Polymorfisminteraktion för att förutsäga bevacizumabs effekt (BEVAGENE)

Metastaserande bröstcancerpatienter (MBC) från åtta italienska avdelningar för medicinsk onkologi, med histologiskt bekräftad HER2-negativ MBC, behandlade med en förstahandsbehandling inklusive bevacizumab 10 mg/m2 i.v. på dag 1 och 15 kombinerat med första linjens paklitaxel 90 mg/m2 i.v. på dagarna 1, 8 och 15, var 4:e vecka, kommer att registreras för den aktuella farmakogenetiska studien. MBC-patienter som behandlas med en första linjens kemoterapi inklusive paklitaxel utan bevacizumab kommer också att inkluderas som kontrollgrupp.

Platser för metastaserande sjukdom kommer att omvärderas radiologiskt enligt kriteriet Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) 1.1, hos patienter med mätbar sjukdom. Hos patienter utan mätbara lesioner kommer sjukdomsprogression att definieras när nya lesioner uppträdde eller när befintliga lesioner utvecklades. På samma sätt, i fallet med icke mätbara lesioner, kommer försämring av kliniskt tillstånd som inte beror på behandlingstoxicitet att definieras som progression av sjukdom.

Progressionsfri överlevnad (PFS) kommer att definieras som tidsperioden från början av behandlingen till den första observationen av sjukdomsprogression enligt beskrivningen ovan, eller död av någon orsak. Alla patienter kommer att bedömas för svar, PFS och total överlevnad. Varje patient som deltar i studien kommer att underteckna det informerade samtycket. Protokollet har godkänts av etikkommittén vid Azienda Ospedaliera-Universitaria Pisana, Pisa, Italien, (CESM 3077/2010).

Genotypningsanalyser Blodprover (3 ml) kommer att samlas i etylendiamintetraättiksyra (EDTA)-rör och förvaras vid -80°C. Gener och polymorfismer involverade i angiogenesvägen och som redan föreslagits som prediktorer för bevacizumab-svar, kommer att väljas för föreliggande analyser. Germline DNA-extraktion kommer att utföras med QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Valencia, Kalifornien, USA). Allelisk diskriminering av gener kommer att utföras med hjälp av ett ABI PRISM 7900 SDS-instrument (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornien, USA) och med validerade TaqMan® SNP-genotypningsanalyser (Applied Biosystems). PCR-reaktioner kommer att utföras enligt tillverkarens protokoll. Genotypning kommer inte att utföras förrän ett tillräckligt antal händelser (>80 % av studiepopulationen) kommer att rapporteras i termer av PFS.

Statistisk analys Det första syftet med denna retrospektiva analys kommer att vara att utvärdera den möjliga rollen av dessa undersökta genpolymorfismer för att förutsäga bevacizumab-svaret i termer av PFS. De sekundära slutpunkterna kommer att vara korrelationerna med total överlevnad (OS) och svarsfrekvens. Alla polymorfismer kommer att analyseras med avseende på avvikelse från Hardy-Weinberg-jämvikten (HWE) genom jämförelse mellan observerade allelfördelningar med de som förväntas från HWE vid χ2-testet. Eventuell korrelation mellan genpolymorfismer och svarsfrekvens kommer att analyseras med det tvåsidiga Fisher's Exact Test. Sambandet mellan varje enskild polymorfism och de mest relevanta klinisk-patologiska egenskaperna med PFS kommer att testas med hjälp av en Cox proportional hazards-modell. Multifactor Dimensionality Reduction (MDR)-metoden kommer att tillämpas (med version 2.0 beta 6 av MDR-programvaran tillgänglig på http://sourceforge.net/projects/mdr/) för att undersöka rollen av en interaktion mellan genpolymorfismer för att identifiera biomarkörer för paklitaxel plus bevacizumab-svar.

Genotypkombinationen med den högsta PFS-fördelen korrelerad med en OS-förbättring kommer att väljas för ytterligare analyser. Skillnaden i PFS mellan gynnsamma genetiska profiler och de ogynnsamma genetiska profilerna kommer att bedömas med log-rank test och Kaplan-Meier metoden för att utvärdera överlevnadskurvor. En Cox proportional hazards-modell, med möjliga genetiska profiler och de kliniska och patologiska patientegenskaperna individuellt korrelerade med PFS, kommer att användas för att beräkna det justerade hazards ratio (HR) och 95% konfidensintervall (95% CI). Ett P-värde på <0,05 kommer att accepteras som statistiskt signifikant. Kaplan-Meier och Cox proportionella riskanalyser kommer att utföras med SPSS version 17.0 (SPSS, Chicago, IL).