Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Initiatief voor klinische langgelezen sequencing (IonGER)

22 september 2023 bijgewerkt door: University Hospital Tuebingen

Initiatief voor klinische long-read sequencing - Op weg naar implementatie van long-read genoomsequencing in routinematige diagnostiek

Het onderzoek heeft tot doel om op Long-read Genome sequencing (LR-GS) gebaseerde genetische tests uitgebreid te introduceren in de klinische routine. Om de superioriteit van ongerichte LR-GS boven Short-read Genome sequencing (SR-GS) aan te tonen om stevige genetische diagnoses te stellen, zullen de onderzoekers vertrouwen op een multi-center "Translate Nationale Aktionsbündnis für Menschen mit Seltenen Erkrankungen" (Translate National Aktionsbündnis für Menschen mit Seltenen Erkrankungen). Action Alliance for People with Rare Diseases Duitsland, TNAMSE) cohort van onopgeloste patiënten met neurologische, neurologische ontwikkelings- en imprinting-stoornissen die naar verwachting verrijkt zijn voor complexe genomische variatie. Binnen het raamwerk van genomDE zullen de onderzoekers vervolgens voor het eerst LR-GS implementeren in het diagnostische onderzoek van een prospectief cohort van patiënten met een breed scala aan klinische indicaties, waaronder zeldzame ziekten en predispositie voor kanker.

Studie Overzicht

Toestand

Nog niet aan het werven

Conditie

Interventie / Behandeling

Gedetailleerde beschrijving

Het voorgestelde onderzoek heeft tot doel een blauwdruk te ontwikkelen voor de implementatie van LR-GS in de klinische diagnostiek. Daarom zullen Standard Operating Procedures (SOP's) en richtlijnen voor bibliotheekvoorbereiding, bio-informatische analyse en klinische interpretatie worden opgesteld. Bovendien zijn de onderzoekers van plan een open source 'gouden standaard' bio-informaticapijplijn te ontwikkelen, die alle relevante soorten genomische veranderingen aanpakt, en zo de bio-informatische basis biedt voor een gestroomlijnde implementatie van LR-GS op andere locaties. Naast diepgaande fenotype-informatie zal de beschikbaarheid van SR-GS een belangrijke rol spelen bij het benchmarken van het vermogen om verschillende soorten genomische variatie te detecteren. Bijkomende relevante kwesties voor genetische tests, zoals het aanroepen van varianten in moeilijk in kaart te brengen genomische regio's, detectie van genomische methylatiepatronen, karakterisering van herhaalde expansie en gedupliceerde genen, en haplotype-gefaseerde genoom de novo-assemblage zullen worden aangepakt. Bovendien willen de onderzoekers, op basis van de sterke achtergrond in door kunstmatige intelligentie (AI) aangestuurde variantprioritering in het consortium, instrumenten implementeren en/of ontwikkelen die een efficiënte prioritering van ziekteveroorzakende varianten mogelijk maken. Naast het gebruik binnen de context van het voorgestelde onderzoek, zullen gegenereerde datasets beschikbaar worden gesteld volgens de Findable, Accessable, Interoperable and Reusable (FAIR) principes voor nationaal (Duits Human Genome-Phenome Archive, GHGA) en internationaal (European Genome-Phenome Archive). Archief, EGA, Genome-Phenome Analysis Platform, GPaP) gegevensopslagplaatsen. De onderzoekers streven ernaar een referentiedataset op populatieschaal voor structurele varianten (SV) op te stellen, wat absoluut verplicht is in de context van diagnostiek van zeldzame ziekten.

Studietype

Ingrijpend

Inschrijving (Geschat)

500

Fase

  • Niet toepasbaar

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studiecontact

Studie Contact Back-up

Studie Locaties

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

  • Kind
  • Volwassen
  • Oudere volwassene

Accepteert gezonde vrijwilligers

Nee

Beschrijving

Inclusiecriteria:

  • Onduidelijke moleculaire oorzaak van de ziekte (retrospectief cohort)
  • Indicatie voor genoomdiagnostiek (prospectief cohort; b.v. binnen het initiatief voor genomische geneeskunde (genomDE) op basis van §64e SGB V)
  • Vermoedelijke genetische oorzaak van de ziekte

Uitsluitingscriteria:

- Ontbrekende geïnformeerde toestemming van de patiënt of wettelijke voogd

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

  • Primair doel: Diagnostisch
  • Toewijzing: Niet-gerandomiseerd
  • Interventioneel model: Parallelle opdracht
  • Masker: Geen (open label)

Wapens en interventies

Deelnemersgroep / Arm
Interventie / Behandeling
Experimenteel: Retrospectief cohort
Onderwerpen met onduidelijke moleculaire oorzaak van de ziekte. De onderwerpen worden klinisch gekarakteriseerd in de context van poliklinische/intramurale standaardzorg in het Universitair Ziekenhuis Tübingen (UKT) of samenwerkende locaties.
Genetisch: Sequencing van de volgende generatie (NGS)
Sequentiebepaling van genomen (lang gelezen NGS)
Experimenteel: Toekomstig cohort
Personen met een indicatie voor genoomdiagnostiek (bijv. binnen het initiatief voor genomische geneeskunde (genomDE) gebaseerd op §64e Duitse Sociale Code (SGB) Vijfde Boek (V) (SGB V).
Genetisch: Sequencing van de volgende generatie (NGS)
Sequentiebepaling van genomen (lang gelezen NGS)

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Aantal patiënten met zeldzame ziekten (RD) of predispositiesyndromen voor kanker met bevestigde diagnose door LR-GS vergeleken met eerdere diagnostische methoden, waaronder SR-GS
Tijdsspanne: Dag 1
Een moleculaire diagnose wordt als bevestigd beschouwd wanneer waarschijnlijke pathogene of pathogene varianten worden geïdentificeerd volgens het American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). classificatie.
Dag 1

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

University Hospital Tuebingen

Medewerkers

Charite University, Berlin, Germany
RWTH Aachen University
Medical University of Hannover

Onderzoekers

  • Hoofdonderzoeker: Tobias Haack, Dr. med., University Hospital Tübingen

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Geschat)

1 december 2023

Primaire voltooiing (Geschat)

1 december 2025

Studie voltooiing (Geschat)

1 december 2026

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

13 september 2023

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

22 september 2023

Eerst geplaatst (Werkelijk)

29 september 2023

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Werkelijk)

29 september 2023

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

22 september 2023

Laatst geverifieerd

1 september 2023

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Trefwoorden

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

  • IonGER

Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)

Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?

JA

Beschrijving IPD-plan

Het IonGER-onderzoek zal gegevens op een gepseudonimiseerde manier leveren aan nationale en internationale databases die zijn opgezet om de diagnostische opbrengst te vergroten door middel van geavanceerde analysehulpmiddelen en matchmaking met andere cohorten

IPD-tijdsbestek voor delen

Gegevens komen na analyse en onbeperkt beschikbaar.

IPD delen Ondersteunend informatietype

  • ANALYTIC_CODE

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Abonneren