Svelare il ruolo della famiglia proteica KCTD nella gestione clinica delle leucemie linfoblastiche acute infantili
Panoramica dello studio
Stato
Stato
Condizioni
Condizioni
Intervento / Trattamento
Intervento / Trattamento
Tipo di studio
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Iscrizione
Contatti e Sedi
Contatto studio
Contatto studio
- Nome: Laura Pierri, MSC
- Numero di telefono: 0812408470
- Email: direzionescientifica.irccssdn@synlab.it
Luoghi di studio
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Naples, Italia, 80143
- Reclutamento
- Irccs Synlab Sdn
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Contatto:
- Laura Pierri, MSC
- Numero di telefono: 0812408470
- Email: direzionescientifica.irccssdn@synlab.it
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Pazienti di età compresa tra 1 e 18 anni di entrambi i sessi con diagnosi di LLA-B e LLA-T;
- Pazienti che avranno firmato il consenso informato
Criteri di esclusione:
- Pazienti che rifiutano di partecipare allo studio;
- Pazienti che non rientrano nella fascia di età sopra indicata
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Numero di gruppi/coorti
Coorti e interventi
Gruppo / CoorteGruppo / Coorte |
Intervento / TrattamentoIntervento / Trattamento |
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Pazienti pediatrici con leucemia linfoblastica acuta
pazienti pediatrici di 1-16 anni affetti da leucemia linfoblastica acuta
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analisi di biomarcatori di interesse (DNA-RNA e proteine) in MNC purificati dal sangue dei soggetti
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soggetti sani
sangue del cordone ombelicale da donatori sani che non possono essere utilizzati per scopi clinici
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analisi di biomarcatori di interesse (DNA-RNA e proteine) in MNC purificati dal sangue dei soggetti
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Livelli di espressione di KCTD, mediante approccio RNAseq, in una coorte di pazienti affetti da LLA a cellule B e T rispetto ai controlli non affetti
Lasso di tempo: 1-12 mesi
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Durante questo progetto arruoliamo circa 15-20 pazienti con LLA-B e 3-6 pazienti con LLA-T. Gli esperimenti di RNAseq per l'analisi del trascrittoma saranno eseguiti su una coorte di studio di almeno 8 pazienti con LLA-B, 3-4 pazienti con LLA-T , e cellule B o T naive purificate dal sangue del cordone ombelicale come controllo corrispondente per B- e T-ALL.
Verranno utilizzati conteggi grezzi e applicato un approccio empirico di Bayes (DESeq2, pacchetto R).
I risultati includeranno, per ogni gene, variazione log-fold (log2), media base, p-value e p-value aggiustati (Benjamimi-Hochberg). L'output di DEgenes verrà esportato in un formato adatto al software di analisi del percorso IPA Ingenuity (Qiagen), per annotazioni geniche, analisi funzionale e previsione di biomarcatori.
Le proteine KCTD che saranno deregolamentate in B-ALL e T-ALL saranno studiate in dettaglio.
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1-12 mesi
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Convalida RT-PCR di KCTD deregolamentati e identificazione di possibili interattori di KCTD nella leucemia mediante approccio proteomico funzionale
Lasso di tempo: 13-24 mesi
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Dopo l'interpretazione dei dati del trascrittoma eseguiremo specifici esperimenti di validazione mediante pcr reat-time, westernblotting, citometria a flusso e microscopia.
In breve, l'RNA totale sarà purificato da circa 5e6 MNC totali e utilizzato per esperimenti di RT-PCR; Verranno prelevati strisci di midollo osseo per l'analisi in immunofluorescenza di KCTD deregolamentati; l'estratto proteico totale sarà ottenuto da almeno 1 e 6 MNC totali e conservato a -80°C fino al Western Blotting; infine, cellule mononucleate vive saranno trattate per la permeabilizzazione e l'immunocolorazione citoplasmatica dei KCTD di interesse.
Tutti gli esperimenti saranno messi a punto su sistemi modello umano in vitro B- e T-ALL e quindi eseguiti su pazienti e cellule di controllo.
Inoltre, per identificare possibili interattori delle proteine KCTDs utilizzeremo linee cellulari B-ALL e T-ALL per analisi di proteomica funzionale.
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13-24 mesi
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Correlazione dei dati clinici dei pazienti B-ALL con il livello di espressione di KCTD
Lasso di tempo: 25-36 mesi
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In primo luogo, valuteremo l'utilità delle proteine deregolate KCTD come nuovi marcatori di leucemia da testare mediante citometria a flusso clinica multiparametrica.
Un protocollo specifico è già stato messo a punto dal nostro gruppo di ricerca, ed è in grado di colorare gli antigeni citoplasmatici (come le proteine KCTD) con antigeni di superficie comunemente usati per lo studio dei compartimenti ematologici mediante citometria a flusso.
Questo approccio sarà utile soprattutto nel monitoraggio della risposta del paziente al trattamento e nel rilevamento della malattia minima residua.
Inoltre, essendo in grado di rilevare KCTD citoplasmatici in combinazione con antigeni di superficie, abbiamo pianificato di descrivere i livelli di espressione di KCTD in popolazioni cellulari multiple residenti nel midollo e nel sangue periferico. In secondo luogo, i dati complessivi ottenuti in questo studio saranno interpretati anche guardando il paziente cliniche con particolare riferimento alla risposta alla terapia, al rischio di recidiva e, quando possibile, alla resistenza alla terapia.
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25-36 mesi
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Sponsor
Collaboratori
Collaboratori
Studiare le date dei record
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
Inizio studio
Completamento primario (Effettivo)
Completamento primario
Completamento dello studio (Stimato)
Completamento dello studio
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
Primo Inserito
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
Ultimo aggiornamento pubblicato
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
Altri numeri di identificazione dello studio
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