Příspěvek optického mapování genomu (OGM) k diagnostice mnohočetných vrozených malformací s nebo bez mentálního postižení bez genetické abnormality (CARTOGEN-N)

Pracovní postup studie

Předanalytická fáze

Účast ve studii bude nabídnuta všem pacientům splňujícím inkluzní a neinkluzní kritéria výzkumníkem z Oddělení genetiky během lékařské konzultace, na které bude sdělen neprůkazný výsledek sekvenování celého genomu (WGS) (Obrázek 1). Informace týkající se postupů a cílů studie budou poskytnuty v té době. Informační list a formulář souhlasu budou předány pacientovi (pokud je dospělý) nebo držitelům rodičovské zodpovědnosti (pokud je pacient nezletilý). Po získání souhlasu jak pro genetická vyšetření, tak pro účast ve výzkumném projektu může být pacient zařazen do studie. Vzorky krve potřebné pro studii budou odebrány, převezeny do laboratoře a zabezpečeny pro analýzu podle následujícího protokolu:

Pacient > 20 kg:

2 × 5 ml zkumavky s krví s EDTA

1. × 5 ml zkumavka s heparinizovanou krví

   Pacient 12–20 kg:

2. × 5 ml zkumavky s krví s EDTA

Pacient 5–12 kg:

1 × 5 ml zkumavka s krví s EDTA

Vzorky budou odeslány na Oddělení cytogenetiky, kde budou pseudonymizovány a zabezpečeny. Nejméně tři alikvoty o objemu 1,5 ml krve s EDTA a zbývající objem budou zmraženy při -80 °C pro extrakci DNA a extrakci dlouhých fragmentů DNA. Bude také provedena buněčná kultura (lymfocyty periferní krve) pro získání fixovaného chromozomového pelletu z heparinizované zkumavky, pokud bude k dispozici. Pokud heparinizovaný vzorek není k dispozici a výsledky optického mapování genomu vyžadují potvrzení chromozomové abnormality karyotypem nebo FISH (tj. průkazný výsledek), bude během konzultace k vrácení klinických výsledků navrženo druhé odběr krve.

Analýza Zmražené vzorky z Oddělení cytogenetiky Univerzitní nemocnice Clermont-Ferrand (jeden na pacienta) budou převezeny přes TSE na Oddělení genetiky Univerzitní nemocnice Reims, určené k provedení optického mapování genomu v době čekání na instalaci skeneru Saphyr v Univerzitní nemocnici Clermont-Ferrand (žádost DAN 2025).

Extrakce, značení a zobrazování dlouhých molekul DNA bude provedeno pomocí souprav výrobce podle poskytnutých pokynů.

Výsledky a interpretace

Nezpracovaná data budou analyzována a validována cytogenetiky Univerzitní nemocnice Reims pomocí softwaru Bionano Access a Solve®. Data budou také bezpečně sdílena s vedoucím projektu, který je zodpovědný za:

Provedení druhé nezávislé analýzy (s Bionano Access a Solve, dostupnými na Oddělení cytogenetiky), využívající odborné znalosti získané účastí v předchozích projektech.

Poskytnutí konečné interpretace výsledků a šíření klinicky relevantních zjištění pro péči o pacienta.

Každý vzorek tak bude mít prospěch z dvojího přezkoumání a dvojí odbornosti, což zajistí spolehlivost výsledků.

Pro usnadnění biologické interpretace mohou být navrženy studie segregace rodičů. V případě potřeby bude odběr vzorků rodičů a postupy souhlasu koordinován Oddělením lékařské genetiky Univerzitní nemocnice Clermont-Ferrand. Závěrečné výsledky budou sděleny klinikovi, který předepsal WGS pro péči o pacienta a genetické poradenství.