Contribution de la cartographie génomique optique (OGM) dans le diagnostic des malformations congénitales multiples avec ou sans déficience intellectuelle sans anomalie génétique (CARTOGEN-N)

Flux de travail de l'étude

Phase pré-analytique

La participation à l'étude sera proposée à tous les patients répondant aux critères d'inclusion et de non-inclusion par un investigateur du service de génétique, lors d'une consultation médicale au cours de laquelle le résultat non contributif du séquençage du génome entier (SGE) aura été communiqué (Figure 1). Les informations concernant les procédures et les objectifs de l'étude seront fournies à ce moment-là. La fiche d'information et le formulaire de consentement seront remis au patient (s'il est adulte) ou aux titulaires de l'autorité parentale (si le patient est mineur). Après obtention du consentement pour les investigations génétiques et la participation au projet de recherche, le patient pourra être inclus dans l'étude. Les échantillons sanguins nécessaires à l'étude seront prélevés, transférés au laboratoire et sécurisés pour analyse selon le protocole suivant :

Patient > 20 kg :

2 × 5 mL de tubes de sang EDTA

1. × 5 mL de tube de sang hépariné

   Patient 12-20 kg :

2. × 5 mL de tubes de sang EDTA

Patient 5-12 kg :

1 × 5 mL de tube de sang EDTA

Les échantillons seront envoyés au service de cytogénétique, où ils seront pseudonymisés et sécurisés. Au moins trois aliquotes de 1,5 mL de sang EDTA et le volume restant seront congelés à -80 °C pour l'extraction d'ADN et l'extraction d'ADN de longs fragments. Une culture cellulaire (lymphocytes sanguins périphériques) sera également réalisée pour obtenir un culot chromosomique fixé à partir du tube hépariné, lorsqu'il sera disponible. Si l'échantillon hépariné n'est pas disponible et que les résultats de la cartographie optique du génome nécessitent la confirmation d'une anomalie chromosomique par caryotype ou FISH (c'est-à-dire un résultat contributif), un second prélèvement sanguin sera proposé lors de la consultation de restitution des résultats cliniques.

Analyse Les échantillons congelés du service de cytogénétique du CHU de Clermont-Ferrand (un par patient) seront transférés via TSE au service de génétique du CHU de Reims, désigné pour réaliser la cartographie optique du génome en attendant l'installation du scanner Saphyr au CHU de Clermont-Ferrand (candidature DAN 2025).

L'extraction, le marquage et l'imagerie des longues molécules d'ADN seront réalisés à l'aide des kits du fabricant, en suivant les instructions fournies.

Résultats et Interprétation

Les données brutes seront analysées et validées par les cytogénéticiens du CHU de Reims à l'aide des logiciels Bionano Access et Solve®. Les données seront également partagées de manière sécurisée avec le chef de projet, responsable de :

Réaliser une deuxième analyse indépendante (avec Bionano Access et Solve, disponibles dans le service de cytogénétique), en s'appuyant sur l'expertise acquise grâce à la participation à des projets antérieurs.

Fournir l'interprétation finale des résultats et diffuser les résultats cliniquement pertinents pour la prise en charge du patient.

Chaque échantillon bénéficiera donc d'une double revue et d'une double expertise, garantissant la fiabilité des résultats.

Des études de ségrégation parentale pourront être proposées pour faciliter l'interprétation biologique. Si nécessaire, la collecte d'échantillons parentaux et les procédures de consentement seront coordonnées par le service de génétique médicale du CHU de Clermont-Ferrand. Les résultats concluants seront communiqués au clinicien ayant prescrit le SGE pour la prise en charge du patient et le conseil génétique.