Bidrag fra optisk genomkartlegging (OGM) i diagnostisering av multiple medfødte misdannelser med eller uten intellektuell funksjonshemming uten genetisk abnormitet (CARTOGEN-N)

Studiearbeidsflyt

Preanalytisk fase

Deltakelse i studien vil bli tilbudt alle pasienter som oppfyller inklusjons- og ikke-inklusionskriteriene av en forsker fra Avdeling for genetikk, under en medisinsk konsultasjon der det ikke-bidragende hele-genom-sekvenseringsresultatet (WGS) vil ha blitt kommunisert (Figur 1). Informasjon om studieprosedyrer og mål vil bli gitt på det tidspunktet. Informasjonsarket og samtykkeskjemaet vil bli gitt til pasienten (hvis voksen) eller til foresatte (hvis pasienten er mindreårig). Etter å ha innhentet samtykke for både genetiske undersøkelser og deltakelse i forskningsprosjektet, kan pasienten bli inkludert i studien. Blodprøver som kreves for studien vil bli samlet, overført til laboratoriet og sikret for analyse i henhold til følgende protokoll:

Pasient > 20 kg:

2 × 5 mL EDTA-blodrør

1. × 5 mL hepariniserte blodrør

   Pasient 12–20 kg:

2. × 5 mL EDTA-blodrør

Pasient 5–12 kg:

1 × 5 mL EDTA-blodrør

Prøver vil bli sendt til Cytogenetikkavdelingen, der de vil bli pseudonymisert og sikret. Minst tre aliquoter på 1,5 mL EDTA-blod og den gjenværende volumet vil bli frosset ved –80 °C for DNA-ekstraksjon og langfragment-DNA-ekstraksjon. En cellekultur (perifere blodlymfocytter) vil også bli utført for å få en fast kromosompellett fra det hepariniserte røret, når tilgjengelig. Hvis den hepariniserte prøven ikke er tilgjengelig og resultatene fra optisk genomkartlegging krever bekreftelse av en kromosomavvik ved karyotype eller FISH (dvs. bidragende resultat), vil en andre blodprøvetaking bli foreslått under klinisk resultattilbakeføringskonsultasjon.

Analyse Frosne prøver fra Cytogenetikkavdelingen ved Clermont-Ferrand universitetssykehus (én per pasient) vil bli overført via TSE til Avdeling for genetikk ved Reims universitetssykehus, utpekt til å utføre optisk genomkartlegging mens man venter på installasjon av Saphyr-skanneren ved Clermont-Ferrand universitetssykehus (DAN 2025-søknad).

Ekstraksjon, merking og avbildning av lange DNA-molekyler vil bli utført ved hjelp av produsentens kit, i henhold til de gitte instruksjonene.

Resultater og tolkning

Rådata vil bli analysert og validert av cytogenetikere ved Reims universitetssykehus ved hjelp av Bionano Access og Solve®-programvare. Data vil også bli sikkert delt med prosjektlederen, som er ansvarlig for:

Utføre en andre uavhengig analyse (med Bionano Access og Solve, tilgjengelig i Cytogenetikkavdelingen), og utnytte ekspertise oppnådd gjennom deltakelse i tidligere prosjekter.

Gi endelig tolkning av resultater og formidle klinisk relevante funn for pasienthåndtering.

Hver prøve vil derfor dra nytte av dobbeltgjennomgang og dobbelt ekspertise, noe som sikrer resultatenes pålitelighet.

Foreldresegregeringsstudier kan bli foreslått for å lette biologisk tolkning. Ved behov vil innsamling av foreldreprøver og samtykkeprosedyrer bli koordinert av Avdeling for medisinsk genetikk ved Clermont-Ferrand universitetssykehus. Konkluderende resultater vil bli kommunisert til klinikeren som foreskrev WGS for pasienthåndtering og genetisk veiledning.