Согласование молекулярной классификации на основе тонкоигольной биопсии (ТНБ) и хирургических образцов

СПРАВОЧНАЯ ИНФОРМАЦИЯ Рак щитовидной железы занимает 8-е место среди наиболее распространенных видов рака по распространенности, и с 1992 года заболеваемость увеличивается более чем на 6% в год. Папиллярный рак щитовидной железы (ПТК) является причиной большинства случаев рака щитовидной железы, а рост заболеваемости раком щитовидной железы почти полностью объясняется увеличением выявления небольших ПТК (1). ПТК обычно имеет благоприятный прогноз с высокими показателями излечения. Однако примерно 10-15% PTC демонстрируют более агрессивное поведение и часто устойчивы к традиционным адъювантным методам лечения, таким как радиоактивный йод (2,3). Учитывая растущее число случаев ПТК (и потенциальное бремя расходов на здравоохранение), точный прогноз становится все более важным. Точная оценка прогноза и риска рецидива позволит избежать неоправданно обширного хирургического вмешательства, исследований и последующего наблюдения у лиц с хорошим прогнозом, а также направит более обширное хирургическое вмешательство, адъювантную терапию и длительное наблюдение для тех, кто в этом нуждается.

Система стратификации риска Американской ассоциации щитовидной железы (ATA) Решения о лечении принимаются на основе системы стратификации риска Американской ассоциации щитовидной железы (ATA), которая оценивает риск рецидива заболевания на основе клинических и патологических факторов. Хотя эта система была ретроспективно подтверждена рядом исследований, доля объясненной дисперсии неоптимальна и колеблется в пределах 19–34% (4, 5). Неспособность системы ATA полностью предсказать рецидив может быть связана с неспособностью этой системы адекватно интегрировать риск, связанный с молекулярным профилем опухоли. Только один молекулярный маркер, BRAFV600E, в настоящее время включен в систему стратификации риска ATA. Еще одним ограничением системы стратификации риска ATA является то, что ее можно полностью внедрить только после операции, когда доступны все клинические и патологические данные, необходимые для оценки риска. К тому времени важные решения о лечении уже были приняты, и пациент уже осознал влияние операции.

Оценка риска до начала лечения: текущие стандарты лечения В 2015 году ATA сообщило о критериях, которые можно использовать для отбора пациентов для более консервативных операций, таких как лобэктомия щитовидной железы. Согласно рекомендациям ATA 2015 года, пациенты со следующими предоперационными критериями считаются низким риском: размер опухоли 1–4 см, клинически отрицательные узлы, отсутствие экстратиреоидного распространения, отсутствие семейного анамнеза рака щитовидной железы и отсутствие лучевой терапии шеи ( 6). Этим пациентам первоначально может быть назначена лобэктомия щитовидной железы (в отличие от тотальной тиреоидэктомии). Однако в 40–60% случаев потребуется полная тиреоидэктомия, поскольку послеоперационная стратификация риска (с использованием всей клинической и патологической информации, доступной после операции) классифицировала их как более высокий риск, чем первоначально предполагалось (7–11). В недавнем исследовании 51% пациентов потребовался переход к полной тиреоидэктомии, поскольку дополнительные факторы риска были выявлены во время операции или после того, как была выявлена ​​окончательная патология (12). Это демонстрирует ограничения клинической предоперационной оценки риска и необходимость улучшения метода предоперационной оценки риска. Таким образом, хирургам и пациентам, работающим с раком щитовидной железы, будет полезна дополнительная информация, которая позволит уточнить решение о выполнении лобэктомии у соответствующих пациентов, одновременно сводя к минимуму необходимость завершения тиреоидэктомии.

Thyroid GuidePx®: новая система стратификации молекулярного риска. Недостатки системы стратификации риска ATA для надежного определения прогноза были устранены с помощью новой системы стратификации молекулярного риска, которая включает сигнатуру гена Thyroid GuidePx®. С помощью алгоритма компьютерного программного обеспечения транскрипты (мРНК), связанные с рецидивом, и транскрипты, связанные с отсутствием рецидива, были идентифицированы в обучающей выборке из 335 пациентов с ПТК, а затем проверены в проверочной выборке из 167 пациентов. Опухоли, включенные в набор данных, были свежезамороженными.

На основании характера экспрессии прогностических генов были идентифицированы три молекулярных подтипа. Их назвали Типом 1, Типом 2 и Типом 3. ПТК типа 3 имели наиболее агрессивную биологию и самую высокую частоту рецидивов. Впоследствии метод был подтвержден на 124 пациентах с ПТС из Кореи, а также на 167 пациентах из Эдмонтона.

Молекулярные подтипы рассматривались в контексте стадии опухоли. В частности, опухоли размером 1–4 см при отсутствии поражения лимфатических узлов (которые включают пациентов, которые могли бы быть потенциальными кандидатами на лобэктомию щитовидной железы) анализировались отдельно от пациентов с более поздними стадиями заболевания. Интересно, что ПТК 3-го типа имели высокую частоту рецидивов независимо от стадии опухоли. Кандидаты на лобэктомию с PTC типа 1 и типа 2 имели частоту рецидивов <3% (рис. 1A, B, см. Протокол_Калгари_11 июля 2023 г.).docx прикрепил).

Результаты теста Тест на основе NGS, который идентифицировал молекулярный подтип PTC, назывался Thyroid GuidePx®. Комбинированная молекулярная и клиническая подклассификация ПТК с использованием Thyroid GuidePx® сравнивалась с системой стратификации риска ATA. Группы стратификации риска АТА определялись двумя практикующими врачами для каждого случая. Для расчета зависящей от времени площади под кривой рабочей характеристики приемника (AUROC) применялась бинарная классификация: низкий риск против среднего/высокого риска. AUROC рассчитывался на основе результатов рецидивов в когорте обнаружения TCGA и когорте Эдмонтона. Наилучшая эффективность стратификации риска была достигнута с помощью теста Thyroid GuidePx® в сочетании с клиническими особенностями (т. е. размером опухоли и поражением лимфатических узлов). При использовании пакета SmoothROCtime 5-летний AUROC составил 0,80 для Thyroid GuidePx® с учетом размера опухоли и состояния лимфатических узлов и 0,51 для системы стратификации риска ATA (рис. 2, см. Протокол_Калгари_11 июля 2023 г.).docx прикрепил).

Thyroid GuidePx®: Описание анализа Тест Thyroid GuidePx® представляет собой анализ, основанный на целевом секвенировании РНК с обогащением гибридного захвата (RNA-Seq). Входными данными для теста является РНК, выделенная из фиксированной формалином и залитой в парафин ткани (FFPE) или образцов папиллярного рака щитовидной железы, полученных при тонкоигольной биопсии (FNB). Подготовка библиотеки включает специфическую амплификацию целевых областей каждого из генов на панели Thyroid GuidePx®. Панель состоит из 82 генов. Полученные библиотеки образцов переносятся в картридж с реагентами MiSeq/MiSeqDx, который содержит все реагенты для секвенирования. Программное обеспечение для анализа в реальном времени (RTA), которое является компонентом секвенатора MiSeq/MiSeqDx, предоставляет базовые вызовы и соответствующие показатели качества во время выполнения секвенирования. Создаются файлы FASTQ, содержащие информацию о секвенировании и качестве. Файл FASTQ — это широко используемый текстовый формат файла для хранения нуклеотидной последовательности для каждого ампликона и соответствующего ему показателя качества. Файлы FASTQ служат входными данными для алгоритмов выравнивания последовательностей. Выровненные чтения записываются в файлы в формате BAM, которые впоследствии преобразуются в счетчики чтения и значения выражений. Затем уровни экспрессии генов передаются в алгоритм для классификации категорий риска.

Программное обеспечение классифицирует риск на основе характера экспрессии групп генов на панели Thyroid GuidePx®, состоящей из 82 генов. Три молекулярных класса были определены на основе исследования 502 образцов пациентов, связывающего характер экспрессии генов с безрецидивной выживаемостью в течение 5 лет. Группа высокого риска, обогащенная мутациями BRAFV600E; и были идентифицированы две молекулярные подгруппы с низким риском.

Клиническая полезность

Более точный прогноз, предоставляемый Thyroid GuidePx®, может повлиять на решения врачей о лечении. Ниже приведены примеры того, как врачи могут применять новую информацию, полученную из Thyroid GuidePx®:

1. ПТК низкого риска потенциально можно лечить с помощью частичной тиреоидэктомии (например, лобэктомии) или даже активного наблюдения, а не тотальной тиреоидэктомии. Помимо экономии времени и средств, это имеет два основных преимущества. Во-первых, снижается потенциальная потребность в пожизненной замене гормонов щитовидной железы после лобэктомии. Во-вторых, практически отсутствует риск потенциально разрушительных осложнений тотальной тиреоидэктомии, таких как двустороннее повреждение возвратного гортанного нерва или постоянный гипопаратиреоз.
2. Точное выявление PTC низкого риска также повысит целесообразность адъювантного введения радиоактивного йода (RAI). Терапия RAI может приводить как к временным, так и к долгосрочным побочным эффектам, таким как дисфункция слюнных желез, дисфункция яичников и яичек, а также подавление функции костного мозга. Терапия RAI также имеет теоретический риск вторичного злокачественного новообразования: по одной из оценок, 100 мКи 131I вызывает 56 злокачественных новообразований на 10 000 пролеченных пациентов (15). Ограничение терапии RAI теми пациентами, у которых будет достигнуто улучшение общей или безрецидивной выживаемости, также является экономически эффективным.
3. Наблюдение за ПТК может создать нагрузку на пациентов и медицинские организации по двум причинам: ПТК чаще всего диагностируется в среднем возрасте, и пациенты часто выживают в течение длительного периода времени после постановки диагноза. Это означает, что регулярные обследования и исследования для раннего выявления рецидивов могут продолжаться в течение многих лет. Последующее наблюдение обычно включает ежегодный медицинский осмотр, измерение уровня тиреотропного гормона и тиреоглобулина в сыворотке крови, а также периодическое УЗИ шеи. У пациентов с низким риском могут быть увеличены интервалы между контрольными осмотрами и исследованиями, и они потенциально могут быть выписаны из-под наблюдения.
4. Также важно точно идентифицировать пациентов с высоким риском рецидива. Известно, что система стратификации рисков ATA неточна в прогнозировании рецидивов. У пациентов, отнесенных к группе «низкого риска» по системе стратификации риска ATA 2015 г., у 16% пациентов в конечном итоге развивается рецидив заболевания (16). В результате такой классификации риска эти пациенты могут получать недостаточное лечение. У пациентов, у которых возможно более точное определение высокого риска, можно рассмотреть более агрессивное лечение (например, тотальную тиреоидэктомию и RAI) или участие в клинических исследованиях.

Thyroid GuidePx® с помощью тонкоигольной биопсии. Наши исследования до сих пор проводились с использованием хирургических образцов, и в этом формате был произведен коммерчески доступный анализ. Однако недавнее исследование, проведенное Институтом экономики здравоохранения, показало, что повышение экономической эффективности Thyroid GuidePx® может быть достигнуто за счет проведения теста перед операцией. Для проведения предоперационного теста потребуется, чтобы тест работал хорошо с использованием образцов, полученных при тонкоигольной биопсии (ТНБ).

FNB щитовидной железы обычно хранятся в CytoLyt, забуференном жидком консерванте на основе метанола, в течение 7 дней перед переносом клеток в ThinPrep для цитологического анализа. Мы и другие (17-21) ранее определили, что качественная ДНК и РНК могут быть получены из клеток в CytoLyt. Наше недавнее технико-экономическое обоснование с участием 12 пациентов с ПТК показало, что проведение анализа Thyroid GuidePx® на FNB осуществимо. На данный момент уровень технического успеха составляет 100%, а соответствие уровня генов хирургическим образцам превышает 0,9. Однако использование ограниченного FNB для молекулярной характеристики заболевания подразумевает, что образец репрезентативен для всей опухоли. Геномная и транскриптомная гетерогенность была описана в первичных опухолях и метастазах (23). Поэтому будет важно задокументировать соответствие между образцами, полученными FNB, и хирургическими образцами.

ЦЕЛИ И ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Общая цель исследования состоит в том, чтобы определить, является ли более ограниченный образец тонкоигольной биопсии достаточно репрезентативным для более крупной опухоли, чтобы определить действительную молекулярную классификацию с использованием теста Thyroid GuidePx®.

Основная цель 1. Определить соответствие между молекулярными классификациями Thyroid GuidePx®, полученными из FNA, и соответствующими хирургическими образцами.

Вторичные цели

1. Сравнить уровень технического успеха при заполнении действующего Thyroid GuidePx® с использованием FNA и хирургических образцов.
2. Сравнить результаты рецидивов с использованием системы стратификации риска ATA и пациентов, классифицированных по Thyroid GuidePx®, с использованием хирургических образцов.
3. Сравнить результаты рецидивов с использованием системы стратификации риска ATA с пациентами, классифицированными Thyroid GuidePx® с использованием образцов FNA.

ПРОЕКТИРОВАНИЕ ИСПЫТАНИЙ Схема испытаний (см. Протокол_Калгари_11 июля 2023 г..docx) прикрепил)

Отбор и анализ проб. Пациенты будут приглашены к участию, если у них есть предоперационный диагноз ПТК (Bethesda VI) или подозрение на ПТК (Bethesda V), и они имеют право на частичную или полную тиреоидэктомию, как описано в критериях включения и исключения. . После согласия пациенты перенесут операцию по плану хирурга. Демографические, клинические и патологические данные будут получены от всех участников.

Во время операции, когда обнажается щитовидная железа и опухоль, хирург выполняет ФНБ доминирующей опухоли (т. е. поражения, выявленного до операции) под прямым зрением. Это наиболее точно имитирует условия предоперационной ФНБ in vivo, но ограничивает потенциальные технические недостатки чрескожной биопсии (например, неадекватное нацеливание на поражение). Клеточный материал, полученный из FNB, немедленно помещают в транспортную среду (CytoLyt), а затем охлаждают. Образцы будут еженедельно отправляться в центральную лабораторию для выделения РНК и RNASeq. В то же время подготовленный цитопатолог исследует образцы FNB на наличие опухолевых клеток.

Если присутствует более одного узла, хирург отметит узел FNB для патологоанатома. Под руководством сотрудничающего патолога часть опухоли будет удалена и заморожена, а соседний кусок будет взят для фиксации формалином и заливки в парафин (FFPE). Будет приготовлен один слайд H&E из образца FFPE, окрашенный на H&E, и 3–6 неокрашенных срезов, которые затем будут отправлены в центральную лабораторию для микродиссекции, выделения РНК и RNASeq. Этот процесс будет следовать обычным протоколам обработки образцов и не будет мешать стандартным методам патологической диагностики.

Если пациенты подписали факультативную форму информированного согласия на биобанкинг, если осталось достаточно замороженного образца, образец будет сохранен для целей повторного тестирования (при необходимости) или для поддержки дополнительных исследований, таких как полный анализ транскриптома и мутационный анализ. Использование этих образцов для этих целей потребует дополнительных этических разрешений.

Уже завершено технико-экономическое обоснование с участием 12 пациентов. Уровень технического успеха при получении образцов и выполнении анализа составил 100%, количество и качество РНК в FNB были превосходными, а в анализах, выполненных на FNB и хирургических образцах, наблюдалось превосходное соответствие уровня генов.

RNASeq для Thyroid GuidePx® будет проводиться в OncoHelix, клинической лаборатории с опытом точной онкологии, расположенной в Медицинской школе Камминга Университета Калгари. Если тестирование не может быть проведено своевременно в OncoHelix, образцы будут протестированы в Protean BioDiagnostics, сертифицированной CAP/CLIA лаборатории в Орландо, Флорида, которая в настоящее время выполняет тесты на коммерческой основе. Классы риска будут присвоены с помощью программного обеспечения, разработанного Qualisure Diagnostics, с использованием данных, полученных с помощью RNASeq.

Конечные точки

Первичная конечная точка:

1. Согласование, классификация молекулярного риска папиллярного рака щитовидной железы FNB и соответствующих замороженных хирургических образцов.

Вторичные конечные точки:

1. Уровень технического успеха при заполнении действительного Thyroid GuidePx® с использованием FNB
2. Уровень технического успеха при заполнении действительного Thyroid GuidePx® на хирургических образцах FFPE.
3. Частота биохимических рецидивов через 5 лет (тиреоглобулин ≥ 1 нг/мл, только для пациентов, перенесших тотальную тиреоидэктомию)
4. Структурная частота рецидивов через 5 лет

5. Эффективность теста как прогностического теста, Thyroid GuidePx®: FNB и хирургические образцы

   1. Специфичность: доля пациентов без структурного рецидива, прогнозируемого тестом.
   2. Чувствительность: способность теста выявлять лиц, у которых заболевание рецидивирует в течение 5 лет (прогнозируемая доля структурных рецидивов)
   3. АУРОК
   4. Положительная прогностическая ценность
   5. Отрицательная прогностическая ценность

6. Производительность, стратификация рисков ATA

   1. Специфичность: доля пациентов без структурного рецидива, прогнозируемого тестом.
   2. Чувствительность: способность теста выявлять лиц, у которых заболевание рецидивирует в течение 5 лет (прогнозируемая доля структурных рецидивов)
   3. АУРОК
   4. Положительная прогностическая ценность
   5. Отрицательная прогностическая ценность

Ослепление и ограничение систематической ошибки В анализ будут включены только образцы с достаточным качеством РНК (DV200>30). В расчет согласованности будут включены только FNB, содержащие опухолевые клетки («положительные по цитологии»). RNASeq будет выполнять технический специалист, не знающий каких-либо клинических деталей. Техник, в частности, не сможет идентифицировать совпадающие образцы из хирургических образцов и FNB. Молекулярная классификация будет проводиться вслепую. Данные будут контролироваться независимым комитетом по мониторингу данных. Комитет по мониторингу данных, состоящий как минимум из трех человек, включая статистика, будет контролировать анализ данных.

Правила остановки В наших хирургических образцах межпартийные и внутрипартийные повторы постоянно имели конкордантность уровня генов >0,9. Соответствие уровня генов между положительными по цитологии FNB и замороженными хирургическими образцами («золотой стандарт») будет контролироваться для каждой партии из 24 пациентов. Если R<0,9, мы сделаем паузу, чтобы переоценить аналитический рабочий процесс и оборудование. Если конкордантность устойчиво ниже 0,9 после 72 пациентов, мы прекратим оценку FNB, но продолжим тестирование хирургических образцов. Поскольку это исследование не относится к группе высокого риска, мы не намерены преждевременно прекращать исследование. Даже если существует низкая конкордантность между FNB и хирургическими образцами, данные, полученные в результате изучения результатов в отношении молекулярной классификации (в хирургических образцах), будут полезны.

ОТБОР И ОТЗЫВ СУБЪЕКТОВ Критерии включения

1. Возраст ≥ 18 лет
2. Диагностика папиллярного рака щитовидной железы на основании тонкоигольной биопсии (ТНБ), интерпретируемой как цитология Bethesda V или VI.
3. Размер опухоли > 1 см в максимальном диаметре
4. Пациент является кандидатом на оперативное вмешательство.
5. Пациент дал согласие

Критерий исключения

1. Семейный анамнез рака щитовидной железы
2. История радиации шеи
3. Невозможно или нежелание проводить тонкоигольную биопсию
4. Нежелание проходить тиреоидэктомию
5. Окончательная патология не демонстрирует папиллярный рак щитовидной железы.
6. Случаи, когда нет четкого доминантного узла
7. Случаи, когда имеется несколько узелков, что исключает возможность отбора проб из определенного узла.

Критерии исключения субъектов. Субъекты могут прекратить участие в любое время, уведомив об этом одного из исследователей или исследовательский персонал. Данные, полученные до вывода средств, будут использоваться для анализа, но после вывода дополнительные данные собираться не будут. По желанию субъекта образцы могут быть изъяты до начала тестирования. Субъекты будут заменены, если образцы не были проверены с помощью RNASeq (Thyroid GuidePx®).

ЛЕЧЕНИЕ СУБЪЕКТОВ Молекулярная классификация и риск рецидива, определенные с помощью Thyroid GuidePx®, будут сообщены врачу и пациенту. Риск рецидива основан на совокупных данных валидации, включая случаи из Альберты и Австралии. Будут раскрыты только результаты замороженного хирургического образца («золотой стандарт»). Как обычно, решения о лечении будут приниматься врачом совместно с пациентом на основе синтеза всей доступной клинической информации. Это клиническое исследование не определяет путь лечения. Частота и продолжительность последующих посещений не предписываются протоколом и определяются лечащим врачом. Это неинтервенционное исследование, поэтому соблюдение требований не будет контролироваться.

ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ Вторичным результатом является выполнение теста для стратификации риска рецидива. Результаты тестов будут сравниваться с образцами, полученными FNB, и хирургическими образцами, а затем сравниваться с текущими стандартами лечения (система стратификации риска ATA). Время до рецидива будет измеряться с момента завершения первоначального лечения. У пациентов с микроскопическими заболеваниями, оставшимися после операции, время до рецидива будет измеряться с момента завершения приема терапевтической дозы радиоактивного йода. Случаи рецидива будут определяться на основе рекомендаций Американской ассоциации щитовидной железы 2016 года.

Следующие критерии будут означать отсутствие заболевания после терапии: (i) отсутствие клинических признаков опухоли; (ii) отсутствие признаков опухоли при визуализации радиоактивным йодом и/или УЗИ шейки матки; (iii) при тотальной тиреоидэктомии нестимулированный сывороточный тиреоглобулин (Tg) <0,2 нг/мл; для постлобэктомии нестимулированный Tg<30. Неопределенный ответ на терапию будет определяться как: (i) отсутствие клинических признаков опухоли; (ii) отсутствие признаков опухоли при визуализации радиоактивным йодом и/или УЗИ шейки матки; (iii) для после тотальной тиреоидэктомии нестимулированный Tg 0,2–1; для постлобэктомии Tg>30. После тотальной тиреоидэктомии биохимический неполный ответ определяется как Tg>1 при отсутствии структурного заболевания. Значения Tg надежны только при отсутствии интерферирующих антител (TgAb) (6).

Заболевание будет определяться как истинный рецидив, если у пациента ранее в течение 1 года после предыдущей операции наблюдался неопределяемый ТГ при отсутствии ТгАт и отрицательном результате УЗИ шеи. Персистирующее заболевание будет определяться как уровень Tg, превышающий вышеуказанные пороговые значения, аномальные результаты УЗИ шеи, постоянно повышенные уровни TgAb или наличие отдаленных метастазов.

Пациенты с персистирующим заболеванием и/или метастатическим заболеванием (нелечебная резекция) не будут включены в расчет безрецидивной выживаемости.

ОЦЕНКА БЕЗОПАСНОСТИ Единственным отклонением от стандартной клинической помощи является интраоперационный забор образца с помощью FNB. Однако по сравнению с запланированной хирургической процедурой этот риск невелик. Основным риском является небольшой риск клинически значимого кровотечения, оцениваемый в <1%. Поскольку в рамках этого исследования не будет проводиться какое-либо вмешательство, плана мониторинга нежелательных явлений не существует.

СТАТИСТИКА Оптимизация условий RNASeq для образцов в CytoLyt РНК будет выделена из FNB в CytoLyt в соответствии с СОП. Количество РНК будет оцениваться с помощью NanoDrop, а качество будет определяться количественно с помощью DV200. RNASeq будет выполняться в образцах CytoLyt и соответствующих замороженных образцах с различной глубиной считывания. В парных тканях CytoLyt и FFPE показатели анализа будут оцениваться в зависимости от метода хранения входной ткани, качества РНК (DV200) и времени хранения. Экспрессию генов будут сравнивать в парных CytoLyt и замороженных тканях, а затем коррелировать между условиями. Самый важный результат — присвоение молекулярного класса — будет сравниваться в парных образцах.

Следующие показатели эффективности будут оцениваться для каждого эксперимента на основе контрольного списка требований Коллегии американских патологов (CAP), специфичных для секвенирования следующего поколения:

Показатели анализа

а) Показатели RNASeq: (i) количество чтений (общее количество чтений, уникальные считывания, дублированные считывания, считывания рРНК, специфичность цепи); (ii) Охват (количество прочтений, охватывающих данную геномную позицию): средний охват, средний коэффициент вариации, охват 5'/3', пробелы в охвате, систематическая ошибка GC (iii) Корреляция экспрессии (измеренные уровни экспрессии по сравнению с известными уровнями) внутренних стандартов ERCC) b) Обнаружение отдельных генов: (i) Аналитическая чувствительность: доля случаев, в которых каждый ген во внутреннем стандарте ERCC правильно идентифицирован.

(ii) Аналитическая специфичность: способность идентифицировать отсутствие генов, составляющих внутренний стандарт ERCC (iii) Точность: чувствительность + специфичность

Сравнение стратификации молекулярного риска (Thyroid GuidePx®), определенной в образцах FNB и хирургических образцах. Пациенты с окончательной патологией, не демонстрирующей папиллярный рак щитовидной железы, будут исключены из анализа конкордантности. Аналогичным образом, образцы FNB, цитологически отрицательные, будут исключены из анализа конкордантности. Присвоение молекулярного класса будет сравниваться между образцами, полученными с помощью FNB, и соответствующими замороженными хирургическими образцами. Хирургические образцы будут считаться золотым стандартом. Статистика каппа будет использоваться для определения значимости соответствия между двумя типами выборок.

Страты риска будут определены вслепую с использованием Thyroid GuidePx® и системы стратификации рисков ATA. Структурные и биохимические показатели рецидивов через 5 лет будут сравниваться для каждого класса риска. Результат бинарного теста, зависящий от статуса заболевания (структурный рецидив), будет использоваться для оценки точности теста. Структурная повторяемость представляет собой золотой стандарт. Двусторонний тест Макнемара для двух зависимых пропорций будет использоваться для оценки чувствительности и специфичности каждого метода стратификации риска с поправкой Холма на множественность для оценки каждого показателя точности отдельно.

Эффективность Thyroid GuidePx®

Согласно исследованиям, описанным выше, эффективность Thyroid GuidePx® будет оцениваться отдельно в образцах FNB и хирургических образцах. Эксплуатационные характеристики будут оцениваться следующим образом:

1. Зависящий от времени AUROC (площадь под операторской кривой приемника) (24). Для целей расчетов пороговый уровень положительного теста представляет собой обозначение среднего или высокого риска (поскольку ожидается, что присвоение промежуточного риска приведет к значительно отличающимся клиническим решениям).
2. Чувствительность: рассчитывается как совокупная чувствительность за 5 лет, как описано Камарудином и Коламуннаге-Доной (24).
3. Специфичность: рассчитывается как динамическая специфичность, как описано Камарудином и Коламуннаге-Доной (24).

Расчет размера выборки Мы сравним распределение молекулярного риска по хирургическим образцам и соответствующим FNB от 109 пациентов. Минимальный уровень соответствия, клинически приемлемый, составляет 80%. Расчеты размера выборки были основаны на статистике Лина Каппа для согласия между двумя показателями для трех молекулярных подгрупп (25). Двусторонняя гипотеза применялась с уровнем значимости 0,05, а мощность была зафиксирована на уровне 90%. Размеры молекулярных подгрупп были зафиксированы на уровне 23% (тип 1), 49% (тип 2) и 28% (тип 3). Если нулевая гипотеза состоит в том, что уровень согласия между FNB и хирургическими образцами составляет 0,6, то мы сможем обнаружить уровень согласия 0,8 или выше у 109 пациентов. Согласие 0,90 можно было бы обнаружить у 40 пациентов, предполагающих одинаковый нулевой уровень согласия.

Около 25% пациентов с цитологическим исследованием Bethesda V и около 5% пациентов с цитологическим исследованием Bethesda VI будут иметь доброкачественное заболевание. Кроме того, примерно в 5% случаев качество RNASeq в образцах FFPE является недостаточным. Исходя из этого, мы планируем процент отсева в размере 20%. Таким образом, исследование рассчитано на 130 пациентов.

ПРЯМОЙ ДОСТУП К ИСХОДНЫМ ДАННЫМ/ДОКУМЕНТАМ. На площадке клинических исследований будет обеспечен мониторинг, аудит, проверка REB и проверка(и) регулирующих органов, что обеспечит прямой доступ к исходным данным/документам.

Аудит клинических исследований проводится для обеспечения уверенности в том, что права, безопасность и благополучие пациентов надлежащим образом защищены, для оценки соблюдения протокола, процессов и соглашений, стандартов надлежащей клинической практики ICH и применимых нормативных требований, а также для оценки качества данных.

Любой национальный регулирующий орган может в любое время приехать для проверки или проверки объекта исследования. Этот аудит состоит из интервью с главным исследователем и исследовательской группой, проверки документации и практики, проверки помещений, оборудования и проверки исходных данных.

Исследователь предоставит любому национальному регулирующему органу прямой доступ к бумажной и/или электронной документации, имеющей отношение к клиническому исследованию (например, CRF, исходные документы, такие как карты пациентов больницы и файлы исследований исследователя). Все объекты объекта, связанные с проведением исследования, можно посетить во время аудита (например, лаборатория, поликлиника). Следователь соглашается сотрудничать и оказывать помощь в разумное время и в разумных местах в отношении любой аудиторской деятельности.

КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА И ОБЕСПЕЧЕНИЕ КАЧЕСТВА Главный исследователь будет следить за тем, чтобы все участники исследования следовали протоколу и соответствовали нормативным требованиям и стандартам надлежащей клинической практики. На всех площадках клинических исследований будут разрешены мониторинг, аудит, проверка REB и проверка со стороны регулирующих органов, что обеспечит прямой доступ к исходным данным/документам.

Комитет по мониторингу данных (DMC) будет встречаться во время проведения исследования следующим образом: 1. После начала исследования для доработки Устава DMC; 2. После набора 24 участников; 3. После регистрации 72 участников; и 4. после завершения регистрации.

ЭТИКА Ответственный исследователь должен гарантировать, что данное исследование проводится в соответствии с Хельсинкской декларацией. Это исследование будет проводиться в соответствии с канадскими и международными стандартами надлежащей клинической практики для всех исследований, включая Гармонизированное трехстороннее руководство ICH по надлежащей клинической практике. Также будут соблюдаться применимые правительственные постановления, руководящие принципы клинических испытаний NNHPD, а также политика и процедуры исследований Службы здравоохранения Альберты.

Этот протокол и любые поправки будут представлены в HREBA-CC для официального одобрения для проведения исследования. Решение КК HREBA о проведении исследования будет вынесено исследователю в письменной форме.

Раскрытие классификации молекулярного риска на основе хирургических образцов («золотой стандарт») оправдано, поскольку имеются существенные данные об исходах хирургических образцов. Более того, когда это испытание будет начато, тест будет коммерчески доступен как тест, разработанный лабораторией (LDT).

ОБРАБОТКА ДАННЫХ И ХРАНЕНИЕ УЧЕТА После завершения исследования все данные этого исследования будут храниться в течение 15 лет в соответствии с протоколом в Центре клинических исследований Калгари.

ФИНАНСИРОВАНИЕ И СТРАХОВАНИЕ Исследование будет финансироваться компанией Qualisure Diagnostics, Inc. и дополнено рецензируемыми грантами. Страхование будет предоставлено Университетом Калгари и Службой здравоохранения Альберты, а также компанией Qualisure Diagnostics.

ПОЛИТИКА ПУБЛИКАЦИИ Результаты этого клинического исследования будут опубликованы в рецензируемом журнале со всеми названными исследователями в качестве соавторов. Все источники финансирования будут указаны.

6.0 Опишите процедуры, лечение или действия, которые выходят за рамки стандартной практики или дополняют ее: .

Единственным отклонением от стандартной клинической помощи является интраоперационный забор образца FNB. Однако по сравнению с запланированной хирургической процедурой этот риск невелик. Основным риском является небольшой риск клинически значимого кровотечения, оцениваемый в <1%. Поскольку в рамках этого исследования не будет проводиться какое-либо вмешательство, плана мониторинга нежелательных явлений не существует.

Во время операции, когда обнажается щитовидная железа и опухоль, хирург выполняет ФНБ доминирующей опухоли (т. е. поражения, выявленного до операции) под прямым зрением. Это наиболее точно имитирует условия предоперационной ФНБ in vivo, но ограничивает потенциальные технические недостатки чрескожной биопсии (например, неадекватное нацеливание на поражение).

Под руководством сотрудничающего патолога часть опухоли будет удалена и заморожена, а соседний кусок будет взят для фиксации формалином и заливки в парафин. Ткань будет передана для исследования только после того, как будет взято достаточное количество ткани для диагностического и клинического использования.