Analyse protéomique d'implants uniques récemment restaurés

Population étudiée Au total, 10 non-fumeurs en bonne santé systémique, préalablement traités pour une maladie parodontale et ayant reçu un traitement implantaire, ont été recrutés entre décembre 2018 et novembre 2019. Chaque sujet a contribué avec un implant vissé nouvellement restauré 2 à 4 semaines après la mise en charge fonctionnelle (ligne de base, T0) et a été suivi de près pendant 12 mois (T1). Tous les implants de l'étude étaient à plateforme commutée (ø4,1. Straumann® Bone Level) et ont été installés selon un protocole de mise en place chirurgicale en deux étapes. Une dent controlatérale dans la même mâchoire, mais sur le quadrant opposé, a servi de contrôle. La pose de l'implant a été planifiée sur la base d'évaluations cliniques et par tomographie informatisée à faisceau conique et a été réalisée à l'aide d'un guide prothétique. Les implants ont été immergés et exposés 6 mois plus tard lorsqu'un pilier de cicatrisation a été ajusté sur la fixation suivi d'une couronne vissée 1 mois plus tard. Les critères d'exclusion incluaient un âge de moins de 18 ans, <18 dents (à l'exclusion des troisièmes molaires), une maladie parodontale non traitée, une parodontite de stade III-IV, des signes de péri-implantite (Berglundh et al, 2018) sur d'autres sites d'implantation, une pathologie importante des tissus mous. , caries carieuses non traitées (cinq ou plus), maladies systémiques nécessitant la prise de médicaments, conditions médicales contre-indiquant la pose d'implants chirurgicaux, médicaments interférant avec le métabolisme osseux, la grossesse ou l'allaitement, dimensions inadéquates de la crête alvéolaire ou de l'os greffé au moment de la chirurgie. site et extraction dentaire 3 mois avant l'étude, tabagisme.

Évaluations cliniques Les indices cliniques spécifiques au site et à la bouche entière ont été évalués à T0 et T1. Les instructions d'hygiène bucco-dentaire à l'aide d'une brosse à dents manuelle et la technique Bass modifiée ont été réitérées à quatre moments au cours de la période d'étude de 12 mois (T0, 3, 6 mois et T1). Une prophylaxie comprenant un débridement supragingival par ultrasons et un polissage avec une cupule en caoutchouc a été réalisée aux mêmes moments. En détail, les indices cliniques spécifiques au site suivants sondant la profondeur de la poche (PPD), les niveaux d'attachement clinique (CAL), la récession (REC), l'indice gingival modifié (MGI) (plage de scores de 0 à 4) (Lobene et al. 1986), L'indice de plaque dentaire modifié (mPI)1 (plage de scores : 0 à 3) et l'indice de saignement du sillon modifié (mBI)1 (plage de scores : 0 à 3) ont été déterminés au niveau du site buccal mésial de l'implant d'étude de la même manière que le PPD. , CAL, REC, MGI, indice de plaque (PI)2 (plage de scores : 0-3) et indice de saignement du sillon (SBI)3 (plage de scores : 0-5) au site de la dent témoin. La largeur des tissus kératinisés (KTW) a été déterminée au niveau de la face médiane de la dent test-implant/témoin. De plus, sur une base buccale complète, la PPD, la CAL et la plaque dentaire supragingivale (PI) dichotomique (O'Leary et al., 1972) ainsi que les saignements au sondage (BOP) (Ainamo et al., 1975) ont été enregistrés sur six sites par dent/implant présent dans la bouche. Les indices cliniques parodontaux ont été déterminés à l'aide d'une sonde parodontale manuelle (PCP-UNC 15 ; Hu-Friedy XP-23/QW, Hu-Friedy, Chicago, IL, USA) au millimètre près.

Examen radiographique Le logiciel VixWin™ Platinum Gendex (Hatfield, PA, USA) a évalué de manière linéaire la distance entre la plate-forme implantaire et la crête osseuse (I-BC) parallèlement à l'axe long de la fixation implantaire à T0 et T1 sur le numérique intra-oral. radiographies. Des radiographies numériques périapicales (RadioVisioGraphy ; Trophy Radiology S.A., Paris, France) ont été obtenues en utilisant la technique de mise en parallèle des cônes longs à une distance de 10 cm entre la tête de radiographie et le capteur numérique.

Collecte d'échantillons de liquide creviculaire péri-implantaire (PICF) a été collecté à partir du site mésial-buccal de l'implant d'étude nouvellement restauré, tandis que le liquide creviculaire gingival (GCF) a été collecté à partir du site mésial-buccal d'une dent de contrôle controlatérale à T0. et T1. Avant la collecte PICF/GCF, les surfaces étaient doucement séchées à l’air et isolées de la salive en plaçant des rouleaux de coton et en utilisant un éjecteur de salive. Ensuite, la plaque supragingivale a été soigneusement éliminée à l'aide de curettes stériles et des bandes de papier (Periopaper, OraFlow Inc., Smithtown, NY, USA) ont été doucement placées dans la face mésiale du sillon péri-implantaire/gingival jusqu'à ce qu'une légère résistance soit ressentie et maintenue pendant 30 minutes. seconde. Des précautions ont été prises pour éviter tout traumatisme mécanique lors de la mise en place des bandelettes et les bandelettes contaminées par du sang ont été jetées. Les bandelettes ont été stockées dans des tubes Eppendorf (Eppendorf, Hambourg, Allemagne) à -80 °C jusqu'à un traitement ultérieur.

Analyse protéomique d'échantillons de liquide creviculaire (PICF/GCF) Les échantillons PICF et GCF collectés sur les sites d'implants d'étude (n = 10) et les sites dentaires témoins (n ​​= 10), respectivement à T0 et T1, ont été regroupés et utilisés pour l'analyse protéomique. . En bref, 20 µg de protéines totales par échantillon regroupé ont été réduits, alkylés, trypsinisés et purifiés avec une digestion de protéines assistée par préparation d'échantillon améliorée en phase solide (SP3) dans un seul pot à l'aide du SP3-iST de PreOmics (PreOmics GmbH) suivant le protocole de fabrication pour l’extraction et la digestion des protéines. Ces extraits ont été concentrés à l'aide d'un Speedvac (Thermo Savant SPD121P, Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) et conservés à -20 ° C jusqu'à leur utilisation ultérieure.

Les échantillons digérés ont d'abord été reconstitués avec 30 µL d'acétonitrile à 3 % (ACN) dans 0,1 % d'acide formique, puis soumis au spectromètre de masse Fusion Orbitrap Lumos (Thermo Fisher Scientific) interfacé à un système HPLC Easy nano-flow (Thermo Fisher Scientific) pour la protéomique. analyse. Au cours de l’analyse protéomique, un gradient à trois lignes d’acétonitrile et d’eau a été utilisé avec 0,1 % d’acide formique à un débit de 300 nL/minute. Le gradient a progressé de 2% à 30% d'acétonitrile en 60 minutes, puis de 30% à 97% d'acétonitrile en 10 minutes, et enfin s'est maintenu à 97% d'acétonitrile pendant 10 minutes. Le spectromètre de masse a été configuré pour fonctionner en fonction des données, en basculant automatiquement entre MS et MS/MS à l'aide du progiciel Xcalibur de Thermo Fisher Scientific. Une plage de masse de 300 à 1 500 m/z a été sélectionnée pour l’analyseur Orbitrap.

Les données MS acquises ont été traitées à l'aide de Mascot (version 2.4.1, Matrix Science) par rapport à une base de données interne contenant 10 125 458 entrées, qui comprenaient des protéines humaines (consultées le 22 février 2022 depuis Uniprot) et bactériennes (consultées le 22 février 2022 depuis eHOMD), des contaminants courants dans la SEP et des séquences inverses pour estimer la taux de fausses découvertes. Au cours de l’analyse protéomique, la tolérance aux ions précurseurs et la tolérance aux ions fragments ont été fixées respectivement à 10 ppm et ± 0,6 Da. Jusqu'à deux clivages manqués par peptide ont été autorisés pour la digestion tryptique. La modification de carbamidométhylation sur la cystéine a été sélectionnée comme modification fixe, tandis que la désamidation de l'asparagine et de la glutamine et l'oxydation de la méthionine ont été choisies comme paramètres de modification variables.

Les rapports de spectre des résultats de recherche ont été générés à l'aide du logiciel Scaffold (version 4.2.1, logiciel Proteome) et des protéines avec FDR à 1 %, au moins 2 peptides uniques identifiés, car le peptide FDR à 0,1 % ont été utilisés pour l'analyse de l'abondance relative des protéines. Les changements de facteur d'intensité d'abondance ont été calculés sur la base de la valeur de changement de facteur log2 (FC) entre des paires de points temporels consécutifs à l'aide du logiciel R (R: A Language and Environment for Statistical Computing, R Development Core Team). Les protéines avec un log2FC ≥ 1 du nombre de spectres uniques entre deux conditions ou exclusivement identifiées dans une condition ont été considérées comme réglementées.

Analyse bioinformatique des protéines régulées Les protéines régulées ont subi une analyse de surreprésentation (ORA) par rapport à la base de données Hallmark à l'aide de l'outil en ligne WebGestalt. L'analyse, réalisée le 25 mars 2022, visait à comparer la régulation des protéines dans les dents et les implants entre les conditions T0 et T1. De même, le 29 mars 2022, l’analyse a examiné la régulation des protéines dans les dents et les implants dans les conditions T0 ou T1. Les 10 meilleurs résultats enrichis, classés par valeur p à l'aide de la distribution hypergéométrique, ont été rapportés. Cependant, seules les voies ayant une valeur p < 0,05 ont été considérées comme réglementées.