Вклад оптического картирования генома (ОКГ) в диагностику множественных врожденных пороков развития с интеллектуальной недостаточностью или без нее при отсутствии генетических аномалий (CARTOGEN-N)

Рабочий процесс исследования

Преаналитическая фаза

Участие в исследовании будет предложено всем пациентам, соответствующим критериям включения и невключения, исследователем из отделения генетики во время медицинской консультации, на которой будет сообщен результат непоказательного полногеномного секвенирования (WGS) (Рисунок 1). Информация о процедурах и целях исследования будет предоставлена в это время. Информационный лист и форма согласия будут выданы пациенту (если он взрослый) или законным представителям (если пациент несовершеннолетний). После получения согласия как на генетические исследования, так и на участие в исследовательском проекте, пациент может быть включен в исследование. Образцы крови, необходимые для исследования, будут собраны, переданы в лабораторию и подготовлены для анализа в соответствии со следующим протоколом:

Пациент > 20 кг:

2 × 5 мл пробирки с кровью с ЭДТА

1. × 5 мл пробирка с гепаринизированной кровью

   Пациент 12-20 кг:

2. × 5 мл пробирки с кровью с ЭДТА

Пациент 5-12 кг:

1 × 5 мл пробирка с кровью с ЭДТА

Образцы будут отправлены в отделение цитогенетики, где они будут псевдонимизированы и подготовлены. По крайней мере три аликвоты по 1,5 мл крови с ЭДТА и оставшийся объем будут заморожены при -80 °C для экстракции ДНК и экстракции длиннофрагментной ДНК. Также будет проведено культивирование клеток (лимфоциты периферической крови) для получения фиксированного хромосомного препарата из гепаринизированной пробирки, если она доступна. Если гепаринизированный образец недоступен и результаты оптического картирования генома требуют подтверждения хромосомной аномалии с помощью кариотипа или FISH (т.е. показательного результата), будет предложен повторный забор крови во время консультации по возврату клинических результатов.

Анализ Замороженные образцы из отделения цитогенетики Университетской больницы Клермон-Феррана (по одному на пациента) будут переданы через TSE в отделение генетики Университетской больницы Реймса, назначенное для выполнения оптического картирования генома в ожидании установки сканера Saphyr в Университетской больнице Клермон-Феррана (заявка DAN 2025).

Экстракция, мечение и визуализация длинных молекул ДНК будут выполнены с использованием наборов производителя в соответствии с предоставленными инструкциями.

Результаты и интерпретация

Необработанные данные будут проанализированы и валидированы цитогенетиками Университетской больницы Реймса с использованием программного обеспечения Bionano Access и Solve®. Данные также будут безопасно переданы руководителю проекта, ответственному за:

Проведение второго независимого анализа (с помощью Bionano Access и Solve, доступных в отделении цитогенетики), используя опыт, полученный в ходе участия в предыдущих проектах.

Предоставление окончательной интерпретации результатов и распространение клинически значимых данных для ведения пациента.

Таким образом, каждый образец получит двойную проверку и двойную экспертизу, что обеспечит надежность результатов.

Для облегчения биологической интерпретации могут быть предложены исследования сегрегации у родителей. При необходимости сбор образцов родителей и процедуры получения согласия будут координироваться отделением медицинской генетики Университетской больницы Клермон-Феррана. Заключительные результаты будут сообщены клиницисту, назначившему WGS, для ведения пациента и генетического консультирования.