Cirkulære og ikke-kodende RNA'er som klinisk brugbare biomarkører i bugspytkirtel- og galdekræft (CIRCUS)

Dette første trin i dette projekt er et 'opdagelseseksperiment' til at beskrive ekspressionsprofilerne for 8 PDAC-vævsprøver sammenlignet med kontroller; med efterfølgende validering af kandidat circRNA'er:

8 parrede prøver af PDAC-tumorvæv og tilhørende normalt bugspytkirtelvæv vil blive indsamlet på operationstidspunktet (efter at bugspytkirteltumoren er resekeret). Ekspressionsniveauerne for circRNA'er vil blive profileret, og de mest signifikant dysregulerede kandidat-circRNA'er vil blive valgt (også i betragtning af andre datasæt og den aktuelle litteratur i denne beslutning).

Det andet trin i dette projekt er en prospektiv ikke-interventionel observationel kohorteundersøgelse for at undersøge disse kandidat circRNAs yderligere:

Ekspressionen af ​​disse kandidat circRNAs ekspressionsniveauer vil blive målt på langs gennem hele den kliniske tidslinje for patienter med PDAC i blodprøver; og i galde-, vævs- og biopsiprøver (når dette er sikkert tilgængeligt efter klinisk prøveudtagning og uden yderligere undersøgelser). Dette vil blive sammenlignet med kontrolpatienter med benign galdevejssygdom og andre galdevejskræftformer. Disse kontroller vil kun være tilgængelige for blodprøver og, hvis de gennemgår kolecystektomi, galde. Blodprøver vil blive taget sammen med klinisk blod eller efter anæstesi til kirurgiske indgreb, galde vil blive taget efter fjernelse af galdeblæren for galdestenssygdom, når dette er ud over de kliniske krav.

Evnen af ​​hvert circRNAs som en diagnostisk, prognostisk og prædiktiv biomarkør vil blive beskrevet og sammenlignet med CA 19-9 (den eneste biomarkør, der i øjeblikket er bredt accepteret i PDAC). Dette vil først blive overvejet i blodprøver og derefter andre patientbiomaterialer.

Den sidste del af projektet vil være at foretage både computer- og laboratorieevaluering af kandidat circRNA'er for at foreslå dets molekylære sammenhænge og hvordan dette kan forklares og sammenhænge beskrevet.

En bioinformatisk gennemgang vil give mulighed for beregningsmæssigt at bestemme miRNA-bindende evner af kandidat circRNA'er og de downstream regulerede mRNA'er. Gen-ontologi og KEGG pathway berigelse-analyser af de differentielt udtrykte gener vil tillade et globalt billede af transkriptomet under circRNA-regulering i PDAC.