moléculaire valide à l'aide du test Thyroid GuidePx®.

Objectif principal 1. Déterminer la concordance entre les classifications moléculaires Thyroid GuidePx® acquises à partir des FNA et les échantillons chirurgicaux appariés.

Objectifs secondaires

1. Comparer le taux de réussite technique dans la réalisation d'un Thyroid GuidePx® valide à l'aide de FNA et d'échantillons chirurgicaux.
2. Comparer les résultats de récidive à l'aide du système de stratification du risque ATA par rapport aux patients classés par Thyroid GuidePx® à l'aide d'échantillons chirurgicaux.
3. Comparer les résultats de récidive à l'aide du système de stratification du risque ATA par rapport aux patients classés par Thyroid GuidePx® à l'aide d'échantillons FNA.

CONCEPTION D'ESSAI Schéma d'essai (veuillez vous référer à Protocol_Calgary_July 11, 2023.docx ci-joint)

Acquisition et analyse d'échantillons Les patients seront invités à participer s'ils ont un diagnostic tissulaire préopératoire de PTC (Bethesda VI) ou suspect de PTC (Bethesda V), et s'ils sont éligibles à une thyroïdectomie partielle ou totale, comme décrit dans les critères d'inclusion et d'exclusion. . Après consentement, les patients subiront une intervention chirurgicale comme prévu par leur chirurgien. Des données démographiques, cliniques et pathologiques seront acquises auprès de tous les participants.

Lors de l'intervention chirurgicale, lorsque la glande thyroïde et la tumeur sont exposées, le chirurgien réalisera une FNB de la tumeur dominante (c'est-à-dire : la lésion identifiée en préopératoire), sous vision directe. Cela simule au mieux les conditions in vivo d'une FNB préopératoire tout en limitant les éventuels inconvénients techniques d'une biopsie percutanée (par exemple : ciblage inadéquat de la lésion). Le matériel cellulaire issu du FNB sera immédiatement mis dans le milieu de transport (CytoLyt), puis réfrigéré. Des échantillons seront envoyés chaque semaine au laboratoire central pour l'isolement de l'ARN et RNASeq. Dans le même temps, les échantillons de FNB seront examinés pour détecter la présence de cellules tumorales par un cytopathologiste qualifié.

Si plus d'un nodule est présent, le nodule FNB sera marqué par le chirurgien pour le pathologiste. Sous la direction d'un pathologiste collaborateur, un morceau de la tumeur sera retiré et congelé instantanément, et un morceau adjacent sera prélevé pour la fixation au formol et l'inclusion en paraffine (FFPE). Une lame H&E de l'échantillon FFPE sera colorée pour H&E, et 3 à 6 coupes non colorées seront préparées, puis envoyées au laboratoire central pour microdissection, isolement de l'ARN et RNASeq. Ce processus suivra les protocoles de traitement de routine des échantillons et n'interférera pas avec les méthodes standard de diagnostic pathologique.

Si les patients ont signé le formulaire de consentement éclairé facultatif pour les biobanques, s'il reste suffisamment d'échantillon congelé, l'échantillon sera conservé dans le but de refaire des tests (si nécessaire) ou pour soutenir des études supplémentaires telles que l'analyse du transcriptome entier et l'analyse mutationnelle. L’utilisation de ces échantillons à ces fins nécessiterait des approbations éthiques supplémentaires.

Une étude de faisabilité portant sur 12 patients a déjà été réalisée. Le taux de réussite technique dans l'acquisition d'échantillons et la réalisation du test était de 100 %, la quantité et la qualité de l'ARN étaient excellentes dans les FNB, et il y avait une excellente concordance au niveau des gènes dans les tests effectués sur les FNB et les échantillons chirurgicaux.

RNASeq pour Thyroid GuidePx® sera réalisé à OncoHelix, un laboratoire clinique possédant une expertise en oncologie de précision situé à la Cumming School of Medicine de l'Université de Calgary. Si les tests ne peuvent pas être effectués en temps opportun chez OncoHelix, les échantillons seront testés chez Protean BioDiagnostics, un laboratoire certifié CAP/CLIA à Orlando, en Floride, qui effectue actuellement le test à des fins commerciales. Les classes de risque seront attribuées par un logiciel conçu par Qualisure Diagnostics à l'aide des données générées par RNASeq.

Points de terminaison

Critère d'évaluation principal :

1. Concordance, classification du risque moléculaire des FNB papillaires du cancer de la thyroïde et échantillons chirurgicaux congelés appariés

Critères secondaires :

1. Taux de réussite technique pour compléter un Thyroid GuidePx® valide à l'aide de FNB
2. Taux de réussite technique dans la réalisation d'un Thyroid GuidePx® valide dans des échantillons chirurgicaux FFPE.
3. Taux de récidive biochimique à 5 ans (thyroglobuline ≥ 1 ng/mL, pour les patients ayant eu une thyroïdectomie totale uniquement)
4. Taux de récidive structurelle à 5 ans

5. Performance du test comme test pronostique, Thyroid GuidePx® : FNB et échantillons chirurgicaux

   1. Spécificité : la proportion de patients sans récidive structurelle prédite par le test
   2. Sensibilité : capacité du test à identifier les individus dont la maladie récidivera dans les 5 ans (proportion de récidives structurelles prévue)
   3. AUROC
   4. Valeur prédictive positive
   5. Valeur prédictive négative

6. Performance, stratification des risques ATA

   1. Spécificité : la proportion de patients sans récidive structurelle prédite par le test
   2. Sensibilité : capacité du test à identifier les individus dont la maladie récidivera dans les 5 ans (proportion de récidives structurelles prévue)
   3. AUROC
   4. Valeur prédictive positive
   5. Valeur prédictive négative

Aveugle et limitation des biais Seuls les échantillons avec une qualité d'ARN suffisante (DV200>30) seront inclus dans l'analyse. Seuls les FNB contenant des cellules tumorales (« cytologie positive ») seront inclus dans le calcul de concordance. RNASeq sera réalisé par un technicien aveugle à tout détail clinique. Le technicien sera spécifiquement incapable d'identifier des échantillons correspondants à partir d'échantillons chirurgicaux et de FNB. La classification moléculaire sera effectuée en aveugle. Les données seront surveillées par un comité de surveillance des données indépendant. Le comité de suivi des données, composé d'au moins trois personnes, dont un statisticien, surveillera l'analyse des données.

Règles d'arrêt Dans nos échantillons chirurgicaux, les répétitions inter-lots et intra-lots présentaient systématiquement une concordance au niveau des gènes> 0,9. La concordance au niveau génétique entre le FNB cytologique positif et les échantillons chirurgicaux congelés (le « étalon-or ») sera surveillée pour chaque lot de 24 patients. Si R <0,9, nous ferons une pause pour réévaluer le flux de travail analytique et l'instrumentation. Si la concordance reste inférieure à 0,9 après 72 patients, nous arrêterons d'évaluer les FNB, mais nous continuerons à tester des échantillons chirurgicaux. Puisqu'il ne s'agit pas d'une étude à haut risque, nous n'avons pas l'intention de mettre fin à l'essai prématurément. Même s'il existe une faible concordance entre le FNB et les échantillons chirurgicaux, les données dérivées des résultats de l'étude en relation avec la classification moléculaire (dans les échantillons chirurgicaux) seront utiles.

SÉLECTION ET RETRAIT DES SUJETS Critères d'inclusion

1. Âge ≥ 18 ans
2. Un diagnostic de cancer papillaire de la thyroïde basé sur une biopsie à l'aiguille fine (FNB) interprétée comme une cytologie Bethesda V ou VI
3. Taille de la tumeur > 1 cm de diamètre maximal
4. Le patient est un candidat opératoire
5. Le patient a donné son consentement

Critère d'exclusion

1. Antécédents familiaux de cancer de la thyroïde
2. Antécédents de radiation au cou
3. Impossible ou refus de subir une biopsie à l'aiguille fine
4. Ne veut pas subir une thyroïdectomie
5. La pathologie finale ne démontre pas de cancer papillaire de la thyroïde
6. Cas où il n’y a pas de nodule dominant clairement
7. Cas où il existe plusieurs nodules qui empêchent l'échantillonnage d'un nodule défini

Critères de retrait du sujet Les sujets peuvent interrompre leur participation à tout moment en informant l'un des enquêteurs ou le personnel de recherche. Les données acquises avant le retrait seront utilisées à des fins d'analyse, mais aucune donnée supplémentaire ne sera collectée après le retrait. À la demande du sujet, des échantillons peuvent être prélevés avant les tests. Les sujets seront remplacés si les échantillons n'ont pas été testés par RNASeq (Thyroid GuidePx®).

TRAITEMENT DES SUJETS La classification moléculaire et le risque de récidive déterminés par Thyroid GuidePx® seront divulgués au médecin et au patient. Le risque de récidive est basé sur des données de validation cumulatives incluant des cas de l'Alberta et de l'Australie. Seuls les résultats de l’échantillon chirurgical congelé (le « gold standard ») seront divulgués. Comme c'est la norme habituelle, les décisions de traitement seront prises par le médecin en collaboration avec le patient, sur la base d'une synthèse de toutes les informations cliniques disponibles. Cet essai clinique ne définit pas de parcours thérapeutique. La fréquence et la durée du suivi ne seront pas prescrites par le protocole et seront déterminées par le médecin traitant. Il s'agit d'une étude non interventionnelle et la conformité ne sera donc pas surveillée.

ÉVALUATION DE L'EFFICACITÉ Un résultat secondaire est la performance des tests pour stratifier le risque de récidive. Les performances des tests seront comparées dans des échantillons acquis par FNB et des échantillons chirurgicaux, puis comparées à la norme de soins actuelle (le système de stratification des risques ATA). Le temps jusqu'à la récidive sera mesuré à partir du moment du traitement initial complet. Chez les patients présentant une maladie microscopique restant après la chirurgie, le temps jusqu'à la récidive sera mesuré à partir de la fin de la dose thérapeutique d'iode radioactif. Les événements de récidive seront définis sur la base des directives 2016 de l'American Thyroid Association.

Les critères suivants signifieront un statut indemne de maladie après le traitement : (i) aucune preuve clinique de tumeur ; (ii) aucune preuve de tumeur à l'imagerie à l'iode radioactif et/ou à l'échographie cervicale ; (iii) pour la thyroïdectomie post-totale, thyroglobuline sérique non stimulée (Tg) <0,2 ng/ml ; pour post-lobectomie, Tg <30 non stimulée. Une réponse indéterminée au traitement sera définie comme : (i) aucune preuve clinique de tumeur ; (ii) aucune preuve de tumeur à l'imagerie à l'iode radioactif et/ou à l'échographie cervicale ; (iii) pour la thyroïdectomie post-totale, Tg non stimulée 0,2 - 1 ; pour post-lobectomie, Tg>30. Après une thyroïdectomie totale, une réponse biochimique incomplète est définie comme Tg>1 en l'absence de maladie structurelle. Les valeurs de Tg ne sont fiables qu’en l’absence d’anticorps interférents (TgAb) (6).

La maladie sera définie comme une véritable récidive si un patient a déjà eu une Tg indétectable en l'absence de TgAb et une échographie cervicale négative dans l'année suivant l'opération précédente. La maladie persistante sera définie comme une Tg supérieure aux seuils ci-dessus, une échographie cervicale anormale, une augmentation persistante des taux de TgAb ou la présence de métastases à distance.

Les patients atteints d'une maladie persistante et/ou d'une maladie métastatique (résection non curative) ne seront pas inclus dans le calcul de la survie sans récidive.

ÉVALUATION DE LA SÉCURITÉ Le seul écart par rapport aux soins cliniques standard est l'obtention peropératoire d'un échantillon par FNB. Cependant, par rapport à l’intervention chirurgicale prévue, ce risque est faible. Le risque principal est un faible risque de saignement cliniquement significatif, estimé à <1 %. Comme il n'y aura aucune intervention associée à cette étude, il n'y a aucun plan de surveillance des événements indésirables.

STATISTIQUES Optimisation des conditions RNASeq pour les échantillons dans CytoLyt L'ARN sera isolé des FNB dans CytoLyt conformément aux SOP. La quantité d'ARN sera évaluée par NanoDrop et la qualité sera quantifiée par DV200. RNASeq sera effectué dans des échantillons CytoLyt et des échantillons congelés correspondants à différentes profondeurs de lecture. Dans les tissus CytoLyt et FFPE appariés, les mesures du test seront évaluées en fonction de la méthode de stockage des tissus d'entrée, de la qualité de l'ARN (DV200) et de la durée de stockage. L'expression des gènes sera comparée dans des CytoLyt appariés et des tissus congelés, puis corrélée entre les conditions. Le résultat le plus important, l'attribution de classes moléculaires, sera comparé dans des échantillons appariés.

Les mesures de performance suivantes seront évaluées pour chaque expérience, sur la base de la liste de contrôle des exigences spécifiques au séquençage de nouvelle génération du College of American Pathologists (CAP) :

Métriques de test

a) Métriques RNASeq : (i) Nombre de lectures (lectures totales, lectures uniques, lectures en double, lectures d'ARNr, spécificité de brin) ; (ii) Couverture (nombre de lectures couvrant une position génomique donnée) : couverture moyenne, coefficient de variation moyen, couverture 5'/3', lacunes dans la couverture, biais GC (iii) Corrélation d'expression (niveaux d'expression mesurés par rapport aux niveaux connus des standards internes de l'ERCC) b) Détection de gènes individuels : (i) Sensibilité analytique : fraction de cas dans lesquels chaque gène du standard interne de l'ERCC est correctement identifié.

(ii) Spécificité analytique : capacité à identifier l'absence des gènes composant le standard interne ERCC (iii) Précision : sensibilité + spécificité

Comparaison de la stratification du risque moléculaire (thyroïde GuidePx®) déterminée dans les échantillons FNB et dans les échantillons chirurgicaux. Les patients présentant une pathologie finale qui ne démontre pas un cancer papillaire de la thyroïde seront exclus de l'analyse de concordance. De même, les échantillons FNB cytologiquement négatifs seront exclus de l'analyse de concordance. L'attribution de la classe moléculaire sera comparée entre les échantillons obtenus par FNB et les échantillons chirurgicaux congelés appariés. Les échantillons chirurgicaux seront considérés comme la référence. La statistique kappa sera utilisée pour déterminer la signification de la concordance entre les deux types d'échantillons.

Les strates de risque seront attribuées en aveugle à l'aide de Thyroid GuidePx® et du système de stratification des risques ATA. Les taux de récidive structurelle et biochimique à 5 ans seront comparés pour chaque classe de risque. Un résultat de test binaire, conditionné à l'état de la maladie (récidive structurelle), sera utilisé pour évaluer la précision des tests. La récurrence structurelle représente l’étalon-or. Un test de McNemar bilatéral pour deux proportions dépendantes sera utilisé pour évaluer la sensibilité et la spécificité de chaque méthode de stratification du risque, avec l'ajustement de Holm pour la multiplicité pour évaluer chaque mesure d'exactitude séparément.

Performances de Thyroid GuidePx®

À partir des études décrites ci-dessus, les performances de Thyroid GuidePx® seront évaluées séparément dans les échantillons FNB et les échantillons chirurgicaux. Les caractéristiques de performance seront évaluées comme suit :

1. AUROC dépendant du temps (aire sous la courbe opérateur du récepteur) (24). Aux fins des calculs, le niveau seuil pour un test positif est une désignation de risque intermédiaire ou élevé (puisqu’il est prévu qu’une attribution de risque intermédiaire entraînerait des décisions cliniques significativement différentes).
2. Sensibilité : calculée comme sensibilité cumulée à 5 ans, comme décrit par Kamarudin et Kolamunnage-Dona (24)
3. Spécificité : calculée comme spécificité dynamique, comme décrit par Kamarudin et Kolamunnage-Dona (24)

Calcul de la taille de l'échantillon Nous comparerons l'attribution du risque moléculaire à partir d'échantillons chirurgicaux et de FNB appariés de 109 patients. Un niveau minimum de concordance cliniquement acceptable est de 80 %. Les calculs de la taille de l'échantillon étaient basés sur la statistique Kappa de Lin pour déterminer l'accord entre les deux mesures pour trois sous-groupes moléculaires (25). Une hypothèse bilatérale a été appliquée avec un niveau de signification de 0,05 et la puissance a été fixée à 90 %. La taille des sous-groupes moléculaires a été fixée à 23 % (type 1), 49 % (type 2) et 28 % (type 3). Si l'hypothèse nulle est que le niveau d'accord entre le FNB et les échantillons chirurgicaux est de 0,6, alors nous serions en mesure de détecter un niveau d'accord de 0,8 ou plus avec 109 patients. Une concordance de 0,90 serait détectable avec 40 patients supposant le même niveau d'accord nul.

Environ 25 % des patients avec une cytologie Bethesda V et environ 5 % des patients avec une cytologie Bethesda VI auront une maladie bénigne. De plus, dans environ 5 % des cas, la qualité du RNASeq est insuffisante dans les échantillons FFPE. Sur cette base, nous prévoyons un taux d'abandon de 20 %. Par conséquent, l’essai est conçu pour inclure 130 patients.

ACCÈS DIRECT AUX DONNÉES/DOCUMENTS SOURCES Le site d'essai clinique permettra la surveillance, les audits, l'examen par le CER et les inspections réglementaires liés à l'essai, fournissant un accès direct aux données/documents sources.

Des audits d'essais cliniques sont effectués pour garantir que les droits, la sécurité et le bien-être des patients sont correctement protégés, pour évaluer la conformité au protocole, aux processus et aux accords, aux normes de bonnes pratiques cliniques de l'ICH et aux exigences réglementaires applicables, et pour évaluer la qualité des données.

Toute agence de réglementation nationale peut venir à tout moment auditer ou inspecter le site d’étude. Cet audit comprend des entretiens avec le chercheur principal et l'équipe d'étude, un examen de la documentation et des pratiques, un examen des installations, de l'équipement et une vérification des données sources.

L'investigateur accordera à toute agence de réglementation nationale un accès direct à la documentation papier et/ou électronique relative à l'étude clinique (par ex. CRF, documents sources tels que les dossiers des patients hospitalisés et les dossiers d'étude des enquêteurs). Toutes les installations du site liées à la conduite de l'étude pourraient être visitées lors d'un audit (par ex. laboratoire, service ambulatoire). L'enquêteur s'engage à coopérer et à fournir son assistance à des heures et dans des lieux raisonnables en ce qui concerne toute activité d'audit.

CONTRÔLE QUALITÉ ET ASSURANCE QUALITÉ Le chercheur principal s'assurera que tous les membres de l'étude suivent le protocole et se conforment aux normes réglementaires et aux bonnes pratiques cliniques. Tous les sites d'essais cliniques permettront la surveillance, les audits, l'examen par le CER et les inspections réglementaires liés aux essais, offrant ainsi un accès direct aux données/documents sources.

Le Comité de suivi des données (DMC) se réunira pendant le déroulement de l'essai comme suit : 1. Dès le début de l'essai pour finaliser la Charte DMC ; 2. Une fois que 24 participants ont été inscrits ; 3. Après que 72 participants aient été inscrits ; et 4. après la fin de l'inscription.

ÉTHIQUE L'investigateur responsable veillera à ce que cette étude soit menée conformément à la Déclaration d'Helsinki. Cette étude sera menée conformément aux normes canadiennes et internationales de bonnes pratiques cliniques pour toutes les études, y compris les lignes directrices tripartites harmonisées de l'ICH sur les bonnes pratiques cliniques. Les réglementations gouvernementales applicables, les lignes directrices sur les essais cliniques de la DPSNSO et les politiques et procédures de recherche des services de santé de l'Alberta seront également suivies.

Ce protocole et tout amendement seront soumis au HREBA-CC pour approbation formelle pour mener l'étude. La décision du HREBA-CC concernant la conduite de l'étude sera faite par écrit à l'investigateur.

La divulgation de la classification des risques moléculaires à partir d'échantillons chirurgicaux (« l'étalon-or ») est justifiable, car il existe des données substantielles sur les résultats des échantillons chirurgicaux. De plus, lorsque cet essai sera lancé, le test sera disponible dans le commerce sous forme de test développé en laboratoire (LDT).

GESTION DES DONNÉES ET CONSERVATION DES DOSSIERS Une fois l'étude terminée, toutes les données de cette étude seront conservées pendant 15 ans, stockées conformément au protocole du Calgary Centre for Clinical Research.

FINANCEMENT ET ASSURANCE L'essai sera financé par Qualisure Diagnostics, Inc., complété par des subventions évaluées par des pairs. L'assurance sera fournie par l'Université de Calgary et les services de santé de l'Alberta, ainsi que par Qualisure Diagnostics.

POLITIQUE DE PUBLICATION Les résultats de cette étude clinique seront publiés dans une revue à comité de lecture avec tous les chercheurs nommés comme co-auteurs. Toutes les sources de financement seront reconnues.

6.0 Décrire les procédures, les traitements ou les activités qui dépassent ou s'ajoutent aux pratiques standard : .

Le seul écart par rapport aux soins cliniques standard est l'obtention peropératoire d'un échantillon par FNB. Cependant, par rapport à l’intervention chirurgicale prévue, ce risque est faible. Le risque principal est un faible risque de saignement cliniquement significatif, estimé à <1 %. Comme il n'y aura aucune intervention associée à cette étude, il n'y a aucun plan de surveillance des événements indésirables.

Lors de l'intervention chirurgicale, lorsque la glande thyroïde et la tumeur sont exposées, le chirurgien réalisera une FNB de la tumeur dominante (c'est-à-dire : la lésion identifiée en préopératoire), sous vision directe. Cela simule au mieux les conditions in vivo d'une FNB préopératoire tout en limitant les éventuels inconvénients techniques d'une biopsie percutanée (par exemple : ciblage inadéquat de la lésion).

Sous la direction d'un pathologiste collaborateur, un morceau de la tumeur sera retiré et congelé instantanément, et un morceau adjacent sera prélevé pour la fixation au formol et l'inclusion de paraffine. Les tissus ne seront libérés à des fins de recherche qu'une fois qu'une quantité suffisante de tissus aura été prélevée à des fins diagnostiques et cliniques.