유전적 이상 없이 지적 장애 유무와 함께 다발성 선천성 기형 진단에서 광학 유전체 매핑(OGM)의 기여 (CARTOGEN-N)
CARTOGEN-N_전체 유전체 시퀀싱으로 검출되지 않은 유전적 이상이 있거나 없는 다중 선천성 기형 및 지적 장애 진단에서 광학 유전체 매핑(OGM)의 기여
선천성 기형은 하나 이상의 시스템(심장, 골격, 신경 등)에 영향을 미치는 배아 또는 태아 발달 장애(DD)로 인해 발생합니다. 이러한 경우를 다중 선천성 이상(MCAs)이라고 합니다. 이들은 지적 장애(ID)와 관련될 수 있습니다1.
염색체 마이크로어레이 분석(CMA) 및 유전자 패널 또는 엑솜 시퀀싱은 각각 DD의 염색체 및 분자 진단을 위한 표준 방법입니다2. 이러한 일차 검사 후에도 진단이 확립되지 않는 경우, Plan France Medicine Genomic 2020-2025(AURAGEN)을 통한 단일 판독 전체 유전체 시퀀싱(WGS)을 고려할 수 있습니다. 이 접근법은 DD 환자의 거의 40%에서 진단을 가능하게 합니다3,4. 그러나 많은 환자가 진단 교착 상태에 머물러 있으며, 이는 이러한 방법의 기술적 한계 때문일 가능성이 높습니다. 이러한 한계는 광학 유전체 매핑(OGM)과 같은 새로운 방법론으로 극복될 수 있습니다5,6,7,8,9. 연구자들은 불명확한 WGS 결과를 보인 MCA+/-ID 환자 30명에게 OGM을 체계적으로 수행할 것을 제안합니다10.
주요 목표는 이러한 임상 상황에서 WGS로 감지되지 않거나 잘 특성화되지 않은 구조적 변이를 식별하는 데 OGM의 기여도를 평가하는 것입니다. 이 연구는 또한 일상 진단에서 OGM의 지속적인 발전에 기여하고, MCA+/-ID의 전반적인 유전자 진단에서 그 역할을 결정하는 데 도움이 될 것입니다. 또한 새로운 후보 유전자 및/또는 병원성 메커니즘을 식별하는 데 이어질 수 있습니다. 결과가 유망하다면, 추가적인 임상 연구가 이 예비 작업을 대규모 프로젝트로 확장할 수 있습니다. DD의 유전자 진단 개선은 현재 진단 교착 상태에 있는 환자와 그 가족의 의료 관리를 향상시켜야 합니다.
연구 개요
상세 설명
연구 진행 과정
분석 전 단계
포함 및 비포함 기준을 충족하는 모든 환자에게, 유전학과 연구자가 비기여성 전장유전체 시퀀싱(WGS) 결과가 전달되는 진료 상담 중에 연구 참여를 제안할 것입니다(그림 1). 연구 절차와 목적에 대한 정보는 그때 제공될 것입니다. 정보 안내서와 동의서는 환자(성인인 경우) 또는 친권자(환자가 미성년자인 경우)에게 제공될 것입니다. 유전학적 검사와 연구 프로젝트 참여에 대한 동의를 얻은 후, 환자는 연구에 등록될 수 있습니다. 연구에 필요한 혈액 샘플은 다음 프로토콜에 따라 채취, 실험실로 이송, 분석을 위해 보관됩니다:
체중 20kg 초과 환자:
EDTA 혈액 튜브 2×5mL
헤파린 처리 혈액 튜브 ×5mL
체중 12-20kg 환자:
- EDTA 혈액 튜브 ×5mL
체중 5-12kg 환자:
EDTA 혈액 튜브 1×5mL
샘플은 세포유전학과로 보내져 익명화 처리되고 안전하게 보관될 것입니다. 최소 1.5mL EDTA 혈액 3알리쿼트와 남은 부피는 DNA 추출 및 장편 DNA 추출을 위해 -80°C에서 동결됩니다. 헤파린 처리 튜브가 이용 가능한 경우, 고정된 염색체 펠릿을 얻기 위해 세포 배양(말초혈액 림프구)도 수행될 것입니다. 헤파린 처리 샘플을 이용할 수 없고 광학 유전체 매핑 결과가 핵형 또는 FISH에 의한 염색체 이상 확인(즉, 기여성 결과)을 필요로 하는 경우, 임상 결과 회신 상담 중 두 번째 채혈이 제안될 것입니다.
분석 클레르몽페랑 대학병원 세포유전학과의 동결 샘플(환자당 1개)은 TSE를 통해 랭스 대학병원 유전학과로 이송되어, 클레르몽페랑 대학병원에 Saphyr 스캐너 설치를 기다리는 동안(2025년 DAN 신청) 광학 유전체 매핑을 수행하도록 지정됩니다.
장편 DNA 분자의 추출, 라벨링 및 이미징은 제공된 지침에 따라 제조사의 키트를 사용하여 수행됩니다.
결과 및 해석
원시 데이터는 랭스 대학병원 세포유전학자들이 Bionano Access 및 Solve® 소프트웨어를 사용하여 분석하고 검증할 것입니다. 데이터는 또한 프로젝트 리더와 안전하게 공유되어 다음을 담당합니다:
이전 프로젝트 참여를 통해 습득한 전문성을 활용하여 두 번째 독립적 분석 수행(세포유전학과에서 이용 가능한 Bionano Access 및 Solve 사용).
결과의 최종 해석 제공 및 환자 관리를 위한 임상적으로 관련된 발견 전파.
따라서 각 샘플은 이중 검토와 이중 전문성의 혜택을 받아 결과의 신뢰성을 보장할 것입니다.
생물학적 해석을 용이하게 하기 위해 부모 분리 연구가 제안될 수 있습니다. 필요한 경우, 부모 샘플 수집 및 동의 절차는 클레르몽페랑 대학병원 의학유전학과가 조정할 것입니다. 결론적인 결과는 환자 관리와 유전 상담을 위해 WGS를 처방한 임상의에게 전달될 것입니다.
연구 유형
등록 (추정된)
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: LISE LACLAUTRE
- 전화번호: +33473754963
- 이메일: promo_interne_drci@chu-clermontferrand.fr
연구 장소
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Clermont-Ferrand, 프랑스
- 모병
- Chu Clermont-Ferrand
-
연락하다:
- LISE LACLAUTRE
- 전화번호: +33473754963
- 이메일: promo_interne_drci@chu-clermontferrand.fr
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수석 연구원:
- Céline PEBREL-RICHARD
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
설명
포함 기준
- 선천적 이상이 적어도 두 가지 이상 있고, 지적 장애 유무와 관계없이 체중이 5kg 이상인 환자.
- AURAGEN 실험실에서 수행한 전장 유전체 시퀀싱이 비기여적(클래스 4 또는 5 변이 부재, 또는 VUS 확인, 또는 열성 장애 상황에서 단 하나의 변이만 확인된 경우)으로 판정된 경우.
- 사회 보장 제도를 보장받는 환자.
- 연구 참여를 이해하고 반대할 수 있는 환자.
- 연구에 대한 명확하고 공정한 정보 제공 후, 환자 또는 법정 대리인(미성년자의 경우)이 서명한 유전자 분석에 대한 서면 동의서.
비포함 기준
- 비유전적 원인(감염성, 환경적, 또는 독성)이 이전에 확인된 환자.
- 준수 가능한 샘플을 얻을 수 없는 경우.
- 후견 또는 법적 보호를 받는 환자 또는 친권자, 자유가 박탈된 자, 또는 법원 명령에 따른 보호를 받는 자.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 해당 없음
- 중재 모델: 단일 그룹 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
|---|---|
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실험적: 선천성 기형을 가진 환자의 단일 군
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환자 및/또는 법정 대리인의 동의를 얻은 후 혈액 샘플을 채취합니다. 환자의 체중에 따라 필요한 튜브 수(1~3개)가 결정되며, 이는 구조적 변이를 확인한 경우 광학 게놈 매핑 및 필요한 확인 분석을 수행하기 위한 목적입니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
|---|---|---|
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전장유전체 시퀀싱(WGS)이 진단에 도움이 되지 않는 경우, 지적 장애 유무에 관계없이 다발성 선천성 이상에서 광학적 유전체 매핑(OGM)의 진단 수율
기간: 1일차 (포함 기준 및 혈액 수집)
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전체 유전체 시퀀싱(WGS)이 기여하지 않는 경우(원인 유전적 변이의 부재 또는 불확실한 중요성 변이(VUS)의 검출 또는 열성 장애에서 단일 변이), 다중 선천성 이상(지적 장애 유무에 관계없이)에서 광학 유전체 매핑(OGM)의 진단 수율 평가.
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1일차 (포함 기준 및 혈액 수집)
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
|---|---|---|
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VUS(의미 불명/미지의 변이)로 초기 간주된 재분류 변이 수
기간: 1일차 (선별 및 혈액 채취)
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처음에 VUS(불확실/미지의 중요성을 가진 변이체)로 분류된 변이체 중 양성 또는 병원성 변이체로 재분류된 변이체의 수 평가
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1일차 (선별 및 혈액 채취)
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새로운 후보 유전자/병원성 기전이 확인된 환자 수
기간: 1일차 (포함 기준 및 혈액 채취)
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1일차 (포함 기준 및 혈액 채취)
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1차, 2차(염색체 마이크로어레이, 엑솜 시퀀싱 등 정기적인 검사 후) 또는 3차(비기여적 전체 게놈 시퀀싱의 경우)에서 여러 기준을 기반으로 한 현재 실무에서의 기술의 실행 가능성(기간) 평가
기간: 1일차 (선별 및 혈액 수집)
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기술 지속 시간 평가 (시간)
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1일차 (선별 및 혈액 수집)
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1차 치료, 2차 치료(염색체 마이크로어레이, 엑솜 시퀀싱 등의 일반적인 검사 후), 또는 비기여적 전체 게놈 시퀀싱(WGS)의 경우 3차 치료에서 현재 진료에서의 기술(실패) 실행 가능성 평가
기간: 1일차 (포함 및 혈액 채취)
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실패율
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1일차 (포함 및 혈액 채취)
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1차, 2차(염색체 마이크로어레이, 엑솜 시퀀싱 등의 일반 검사 후), 또는 3차(비기여적 전장유전체 시퀀싱의 경우)에서 현재 실무에서의 기술(재처리)의 실행 가능성을 여러 기준에 기반하여 평가
기간: 1일차 (등록 및 혈액 채취)
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재처리율 번호
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1일차 (등록 및 혈액 채취)
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현재 진료에서 1차, 2차(염색체 마이크로어레이, 엑솜 시퀀싱 등 일상적인 검사 후) 또는 비기여적 전체 게놈 시퀀싱의 경우 3차로의 기술(해석) 실행 가능성 평가를 여러 기준에 기반하여
기간: 1일차 (등록 및 혈액 채집)
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생물학적 해석 시간 평가(시간)
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1일차 (등록 및 혈액 채집)
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이 새로운 기술들을 사용하는 것이 환자 관리에 미치는 영향을 평가하십시오.
기간: 1일차 (선별 및 채혈)
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OGM 결과로 인해 임상 관리가 변경된 환자의 비율.
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1일차 (선별 및 채혈)
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 연구 의자: Lise Laclautre, University Hospital, Clermont-Ferrand
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (추정된)
연구 완료 (추정된)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- AOI 2024 PEBREL-RICHARD
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약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
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혈액 샘플에 대한 임상 시험
-
Haydarpasa Numune Training and Research Hospital완전한
-
University Hospital, Rouen모병
-
The University of QueenslandBecton, Dickinson and Company모병
-
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