Optisk genomkartläggnings (OGM) bidrag till diagnosen av flera medfödda missbildningar med eller utan intellektuell funktionsnedsättning utan genetisk abnormitet (CARTOGEN-N)

Studiearbetsflöde

Pre-analytisk fas

Deltagande i studien kommer att erbjudas till alla patienter som uppfyller inklusions- och icke-inklusionskriterierna av en forskare från Genetikavdelningen, under ett medicinskt konsultation där det icke-bidragande helgenomsekvenseringsresultatet (WGS) kommer att ha kommunicerats (Figur 1). Information om studieprocedurerna och målen kommer att tillhandahållas vid den tidpunkten. Informationsbladet och samtyckesformuläret kommer att ges till patienten (om vuxen) eller till vårdnadshavare (om patienten är minderårig). Efter att ha erhållit samtycke för både de genetiska undersökningarna och deltagande i forskningsprojektet, kan patienten registreras i studien. Blodprover som krävs för studien kommer att samlas in, överföras till laboratoriet och säkras för analys enligt följande protokoll:

Patient > 20 kg:

2 × 5 mL EDTA-blodrör

1. × 5 mL hepariniserat blodrör

   Patient 12-20 kg:

2. × 5 mL EDTA-blodrör

Patient 5-12 kg:

1 × 5 mL EDTA-blodrör

Proverna kommer att skickas till Cytogenetikavdelningen, där de kommer att pseudonymiseras och säkras. Minst tre aliquot på 1,5 mL EDTA-blod och den återstående volymen kommer att frysas vid -80 °C för DNA-extraktion och extraktion av långa DNA-fragment. En cellodling (perifera blodlymfocyter) kommer också att utföras för att erhålla en fixerad kromosompellet från det hepariniserade röret, när tillgängligt. Om det hepariniserade provet inte är tillgängligt och resultaten av optisk genomkartläggning kräver bekräftelse av en kromosomal abnormalitet genom karyotyp eller FISH (dvs. bidragande resultat), kommer ett andra blodprov att föreslås under konsultationen för återkoppling av kliniska resultat.

Analys Frysta prover från Cytogenetikavdelningen vid Clermont-Ferrand Universitetssjukhus (ett per patient) kommer att överföras via TSE till Genetikavdelningen vid Reims Universitetssjukhus, utsedd att utföra optisk genomkartläggning medan installationen av Saphyr-skannern vid Clermont-Ferrand Universitetssjukhus väntar (DAN 2025 ansökan).

Extraktion, märkning och avbildning av långa DNA-molekyler kommer att utföras med tillverkarens kit, enligt de tillhandahållna instruktionerna.

Resultat och tolkning

Rådata kommer att analyseras och valideras av cytogenetiker vid Reims Universitetssjukhus med Bionano Access och Solve®-programvara. Data kommer också att säkert delas med projektledaren, ansvarig för:

Genomföra en andra oberoende analys (med Bionano Access och Solve, tillgänglig i Cytogenetikavdelningen), utnyttja expertis förvärvad genom deltagande i tidigare projekt.

Tillhandahålla slutlig tolkning av resultaten och sprida kliniskt relevanta fynd för patienthantering.

Varje prov kommer därför att dra nytta av dubbel granskning och dubbel expertis, vilket säkerställer resultatens tillförlitlighet.

Föräldrasegregeringsstudier kan föreslås för att underlätta biologisk tolkning. Om nödvändigt kommer insamling av föräldraprover och samtyckeprocedurer att samordnas av Medicinsk genetikavdelning vid Clermont-Ferrand Universitetssjukhus. Slutgiltiga resultat kommer att kommuniceras till den kliniker som ordinerade WGS för patienthantering och genetisk rådgivning.