Cirkulära och icke-kodande RNA som kliniskt användbara biomarkörer vid pankreaticobiliär cancer (CIRCUS)

Detta första steg i detta projekt är ett "upptäcktsexperiment" för att beskriva uttrycksprofilerna för 8 PDAC-vävnadsprover jämfört med kontroller; med efterföljande validering av kandidat circRNA:

8 parade prover av PDAC-tumörvävnad och tillhörande normal bukspottkörtelvävnad kommer att samlas in vid operationstillfället (efter att bukspottkörteltumören har resekerats). Expressionsnivåerna för circRNAs kommer att profileras och de mest signifikant oreglerade kandidat-circRNAs kommer att väljas (även med tanke på andra datamängder och den aktuella litteraturen i detta beslut).

Det andra steget i detta projekt är en prospektiv icke-interventionell observationskohortstudie för att undersöka dessa kandidatcirklar ytterligare:

Uttrycket av dessa kandidat circRNAs uttrycksnivåer kommer att mätas longitudinellt genom hela den kliniska tidslinjen för patienter med PDAC i blodprover; och i gall-, vävnads- och biopsiprover (när detta är säkert tillgängligt efter klinisk provtagning och utan ytterligare undersökningar). Detta kommer att jämföras med kontrollpatienter med benign gallvägssjukdom och andra gallvägscancer. Dessa kontroller skulle endast vara tillgängliga för blodprov och, om de genomgår kolecystektomi, galla. Blodprover kommer att tas tillsammans med kliniskt blod eller efter anestesi för kirurgiska ingrepp, galla tas efter avlägsnande av gallblåsan för gallstenssjukdom när detta överskrider de kliniska kraven.

Förmågan hos varje circRNAs som en diagnostisk, prognostisk och prediktiv biomarkör kommer att beskrivas och jämföras med CA 19-9 (den enda biomarkören som för närvarande är allmänt accepterad i PDAC). Detta kommer först att beaktas i blodprover och sedan andra patientbiomaterial.

Den sista delen av projektet kommer att vara att genomföra både dator- och laboratorieutvärdering av kandidat circRNAs för att föreslå dess molekylära samband och hur detta kan förklaras och samband beskrivas.

En bioinformatisk granskning kommer att ge möjligheten att beräkningsmässigt bestämma miRNA-bindningsförmågan hos kandidat circRNA och nedströms reglerade mRNA. Genontologi och KEGG-väganrikningsanalyser av de differentiellt uttryckta generna kommer att möjliggöra en global överblick av transkriptomet under circRNA-reglering i PDAC.