Contributo del Mappaggio Ottico del Genoma (OGM) nella Diagnosi di Malformazioni Congenite Multiple Con o Senza Disabilità Intellettiva Senza Anomalia Genetica (CARTOGEN-N)

Flusso di Lavoro dello Studio

Fase Pre-analitica

La partecipazione allo studio sarà proposta a tutti i pazienti che soddisfano i criteri di inclusione e non inclusione da un investigatore del Dipartimento di Genetica, durante una consultazione medica in cui sarà stato comunicato il risultato non contributivo del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) (Figura 1). Le informazioni riguardanti le procedure e gli obiettivi dello studio saranno fornite in quel momento. Il foglio informativo e il modulo di consenso saranno consegnati al paziente (se adulto) o ai titolari dell'autorità genitoriale (se il paziente è minorenne). Dopo aver ottenuto il consenso sia per le indagini genetiche che per la partecipazione al progetto di ricerca, il paziente potrà essere arruolato nello studio. I campioni di sangue necessari per lo studio saranno raccolti, trasferiti in laboratorio e conservati per l'analisi secondo il seguente protocollo:

Paziente > 20 kg:

2 × 5 mL provette di sangue con EDTA

1. × 5 mL provetta di sangue eparinizzato

   Paziente 12-20 kg:

2. × 5 mL provette di sangue con EDTA

Paziente 5-12 kg:

1 × 5 mL provetta di sangue con EDTA

I campioni saranno inviati al Dipartimento di Citogenetica, dove saranno pseudonimizzati e conservati. Almeno tre aliquote da 1,5 mL di sangue con EDTA e il volume rimanente saranno congelate a -80 °C per l'estrazione del DNA e l'estrazione del DNA a frammenti lunghi. Sarà anche eseguita una coltura cellulare (linfociti del sangue periferico) per ottenere un pellet cromosomico fissato dalla provetta eparinizzata, quando disponibile. Se il campione eparinizzato non è disponibile e i risultati della mappatura ottica del genoma richiedono la conferma di un'anomalia cromosomica mediante cariotipo o FISH (cioè, risultato contributivo), sarà proposta una seconda prelievo di sangue durante la consultazione di restituzione dei risultati clinici.

Analisi I campioni congelati del Dipartimento di Citogenetica dell'Ospedale Universitario di Clermont-Ferrand (uno per paziente) saranno trasferiti via TSE al Dipartimento di Genetica dell'Ospedale Universitario di Reims, designato per eseguire la mappatura ottica del genoma in attesa dell'installazione dello scanner Saphyr all'Ospedale Universitario di Clermont-Ferrand (domanda DAN 2025).

L'estrazione, la marcatura e l'imaging delle molecole di DNA lunghe saranno eseguite utilizzando i kit del produttore, seguendo le istruzioni fornite.

Risultati e Interpretazione

I dati grezzi saranno analizzati e validati dai citogenetisti dell'Ospedale Universitario di Reims utilizzando i software Bionano Access e Solve®. I dati saranno anche condivisi in modo sicuro con il responsabile del progetto, incaricato di:

Eseguire una seconda analisi indipendente (con Bionano Access e Solve, disponibili nel Dipartimento di Citogenetica), sfruttando l'esperienza acquisita attraverso la partecipazione a progetti precedenti.

Fornire l'interpretazione finale dei risultati e diffondere i risultati clinicamente rilevanti per la gestione del paziente.

Ogni campione beneficerà quindi di una doppia revisione e doppia competenza, garantendo l'affidabilità dei risultati.

Studi di segregazione parentale possono essere proposti per facilitare l'interpretazione biologica. Se necessario, la raccolta dei campioni parentali e le procedure di consenso saranno coordinate dal Dipartimento di Genetica Medica dell'Ospedale Universitario di Clermont-Ferrand. I risultati conclusivi saranno comunicati al clinico che ha prescritto il WGS per la gestione del paziente e la consulenza genetica.