Étude des facteurs influençant la dynamique de colonisation et de décolonisation du tube digestif par Clostridioides difficile chez les nourrissons (BBDIFF)

Clostridioides difficile (anciennement C. difficile) est une bactérie présente sous forme de spores (forme résistante) auxquelles les patients peuvent être exposés en milieu hospitalier. Une fois ingérée, la spore peut germer dans le tube digestif sous sa forme végétative (forme active de la bactérie) et prend alors l'apparence d'un bacille Gram positif qui colonise le microbiote digestif. Ce stade préliminaire de colonisation digestive par la bactérie est facilité par certains facteurs, notamment l'exposition aux antibiotiques, qui perturbent la composition du microbiote digestif (dysbiose) et facilitent ainsi l'installation de C. difficile après la suppression de l'effet barrière du microbiote digestif. Certaines souches (dites « toxinogènes ») sont alors capables de produire les principaux facteurs de virulence (toxines A (TcdA) et B (TcdB)), provoquant ainsi les principaux signes cliniques de l'infection digestive, en particulier chez les patients présentant des facteurs de risque d'infection à C. difficile (personnes âgées, cancer évolutif, immunodépression, etc.). Le traitement de l'ICD repose principalement sur l'administration orale d'antibiotiques anti-Clostridioides difficile tels que la Fidaxomicine (FDX) ou la Vancomycine (VAN) pendant une durée de 10 jours, selon les recommandations européennes de l'ESCMID et les recommandations américaines de l'IDSA. Malgré un traitement efficace, l'ICD se caractérise par un taux élevé de récidive pouvant atteindre 25 % des cas, avec des récidives multiples pouvant être particulièrement invalidantes pour les patients. L'effet de perturbation du microbiote intestinal (dysbiose) suite à l'exposition aux antibiotiques peut s'expliquer par plusieurs hypothèses non exclusives, telles que la disparition d'espèces bactériennes protectrices dans le microbiote intestinal ou, à l'inverse, l'apparition d'espèces bactériennes favorisant la colonisation de C. difficile.

L'hospitalisation, et plus généralement les soins de santé, ont souvent été identifiés comme un facteur de risque d'ICD. En effet, C. difficile est omniprésent dans l'environnement et contamine les produits alimentaires. Il reste difficile d'évaluer la fréquence de la contamination par l'ingestion d'aliments contaminés et la colonisation potentielle de l'hôte.

Seule la composition du microbiote intestinal semble être une piste intéressante à explorer, d'autant plus qu'elle évolue considérablement au cours de la première année de vie à mesure que des événements importants surviennent, notamment la diversification alimentaire avec l'introduction des premiers aliments solides.