Contribución del Mapeo Genómico Óptico (OGM) en el Diagnóstico de Múltiples Malformaciones Congénitas Con o Sin Discapacidad Intelectual Sin Anomalía Genética (CARTOGEN-N)

Flujo de trabajo del estudio

Fase preanalítica

La participación en el estudio se ofrecerá a todos los pacientes que cumplan los criterios de inclusión y no inclusión por parte de un investigador del Departamento de Genética, durante una consulta médica en la que se habrá comunicado el resultado no contributivo de la secuenciación del genoma completo (WGS) (Figura 1). En ese momento se proporcionará información sobre los procedimientos y objetivos del estudio. La hoja de información y el formulario de consentimiento se entregarán al paciente (si es adulto) o a los titulares de la autoridad parental (si el paciente es menor de edad). Tras obtener el consentimiento tanto para las investigaciones genéticas como para la participación en el proyecto de investigación, el paciente podrá ser inscrito en el estudio. Las muestras de sangre necesarias para el estudio se recolectarán, transferirán al laboratorio y se asegurarán para su análisis según el siguiente protocolo:

Paciente > 20 kg:

2 × 5 mL tubos de sangre con EDTA

1. × 5 mL tubo de sangre heparinizada

   Paciente 12-20 kg:

2. × 5 mL tubos de sangre con EDTA

Paciente 5-12 kg:

1 × 5 mL tubo de sangre con EDTA

Las muestras se enviarán al Departamento de Citogenética, donde se pseudonimizarán y asegurarán. Se congelarán al menos tres alícuotas de 1,5 mL de sangre con EDTA y el volumen restante a -80 °C para la extracción de ADN y la extracción de ADN de fragmentos largos. También se realizará un cultivo celular (linfocitos de sangre periférica) para obtener un pellet cromosómico fijo a partir del tubo heparinizado, cuando esté disponible. Si la muestra heparinizada no está disponible y los resultados del mapeo óptico del genoma requieren confirmación de una anomalía cromosómica mediante cariotipo o FISH (es decir, resultado contributivo), se propondrá una segunda extracción de sangre durante la consulta de devolución de resultados clínicos.

Análisis Las muestras congeladas del Departamento de Citogenética del Hospital Universitario de Clermont-Ferrand (una por paciente) se transferirán vía TSE al Departamento de Genética del Hospital Universitario de Reims, designado para realizar el mapeo óptico del genoma mientras se espera la instalación del escáner Saphyr en el Hospital Universitario de Clermont-Ferrand (solicitud DAN 2025).

La extracción, etiquetado e imagen de moléculas largas de ADN se realizarán utilizando los kits del fabricante, siguiendo las instrucciones proporcionadas.

Resultados e Interpretación

Los datos brutos serán analizados y validados por citogenetistas del Hospital Universitario de Reims utilizando el software Bionano Access y Solve®. Los datos también se compartirán de forma segura con el líder del proyecto, responsable de:

Realizar un segundo análisis independiente (con Bionano Access y Solve, disponible en el Departamento de Citogenética), aprovechando la experiencia adquirida a través de la participación en proyectos anteriores.

Proporcionar la interpretación final de los resultados y difundir los hallazgos clínicamente relevantes para el manejo del paciente.

Cada muestra se beneficiará, por tanto, de una doble revisión y doble experiencia, garantizando la fiabilidad de los resultados.

Se pueden proponer estudios de segregación parental para facilitar la interpretación biológica. Si es necesario, la recolección de muestras parentales y los procedimientos de consentimiento serán coordinados por el Departamento de Genética Médica del Hospital Universitario de Clermont-Ferrand. Los resultados concluyentes se comunicarán al clínico que prescribió la WGS para el manejo del paciente y el asesoramiento genético.