MNGS:n arvo keuhkoinfektion diagnosoinnissa

Keuhkotulehdus on yleinen hengitystieinfektio, joka voi johtaa useisiin komplikaatioihin ja jota pidetään maailmanlaajuisesti tärkeimpänä tartuntatautina korkean sairastuvuuden ja kuolleisuuden vuoksi. Yhden tai useamman patogeenin, kuten bakteerien, virusten, sienten ja loisten, aiheuttamat keuhkoinfektiot eivät ole kliinisesti helposti erotettavissa, ja ne ovat 10 suurimman kuolinsyyn joukossa maailmanlaajuisesti. Siksi keuhkotulehduspotilaiden infektiosyyn varhainen ja tarkka tunnistaminen on erittäin tärkeää myöhemmän hoidon ja ennusteen parantamisen kannalta. Tällä hetkellä tärkeimmät perinteiset keuhkoinfektioiden diagnostiset menetelmät ovat mikrobiviljelmä, antigeenien ja vasta-aineiden havaitseminen sekä PCR-nukleiinihappodetektiotekniikka. Vaikka mikrobiviljelmä on kultainen standardi mikrobien tunnistamisessa, joidenkin virusten ja loisten havaitseminen kestää kauan. Antigeenin ja vasta-aineen havaitsemisen herkkyys on huono. PCR-nukleiinihappotunnistusmenetelmällä on korkea herkkyys ja spesifisyys, mutta se ei pysty havaitsemaan kaikkia keuhkoinfektioita aiheuttavia taudinaiheuttajia. Siksi on välttämätöntä kehittää nopea, kätevä ja herkkä uusi tunnistustekniikka keuhkoinfektion patogeenin havaitsemiseksi. seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) etuna ei ole oletuksia eikä riippuvuutta viljelystä, ja se voi havaita kaikki patogeenit kliinisistä näytteistä ilman harhaa, ja sitä on käytetty laajalti useissa tartuntataudeissa. Tässä tutkimuksessa kerättiin perustiedot potilaista, joilla epäillään keuhkoinfektiota klinikalla, ja suoritettiin mNGS-detektio ja rutiinipatogeenien havaitseminen eri näytteillä alveolaarisesta huuhtelunesteestä (BALF) ja yskösestä, jotta voidaan arvioida mNGS-havainnon ja rutiininomaisen havaitsemisen johdonmukaisuutta. positiivisen taudinaiheuttajan havaitsemisnopeus sekä mNGS-tunnistuksen kliininen käyttöarvo.

Tässä tutkimuksessa analysoitiin retrospektiivisesti 50 sairaalassamme ollut potilasta tammikuusta 2019 lokakuuhun 2019, joiden oireet, merkit, kuvantaminen ja infektio-indikaattorit täyttivät keuhkoinfektion diagnostiset kriteerit, samalla kun suoritettiin ysköksen ja keuhkorakkuloiden huuhtelunesteen mNGS:n rutiinietiologinen toteaminen. .

Asiaankuuluvista potilaista kerättiin kliinisiä tietoja, mukaan lukien sukupuoli, ikä, tupakointitila, kliiniset oireet, oleskelun kesto ennen mNGS:n havaitsemista, antibioottien käyttö ennen mNGS:n havaitsemista, kuvantamismuutokset, laboratoriotutkimukset ja muut perustiedot. Tulokset kerättiin tutkimukseen osallistujien alveolaarisesta huuhtelunesteestä (BALF), ysköksestä perinteisiä patogeenitestejä varten (mikrobiviljely- ja PCR-nukleiinihappojen havaitsemistekniikat) ja mNGS-testejä. Patogeenien havaitsemisen positiivista määrää ja havaitsemistulosten johdonmukaisuutta verrattiin molemmilla havainnointimenetelmillä.