Polymorfismeinteraksjon for å forutsi effekt av bevacizumab (BEVAGENE)

Metastaserende brystkreftpasienter (MBC) fra åtte italienske avdelinger av Medical Oncology, med histologisk bekreftet HER2-negativ MBC, behandlet med en førstelinjebehandling inkludert bevacizumab 10 mg/m2 i.v. på dag 1 og 15 kombinert med førstelinje paklitaksel 90 mg/m2 i.v. på dag 1, 8 og 15, hver 4. uke, vil bli registrert for den nåværende farmakogenetiske studien. MBC-pasienter behandlet med førstelinjekjemoterapi inkludert paklitaksel uten bevacizumab vil også bli registrert som kontrollgruppe.

Steder for metastatisk sykdom vil bli re-evaluert radiologisk i henhold til Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) kriteriene 1.1, hos pasienter med målbar sykdom. Hos pasienter uten målbare lesjoner vil sykdomsprogresjon bli definert når nye lesjoner dukket opp eller når eksisterende lesjoner utviklet seg. På samme måte, i tilfelle av ikke-målbare lesjoner, vil forverring av klinisk tilstand som ikke skyldes behandlingstoksisitet, bli definert som progresjon av sykdom.

Progresjonsfri overlevelse (PFS) vil bli definert som tidsperioden fra begynnelsen av behandlingen til første observasjon av sykdomsprogresjon som beskrevet ovenfor, eller død av en hvilken som helst årsak. Alle pasienter vil bli vurdert for respons, PFS og total overlevelse. Hver pasient som deltar i studien vil signere det informerte samtykket. Protokollen er godkjent av etisk komité ved Azienda Ospedaliera-Universitaria Pisana, Pisa, Italia, (CESM 3077/2010).

Genotypingsanalyser Blodprøver (3 ml) vil bli samlet i etylendiamintetraeddiksyre (EDTA) rør og lagret ved -80°C. Gener og polymorfismer involvert i angiogenesebanen og allerede foreslått som prediktorer for bevacizumab-respons, vil bli valgt for de nåværende analysene. Germline DNA-ekstraksjon vil bli utført ved bruk av QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Valencia, California, USA). Allelisk diskriminering av gener vil bli utført ved bruk av et ABI PRISM 7900 SDS-instrument (Applied Biosystems, Carlsbad, California, USA) og med validerte TaqMan® SNP-genotypingsanalyser (Applied Biosystems). PCR-reaksjoner vil bli utført i henhold til produsentens protokoll. Genotyping vil ikke bli utført før et tilstrekkelig antall hendelser (>80 % av studiepopulasjonen) vil bli rapportert i form av PFS.

Statistisk analyse Det første målet med denne retrospektive analysen vil være å evaluere den mulige rollen til disse undersøkte genpolymorfismene for å forutsi bevacizumab-responsen i form av PFS. De sekundære endepunktene vil være korrelasjonene med total overlevelse (OS) og responsrate. Alle polymorfismer vil bli analysert for avvik fra Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) ved hjelp av sammenligning mellom observerte allelfordelinger med de som forventes fra HWE ved χ2-test. Enhver korrelasjon mellom genpolymorfismer og responsrate vil bli analysert med den tosidige Fisher's Exact Test. Sammenhengen mellom hver enkelt polymorfisme og de mest relevante klinisk-patologiske egenskapene med PFS vil bli testet ved hjelp av en Cox proporsjonal faremodell. Multifactor Dimensionality Reduction (MDR)-metoden vil bli brukt (ved å bruke versjon 2.0 beta 6 av MDR-programvare tilgjengelig på http://sourceforge.net/projects/mdr/) for å undersøke rollen til en interaksjon mellom genpolymorfismer i identifisering av biomarkører av paklitaksel pluss bevacizumab-respons.

Genotypekombinasjonen med den høyeste PFS-fordelen korrelert med en OS-forbedring vil bli valgt for videre analyser. Forskjellen i PFS mellom gunstige genetiske profiler og de ugunstige genetiske profilene vil bli vurdert med log-rank test og Kaplan-Meier metoden for å evaluere overlevelseskurver. En Cox proporsjonale faremodell, med mulige genetiske profiler og de kliniske og patologiske pasientkarakteristikkene individuelt korrelert med PFS, vil bli brukt for å beregne justert hazards ratio (HR) og 95 % konfidensintervall (95 % KI). En P-verdi på <0,05 vil bli akseptert som statistisk signifikant. Kaplan-Meier og Cox proporsjonale fareanalyser vil bli utført ved bruk av SPSS versjon 17.0 (SPSS, Chicago, IL).