CIRculaire en niet-coderende RNA's als klinisch bruikbare biomarkers bij pancreas- en galkanker (CIRCUS)

Deze eerste stap van dit project is een 'ontdekkingsexperiment' om de expressieprofielen van 8 PDAC-weefselmonsters te beschrijven in vergelijking met controles; met daaropvolgende validatie van kandidaat-circRNA's:

8 gepaarde monsters van PDAC-tumorweefsel en bijbehorend normaal pancreasweefsel zullen worden verzameld op het moment van de operatie (nadat de pancreastumor is gereseceerd). De expressieniveaus van circRNA's zullen worden geprofileerd en de meest significant ontregelde kandidaat-circRNA's zullen worden gekozen (ook rekening houdend met andere datasets en de huidige literatuur in deze beslissing).

De tweede stap van dit project is een prospectieve niet-interventionele observationele cohortstudie om deze kandidaat-circRNA's verder te onderzoeken:

De expressie van deze kandidaat-circRNA-expressieniveaus zal longitudinaal worden gemeten door de klinische tijdlijn van patiënten met PDAC in bloedmonsters; en in gal-, weefsel- en biopsiemonsters (wanneer dit veilig beschikbaar is na klinische bemonstering en zonder aanvullend onderzoek). Dit zal worden vergeleken met controlepatiënten met goedaardige galaandoeningen en andere galwegkankers. Deze controles zouden alleen beschikbaar zijn voor bloedonderzoek en, bij cholecystectomie, gal. Bloedonderzoek zal worden afgenomen naast klinisch bloed of na anesthesie voor chirurgische ingrepen, gal zal worden afgenomen na verwijdering van de galblaas voor galsteenziekte wanneer dit de klinische vereisten overschrijdt.

Het vermogen van elke circRNA's als diagnostische, prognostische en voorspellende biomarkers zal worden beschreven en vergeleken met CA 19-9 (de enige biomarker die momenteel algemeen wordt aanvaard in PDAC). Dit zal eerst worden overwogen in bloedmonsters en vervolgens in andere biomaterialen van de patiënt.

Het laatste deel van het project zal zijn om zowel computer- als laboratoriumevaluatie van kandidaat-circRNA's uit te voeren om de moleculaire relaties en hoe dit kan verklaren en beschreven associaties voor te stellen.

Een bioinformatische beoordeling zal de mogelijkheid bieden om computationeel de miRNA-bindende mogelijkheden van kandidaat-circRNA's en de gereguleerde stroomafwaartse mRNA's te bepalen. Gene-ontologie en KEGG-pathway-verrijkingsanalyses van de differentieel tot expressie gebrachte genen zullen een globaal beeld van het transcriptoom onder circRNA-regulatie in PDAC mogelijk maken.