Wkład mapowania genomu optycznego (OGM) w diagnozowanie mnogich wad wrodzonych z lub bez niepełnosprawności intelektualnej bez nieprawidłowości genetycznej (CARTOGEN-N)

Przebieg badania

Faza przedanalityczna

Udział w badaniu zostanie zaoferowany wszystkim pacjentom spełniającym kryteria włączenia i niewłączenia przez badacza z Zakładu Genetyki, podczas konsultacji medycznej, w której zostanie przekazany wynik niekonkluzywnego sekwencjonowania całego genomu (WGS) (Rysunek 1). Informacje dotyczące procedur i celów badania zostaną przekazane w tym czasie. Karta informacyjna i formularz zgody zostaną wręczone pacjentowi (jeśli jest dorosły) lub opiekunom prawnym (jeśli pacjent jest małoletni). Po uzyskaniu zgody zarówno na badania genetyczne, jak i udział w projekcie badawczym, pacjent może zostać włączony do badania. Próbki krwi wymagane do badania zostaną pobrane, przekazane do laboratorium i zabezpieczone do analizy zgodnie z następującym protokołem:

Pacjent > 20 kg:

2 × 5 ml probówek z krwią EDTA

1. × 5 ml probówka z krwią heparynowaną

   Pacjent 12–20 kg:

2. × 5 ml probówek z krwią EDTA

Pacjent 5–12 kg:

1 × 5 ml probówka z krwią EDTA

Próbki zostaną wysłane do Zakładu Cytogenetyki, gdzie zostaną pseudonimizowane i zabezpieczone. Co najmniej trzy alikwoty po 1,5 ml krwi EDTA oraz pozostała objętość zostaną zamrożone w temperaturze -80°C w celu ekstrakcji DNA i ekstrakcji długich fragmentów DNA. Wykonana zostanie również hodowla komórkowa (limfocyty krwi obwodowej) w celu uzyskania utrwalonego pelletu chromosomowego z probówki heparynowanej, jeśli będzie dostępna. Jeśli próbka heparynowana nie będzie dostępna, a wyniki optycznego mapowania genomu wymagają potwierdzenia nieprawidłowości chromosomalnej za pomocą kariotypu lub FISH (tj. wynik konkluzywny), podczas konsultacji zwrotnej wyników klinicznych zaproponowane zostanie drugie pobranie krwi.

Analiza Zamrożone próbki z Zakładu Cytogenetyki Szpitala Uniwersyteckiego w Clermont-Ferrand (jedna na pacjenta) zostaną przekazane za pośrednictwem TSE do Zakładu Genetyki Szpitala Uniwersyteckiego w Reims, wyznaczonego do wykonania optycznego mapowania genomu w oczekiwaniu na instalację skanera Saphyr w Szpitalu Uniwersyteckim w Clermont-Ferrand (wniosek DAN 2025).

Ekstrakcja, znakowanie i obrazowanie długich cząsteczek DNA zostaną wykonane przy użyciu zestawów producenta, zgodnie z dostarczonymi instrukcjami.

Wyniki i interpretacja

Surowe dane zostaną przeanalizowane i zweryfikowane przez cytogenetyków ze Szpitala Uniwersyteckiego w Reims przy użyciu oprogramowania Bionano Access i Solve®. Dane zostaną również bezpiecznie udostępnione kierownikowi projektu, odpowiedzialnemu za:

Przeprowadzenie drugiej niezależnej analizy (z wykorzystaniem Bionano Access i Solve, dostępnych w Zakładzie Cytogenetyki), wykorzystując doświadczenie zdobyte dzięki udziałowi w poprzednich projektach.

Dostarczenie ostatecznej interpretacji wyników i rozpowszechnienie klinicznie istotnych ustaleń dla postępowania z pacjentem.

Każda próbka skorzysta zatem z podwójnego przeglądu i podwójnej ekspertyzy, zapewniając wiarygodność wyników.

Badania segregacji rodzicielskiej mogą zostać zaproponowane w celu ułatwienia interpretacji biologicznej. W razie potrzeby pobranie próbek od rodziców i procedury uzyskiwania zgody będą koordynowane przez Zakład Genetyki Medycznej Szpitala Uniwersyteckiego w Clermont-Ferrand. Końcowe wyniki zostaną przekazane lekarzowi, który zlecił WGS, w celu postępowania z pacjentem i poradnictwa genetycznego.