Optisen genomin kartoituksen (OGM) osuus monisyntyisten epämuodostumien diagnosoinnissa, joihin liittyy tai ei liity älyllistä kehitysvammaa ilman geneettistä poikkeavuutta (CARTOGEN-N)

Tutkimuksen työnkulku

Esianalyyttinen vaihe

Kaikille potilaille, jotka täyttävät sisällytys- ja poisjättökriteerit, tarjotaan osallistumista tutkimukseen genetiikan osaston tutkijan toimesta lääkärin vastaanoton yhteydessä, jolloin ei-tuloksekas koko-genomin sekvensointi (WGS) -tulos on kerrottu (kuva 1). Tutkimusmenettelyistä ja -tavoitteista annetaan tietoa tuolloin. Tietosivu ja suostumuslomake annetaan potilaalle (jos täysi-ikäinen) tai huoltajille (jos potilas on alaikäinen). Saatuaan suostumuksen sekä geneettisiin tutkimuksiin että osallistumiseen tutkimushankkeeseen potilas voidaan ottaa mukaan tutkimukseen. Tutkimukseen tarvittavat verinäytteet kerätään, siirretään laboratorioon ja turvataan analyysiä varten seuraavan protokollan mukaisesti:

Potilas > 20 kg:

2 × 5 ml EDTA-veriputkea

1. × 5 ml hepariinisidottua veriputkea

   Potilas 12–20 kg:

2. × 5 ml EDTA-veriputkea

Potilas 5–12 kg:

1 × 5 ml EDTA-veriputkea

Näytteet lähetetään sytogenetiikan osastolle, jossa ne pseudonymisoidaan ja turvataan. Vähintään kolme 1,5 ml EDTA-veriälyöntiä ja jäljellä oleva tilavuus jäädytetään –80 °C:ssa DNA-uurteita ja pitkien fragmenttien DNA-uurteita varten. Myös soluviljely (perifeeriset verilymfosyytit) suoritetaan hepariinisidotusta putkesta saatavan kiinteän kromosomipelletin saamiseksi, mikäli saatavilla. Jos hepariininäytettä ei ole saatavilla ja optisen genomin kartoituksen tulokset vaativat kromosomipoikkeavuuden vahvistamista karyotyypillä tai FISH:llä (eli tuloksekas tulos), toinen verinäytteenotto ehdotetaan kliinisten tulosten palautuskäynnin yhteydessä.

Analyysi Jäädytetyt näytteet Clermont-Ferrandin yliopistosairaalan sytogenetiikan osastolta (yksi per potilas) siirretään TSE:n kautta Reimsin yliopistosairaalan genetiikan osastolle, joka on määrätty suorittamaan optinen genomin kartoitus odotellessa Saphyr-skannerin asennusta Clermont-Ferrandin yliopistosairaalaan (DAN 2025 -hakemus).

Pitkien DNA-molekyylien uutto, merkintä ja kuvantaminen suoritetaan valmistajan sarjoilla annettujen ohjeiden mukaisesti.

Tulokset ja tulkinta

Raakadata analysoidaan ja vahvistetaan Reimsin yliopistosairaalan sytogenetikoilla Bionano Access- ja Solve®-ohjelmistoilla. Data myös jaetaan turvallisesti hankkeen vetäjälle, joka vastaa:

Toisen riippumattoman analyysin suorittamisesta (Bionano Access- ja Solve-ohjelmistoilla, saatavilla sytogenetiikan osastolla), hyödyntäen aikaisemmissa hankkeissa hankittua asiantuntemusta.

Lopputulosten lopullisen tulkinnan antamisesta ja kliinisesti merkityksellisten löydösten levittämisestä potilaan hoidon kannalta.

Jokainen näyte saa siten hyötyä kaksoisarvioinnista ja kaksoisasiantuntemuksesta, varmistaen tulosten luotettavuuden.

Vanhempien segregointitutkimuksia voidaan ehdotaa biologisen tulkinnan helpottamiseksi. Tarvittaessa vanhempien näytteiden keräämisen ja suostumusmenettelyjen koordinointi hoidetaan Clermont-Ferrandin yliopistosairaalan lääketieteellisen genetiikan osaston kautta. Päätelmälliset tulokset välitetään WGS:n määränneelle lääkärille potilaan hoidon ja geneettisen neuvonnan tarpeisiin.