NGS i galleblærenkreft og respons på behandling

Galleblærekarsinom (GBC) er den vanligste typen galleveiskarsinom og den tredje vanligste maligniteten i fordøyelseskanalen i India. GBC oppstår i sammenheng med kronisk betennelse og den vanligste kilden er kolesterol gallestein (hos mer enn 75 % av pasientene). Andre årsaker til kronisk betennelse inkluderer primær skleroserende kolangitt, ulcerøs kolitt, leverskader, kroniske Salmonella typhi og paratyphi-infeksjoner og Helicobacter-infeksjon. Mange andre faktorer er også identifisert som inntak av visse kjemikalier, eksponering gjennom vannforurensning, tungmetaller og strålingseksponering. Bare en liten brøkdel av GBC er assosiert med arvelige syndromer som Gardner syndrom, nevrofibromatose type I og arvelig ikke-polypose tykktarmskreft.

Av de multiple molekylære endringene som er observert i GBC, har det ennå ikke vært mulig å finne ut hvilke som er "driver"-genene eller kontrollerende for den neoplastiske prosessen og å skille dem fra "passasjer"-genene, de som hovedsakelig observeres i sporadiske ondartede svulster som GBC der epigenetiske endringer dominerer. De hyppigst muterte genene i GBC er: TP53 (41%), CDKN2A (28%) KRAS (19%), TERT (8%), CTNNB1 (8%) og PI3K (7%). Signalveien til ERBB-familien er en av de hyppigst muterte i GBC. Disse reseptorene deltar i å regulere celleproliferasjon, differensiering og overlevelse. Amplifikasjonen deres oversetter hovedsakelig til proteinoverekspresjon. Reseptoren HER2/NEU aktiverer etter dimerisering et stort utvalg av nedstrømsveier som RAS-RAF-MEK-ERK1/2 eller PI3k-AKT-MTOR med stor innflytelse på celleproliferasjon. På den annen side er PTEN (fosfatase- og tensinhomolog) et tumorsuppressorgen som koder for et protein med fosfatasefunksjon som inaktiverer substrater som PI3K. Fraværet av det funksjonelle PTEN-proteinet tillater aktivering av PI3k med en enda større intensitet enn den aktiverende mutasjonen av PI3K selv. Den ukontrollerte produksjonen av PIP3 er en av de viktigste effektorene til PI3K/AKT-veien med mTOR-stimulerende proteinsyntese som regulerer apoptose. Det immunhistokjemiske uttrykket av PTEN-proteinet anses som en god måte å evaluere genets funksjonelle tilstand.

1. Omfattende historie og fysisk undersøkelse av pasientene og alle detaljene vil bli registrert i den forhåndsinnstilte proformaen. Alle rutineundersøkelser som angitt, inkludert en biopsi for å etablere en diagnose og CT/MR/MRCP av abdomen for å måle tumordimensjonene og stadie sykdommen før behandlingsstart vil bli registrert.
2. Arkivvevet vil bli studert for ekspresjon av genmutasjon ved molekylær analyse ved bruk av Next Generation Sequencing. Pasienter behandlet mellom 2017-2020 hvor NGS-informasjon er tilgjengelig vil også bli inkludert i ettertid. Dataene deres vil bli hentet fra journalen, og det vil bli forsøkt å kontakte dem for oppfølging.