Iniziativa per il sequenziamento clinico a lunga lettura (IonGER)

Lo studio proposto mira a sviluppare un modello per l'implementazione di LR-GS nella diagnostica clinica. Pertanto verranno compilate procedure operative standard (SOP) e linee guida per la preparazione delle librerie, l'analisi bioinformatica e l'interpretazione clinica. Inoltre, i ricercatori intendono sviluppare una pipeline bioinformatica open source "gold standard", che affronti tutti i tipi rilevanti di alterazioni genomiche, fornendo così la base bioinformatica per un'implementazione semplificata di LR-GS in altri siti. Oltre alle informazioni approfondite sul fenotipo, la disponibilità di SR-GS sarà determinante per valutare la capacità di rilevare diversi tipi di variazione genomica. Verranno affrontate ulteriori questioni rilevanti per i test genetici, come l'identificazione delle varianti in regioni genomiche difficili da mappare, il rilevamento di modelli di metilazione genomica, la caratterizzazione dell'espansione ripetuta e dei geni duplicati e l'assemblaggio de novo del genoma in fase di aplotipo. Inoltre, sulla base della forte esperienza nel consorzio nella definizione delle priorità delle varianti guidata dall'intelligenza artificiale (AI), i ricercatori mirano a implementare e/o sviluppare strumenti che consentano un'efficiente definizione delle priorità delle varianti che causano malattie. Oltre all'utilizzo nel contesto dello studio proposto, i set di dati generati saranno resi disponibili secondo i principi Findable, Accessible, Interoperable and Reusable (FAIR) per scopi nazionali (Archivio tedesco del genoma e del fenomeno umano, GHGA) e internazionali (Archivio genoma-fenomico europeo Archive, EGA, Genome-Phenome Analysis Platform, GPaP). I ricercatori mirano a stabilire un set di dati di riferimento su scala di popolazione per le varianti strutturali (SV), che è assolutamente obbligatorio nel contesto della diagnostica delle malattie rare.