Sirkulære og ikke-kodende RNA-er som klinisk nyttige biomarkører i bukspyttkjertel- og gallekreft (CIRCUS)

Dette første trinnet i dette prosjektet er et "oppdagelseseksperiment" for å beskrive ekspresjonsprofilene til 8 PDAC-vevsprøver sammenlignet med kontroller; med påfølgende validering av kandidat circRNAs:

8 parede prøver av PDAC-svulstvev og assosiert normalt bukspyttkjertelvev vil bli samlet inn ved operasjonstidspunktet (etter at bukspyttkjertelsvulsten er resekert). Ekspresjonsnivåene til circRNA-er vil bli profilert og de mest betydelig dysregulerte kandidat-circRNA-ene vil bli valgt (også tatt i betraktning andre datasett og gjeldende litteratur i denne beslutningen).

Det andre trinnet i dette prosjektet er en prospektiv ikke-intervensjonell observasjonskohortstudie for å undersøke disse kandidat-circRNA-ene videre:

Ekspresjonen av disse kandidat circRNAs ekspresjonsnivåer vil bli målt longitudinelt gjennom hele den kliniske tidslinjen til pasienter med PDAC i blodprøver; og i galle-, vevs- og biopsiprøver (når dette er trygt tilgjengelig etter klinisk prøvetaking og uten ytterligere undersøkelser). Dette vil bli sammenlignet med kontrollpasienter med benign gallesykdom og andre galleveiskreftformer. Disse kontrollene vil bare være tilgjengelige for blodprøver og, hvis de gjennomgår kolecystektomi, galle. Blodprøver vil bli tatt sammen med klinisk blod eller etter anestesi for kirurgiske inngrep, galle tas etter fjerning av galleblæren for gallesteinssykdom når dette er i overkant av kliniske krav.

Evnen til hver circRNAs som diagnostiske, prognostiske og prediktive biomarkører vil bli beskrevet og sammenlignet med CA 19-9 (den eneste biomarkøren som for tiden er allment akseptert i PDAC). Dette vil først bli vurdert i blodprøver og deretter andre pasientbiomaterialer.

Den siste delen av prosjektet vil være å foreta både datamaskin- og laboratorieevaluering av kandidat-circRNAs for å foreslå molekylære sammenhenger og hvordan dette kan forklares og assosiasjoner beskrevet.

En bioinformatisk gjennomgang vil gi muligheten til beregningsmessig å bestemme miRNA-bindende evner til kandidat circRNAs, og nedstrøms mRNA regulert. Genontologi og KEGG-baneanrikningsanalyser av de differensielt uttrykte genene vil tillate et globalt syn på transkriptomet under circRNA-regulering i PDAC.