Contribuição do Mapeamento Ótico do Genoma (OGM) no Diagnóstico de Múltiplas Malformações Congénitas Com ou Sem Deficiência Intelectual Sem Anomalia Genética (CARTOGEN-N)

Fluxo de Trabalho do Estudo

Fase Pré-analítica

A participação no estudo será oferecida a todos os pacientes que cumpram os critérios de inclusão e não inclusão por um investigador do Departamento de Genética, durante uma consulta médica em que o resultado não contributivo do sequenciamento completo do genoma (WGS) terá sido comunicado (Figura 1). As informações relativas aos procedimentos e objetivos do estudo serão fornecidas nessa altura. A folha de informações e o formulário de consentimento serão entregues ao paciente (se maior de idade) ou aos titulares da autoridade parental (se o paciente for menor). Após a obtenção do consentimento para as investigações genéticas e para a participação no projeto de investigação, o paciente poderá ser incluído no estudo. As amostras de sangue necessárias para o estudo serão recolhidas, transferidas para o laboratório e asseguradas para análise de acordo com o seguinte protocolo:

Paciente > 20 kg:

2 × 5 mL tubos de sangue EDTA

1. × 5 mL tubo de sangue heparinizado

   Paciente 12-20 kg:

2. × 5 mL tubos de sangue EDTA

Paciente 5-12 kg:

1 × 5 mL tubo de sangue EDTA

As amostras serão enviadas para o Departamento de Citogenética, onde serão pseudonimizadas e asseguradas. Pelo menos três alíquotas de 1,5 mL de sangue EDTA e o volume restante serão congelados a -80 °C para extração de DNA e extração de DNA de fragmentos longos. Uma cultura celular (linfócitos do sangue periférico) também será realizada para obter um pellet cromossómico fixo a partir do tubo heparinizado, quando disponível. Se a amostra heparinizada não estiver disponível e os resultados do mapeamento óptico do genoma exigirem confirmação de uma anormalidade cromossómica por cariótipo ou FISH (ou seja, resultado contributivo), será proposta uma segunda colheita de sangue durante a consulta de devolução dos resultados clínicos.

Análise As amostras congeladas do Departamento de Citogenética do Hospital Universitário de Clermont-Ferrand (uma por paciente) serão transferidas via TSE para o Departamento de Genética do Hospital Universitário de Reims, designado para realizar o mapeamento óptico do genoma enquanto aguarda a instalação do scanner Saphyr no Hospital Universitário de Clermont-Ferrand (candidatura DAN 2025).

A extração, rotulagem e imagem das moléculas de DNA longas serão realizadas utilizando os kits do fabricante, seguindo as instruções fornecidas.

Resultados e Interpretação

Os dados brutos serão analisados e validados por citogeneticistas do Hospital Universitário de Reims utilizando o software Bionano Access e Solve®. Os dados também serão partilhados de forma segura com o líder do projeto, responsável por:

Realizar uma segunda análise independente (com Bionano Access e Solve, disponível no Departamento de Citogenética), aproveitando a experiência adquirida através da participação em projetos anteriores.

Fornecer a interpretação final dos resultados e disseminar os achados clinicamente relevantes para o manejo do paciente.

Cada amostra beneficiará, portanto, de dupla revisão e dupla perícia, garantindo a fiabilidade dos resultados.

Estudos de segregação parental podem ser propostos para facilitar a interpretação biológica. Se necessário, a recolha de amostras parentais e os procedimentos de consentimento serão coordenados pelo Departamento de Genética Médica do Hospital Universitário de Clermont-Ferrand. Os resultados conclusivos serão comunicados ao clínico que prescreveu o WGS para o manejo do paciente e aconselhamento genético.