La valeur du mNGS dans le diagnostic de l'infection pulmonaire

L'infection pulmonaire est un type courant d'infection respiratoire qui peut entraîner de multiples complications et est considérée comme la maladie infectieuse la plus importante au monde en raison de sa morbidité et de sa mortalité élevées. Les infections pulmonaires, causées par un ou plusieurs agents pathogènes tels que des bactéries, des virus, des champignons et des parasites, ne sont pas faciles à distinguer cliniquement et comptent parmi les 10 principales causes de décès dans le monde. Par conséquent, l’identification précoce et précise de la cause de l’infection chez les patients présentant une infection pulmonaire est d’une grande importance pour le traitement ultérieur et l’amélioration du pronostic. À l'heure actuelle, les principales méthodes traditionnelles de diagnostic des infections pulmonaires sont la culture microbienne, la détection d'antigènes et d'anticorps et la technologie de détection d'acide nucléique par PCR. Bien que la culture microbienne soit la référence en matière d’identification microbienne, la détection de certains virus et parasites prend beaucoup de temps. La sensibilité de la détection des antigènes et des anticorps est faible. La méthode de détection des acides nucléiques par PCR a une sensibilité et une spécificité élevées, mais elle ne peut pas détecter tous les agents pathogènes provoquant une infection pulmonaire. Par conséquent, il est nécessaire de développer une nouvelle technologie de détection rapide, pratique et sensible pour détecter l’agent pathogène de l’infection pulmonaire. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) présente l'avantage de ne faire aucune hypothèse et de ne pas dépendre de la culture, et peut détecter tous les agents pathogènes dans des échantillons cliniques sans biais. Il a été largement utilisé dans diverses maladies infectieuses. Cette étude a collecté les informations de base des patients suspectés d'infection pulmonaire en clinique et a effectué la détection du mNGS et la détection de routine des agents pathogènes sur différents échantillons de liquide de lavage alvéolaire (BALF) et d'expectorations, respectivement, pour évaluer la cohérence de la détection du mNGS et de la détection de routine et la taux de détection positif des agents pathogènes, ainsi que la valeur de l'application clinique de la détection du mNGS.

Cette étude a analysé rétrospectivement 50 patients hospitalisés dans notre hôpital de janvier 2019 à octobre 2019, dont les symptômes, les signes, l'imagerie et les indicateurs d'infection répondaient aux critères diagnostiques d'une infection pulmonaire, tandis qu'une détection étiologique de routine des crachats et du liquide de lavage alvéolaire pulmonaire mNGS a été réalisée. .

Les données cliniques des patients concernés ont été collectées, notamment le sexe, l'âge, le statut tabagique, les manifestations cliniques, la durée du séjour avant la détection du mNGS, l'utilisation d'antibiotiques avant la détection du mNGS, les modifications d'imagerie, les examens de laboratoire et d'autres informations de base. Les résultats ont été collectés à partir du liquide de lavage alvéolaire (BALF), des crachats des participants à l'étude pour les tests pathogènes traditionnels (culture microbienne et techniques de détection des acides nucléiques par PCR) et des tests mNGS. Le taux positif de détection d'agents pathogènes et la cohérence des résultats de détection des deux méthodes de détection ont été comparés.